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Beim Einmarsch der Deutschen in Litauen im Juni 1941 lebten dort etwa 220.000 Juden. Am Tag nach Beginn der deutschen Invasion der Sowjetunion, und noch vor dem Eintreffen der Deutschen in Litauen, begannen die Litauer mit Pogromen und der Ermordung von Juden. Auch später ermordeten sie, von den Deutschen ermutigt, tausende Juden.
Die deutsche Eroberung Litauens war von Mord, Vergewaltigung, Plünderung und Mißhandlung begleitet. Ponar, ein etwa zehn Kilometer südlich von Wilna gelegener Wald, wurde zur Mordstätte und zum Grab zigtausender Juden. Die Opfer wurden aus Wilna und seiner Umgebung zu Gruben gebracht, von Deutschen und Litauern erschossen und hinein geworfen. Nur wenige konnten sich aus den Todesgruben retten, von denen gelang es wiederum nur einer kleinen Zahl, der Lokalbevölkerung zu entkommen. Von Juli 1941 bis Juli 1944 wurden in Ponar mehr als 70.000 Menschen ermordet, fast alle waren Juden.
Am 15. August 1941 wurden die Tore des Ghettos in Kaunas verriegelt und ungefähr 20.000 Juden wurden in dem heruntergekommensten Teil der Vorstadt Slobodka (Vilijampole) gesperrt. Der Wendepunkt des Lebens im Ghetto ereignete sich am 28. Oktober 1941. Die Deutschen versammelten die Juden des Ghettos und führten eine brutale Selektion durch. Mehr als 9.000 Einwohner des Ghettos wurden zum neunten Fort gebracht (einer der die Stadt umgebenden Festungen) und dort ermordet. Bis Ende 1941 waren in ganz Litauen nur noch 40.000 Juden am Leben, und sie wurden in vier Ghettos - Wilna, Kaunas, Siauliai und Swienciany – und in einigen Arbeitslagern konzentriert.
Im Sommer und im Herbst 1943 wurden die Ghettos von Wilna und Swienciany liquidiert, und die Ghettos in Kaunas und Siauliai wurden in Konzentrationslager verwandelt. Einige Monate später wurden etwa 1.200 Säuglinge, Kinder und Alte im Ghetto Kaunas ermordet und viele Jugendliche wurden in Arbeitslager nach Estland geschickt. Im Juli 1944, kurz vor der Befreiung Kaunas durch die Rote Armee, wurden die beiden Ghettos liquidiert und viele ihrer Einwohner Richtung Westen geschickt, in die Lager Auschwitz-Birkenau, Stutthof und Dachau, in Gebiete, die noch unter deutscher Kontrolle waren. Zur Zeit der Kapitulation Deutschlands im Mai 1945 waren ungefähr 10.000 Juden aus Litauen am Leben, und noch etwa 22.000 Juden, die in die Sowjetunion geflohen waren und dort den Krieg überlebten.
Lettland, wo etwa 74.000 Juden lebten, wurde von den Deutschen zu Beginn der Invasion der Sowjetunion besetzt. Ende Juli 1941 führten Einheiten der Einsatzgruppe A den ersten Massenmord von Juden in Lettland durch und bis Ende Oktober wurden dort 34.000 Juden ermordet.
Ende Oktober wurden 32.000 Juden aus Riga in zwei Ghettos eingeschlossen – in das „große“ und das „kleine“. Friedrich Jeckeln, ein hoher SS-Offizier, erhielt im November 1941 von Himmler den Befehl das „große Ghetto“ zu liquidieren und alle darin lebenden lettischen Juden zu töten. Zwischen dem 30. November und dem 7. Dezember 1941 wurden 25.000 Juden im Rumbula-Wald ermordet. Gleichzeitig wurden auch die Juden der Ghettos Dvinsk (Daugavpils) und Liepaja ermordet. Wenige Tage später begannen Transporte mit jüdischen Deportierten aus verschiedenen Städten in Deutschland und auch aus Wien und Prag im „großen Ghetto“ in Riga einzutreffen, womit es zu einem „Reichsjudenghetto“ wurde. Insgesamt kamen etwa 11.000 Juden aus dem Reich dorthin, die sich in Gruppen gemäß ihrer Herkunftsstädte organisierten.
In Estland, dem kleinsten der baltischen Staaten, lebten vor dem Zweiten Weltkrieg etwa 4.500 Juden, von ihnen etwa die Hälfte in der Hauptstadt Tallin. 1940 übernahm die Sowjetunion in Folge des Ribbentrop-Molotow-Pakts die Kontrolle über Estland, doch im Juli 1941 wurde Estland von den Deutschen erobert und viele Juden flohen in das Innere der Sowjetunion. Diejenigen, die es nicht schafften zu fliehen, wurden unter ein hartes Regime von Beschränkungen gestellt: sie wurden gezwungen, den gelben Stern zu tragen und ihr Besitz wurde enteignet. Mit dem Eintreffen der Einsatzgruppen in Estland, begann die Vernichtung der Juden, unter Beihilfe lokaler rechter Milizen. Bis Oktober 1941 wurde der Großteil der jüdischen Männer über 16 Jahre ermordet. Auf der Wannseekonferenz wurde den Anwesenden berichtet, dass Estland bereits „judenfrei“ sei.