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Mit Kriegsausbruch befanden sich, entsprechend der rassistischen Definition durch die Nürnberger Gesetze, noch etwa 200.000 Juden im „Altreich“. In Österreich lebten etwa 60.000 bis 65.000 Juden – ihre überwiegende Mehrheit in Wien – und im Protektorat Böhmen und Mähren noch etwa weitere 100.000. Bis zur Verhängung des Auswanderungsverbots für Juden und dem Beginn der Deportationen in den Osten 1941 schafften es ungefähr 30.000 bis 35.000 von ihnen zu emigrieren, weitere Tausende begingen Selbstmord.
In der Zeit des Krieges wurden über die Juden in diesen Gebieten schwere persönliche Beschränkungen verhängt. Unter anderem wurde ihnen verboten, ihre Häuser nach acht Uhr Abend zu verlassen, und einen Großteil der öffentlichen Plätze zu betreten, ihre Bankkonten wurden gesperrt und eine drastische Rationierung über Lebensmittel, die sie erwerben konnten, wurde verhängt. Im September 1941 wurden die Juden des Reichs gezwungen an ihrer Kleidung einen gelben Stern anzubringen.
Im Laufe des Krieges wurden die Juden Deutschlands, Österreichs und Tschechiens zu schwersten Zwangsarbeiten beim Bau von Straßen und Bunkern, in deutschen Waffenfabriken und Ähnlichem verpflichtet. Männer, Frauen und Kinder über 15 Jahren wurden gezwungen 60 Stunden pro Woche zu arbeiten.
In den ersten Kriegsjahren wurden die Juden des Reichs aus ihren Häusern vertrieben und in „Judenhäusern“ konzentriert, in denen mehrere Familien in einem überfüllten gemeinsamen Haushalt leben mussten. Kurz vor Beginn der Deportationen in den Osten, ordneten die Behörden eine Kennzeichnung der Haustüren von Juden mit einem gelben Stern an.