המכון הבין-לאומי לחקר השואה

ערב הכיבוש הגרמני חיו בניישטוט שקי כ-700 יהודים (או כ-800, לפי מקור אחר), שהיו כ-21 אחוזים מאוכלוסייתה. יהודי המקום התפרנסו ממסחר, ממלאכה, מחקלאות וממפעלים שהיו בבעלותם. היו בניישטוט שקי מוסדות חינוך, דת וסעד מסורתיים, ולרוב המפלגות ותנועות הנוער הציוניות היו בה סניפים.
עם סיפוח ליטא לברית-המועצות בקיץ 1940 הולאמו מפעלים וכמה חנויות, ובתי הספר העבריים היו לבתי ספר יידישאים. באמצע יוני 1941 גורשו כמה משפחות יהודיות ללב רוסיה.
הגרמנים כבשו את ניישטוט שקי ב-22 ביוני 1941, וכבר ביום הראשון נרצחו כמה מיהודי המקום. מ-25 ביוני חייב ראש העירייה הליטאי את היהודים בעבודת כפייה.
בראשית יולי 1941 רוכזו הגברים היהודים בבית העירייה וכספם הוחרם. קרוב ל-200 איש נרצחו בבורות שהוכנו בבית הקברות היהודי. למשפחות נאמר שהגברים הועברו לעבודה בגרמניה. בעקבות טבח הגברים הועסקו הנשים בעבודות שקודם עבדו בהן הגברים.
ב-23 באוגוסט 1941 רוכזו הנשים והילדים בגטו שהוקם בין בית הכנסת לבית המרחץ. ב-16 בספטמבר 1941 הוציאו ליטאים חמושים את הנשים והילדים, 650 נפשות, הובילו אותם ליער פרז'ניו (Parazniai), כארבעה קילומטרים מניישטוט שקי, ורצחו אותם שם.