Am 25. Januar 1939, als die faschistische Regierung der Slowakei unter Führung des katholischen Priesters Tiso eine Sonderkommission einsetzte, um einen „Plan zur Lösung der Judenfrage“ auszuarbeiten, schrieb Bischof Pavel Gojdič einen Brief, der an sämtliche Gemeinden seiner Diözese, Prešov, adressiert war. In dem Brief sagte Gojdič katastrophale Folgen für diese diskriminierende Politik voraus. Er erinnerte die Menschen an das grundlegende Prinzip ihres Glaubens – dass vor Gott alle Menschen gleich seien. Auch warnte er vor den Konsequenzen der Ideologie und des Rassismus der Nazis.
Gojdičs Ansichten führten zum Aufruhr unter den slowakischen Priestern, deren überwiegende Mehrheit mit der nationalistischen Strömung der katholischen Kirche sympathisierte. Im Sommer 1939 schrieben sie ein Memorandum, das ihr Missfallen an Gojdičs Verhalten zum Ausdruck brachte, was seinen Rücktritt im November desselben Jahres zur Folge hatte. Der Heilige Stuhl akzeptierte seinen Rücktritt vom Posten eines apostolischen Administrators, ernannte ihn jedoch gleichzeitig zum Bischof der Diözese Prešov. Diese Ernennung verstärkte noch die Spannungen zwischen Gojdič und der slowakischen Regierung.
Nachdem das slowakische Parlament ein Sondergesetz bestätigt hatte, das die Vertreibung von Juden aus der Slowakei ermöglichte, protestierte Gojdič schriftlich gegen die grausamen Deportationen der slowakischen Juden und bat den Vatikan, einzuschreiten und diesen Akten der Grausamkeit ein Ende zu setzen. Er rief den Heiligen Stuhl auf, für Tisos Rücktritt zu sorgen, so dass sich die katholische Kirche von dessen kriminellen Aktivitäten würde distanzieren können.
Trotz Intervention seitens des Vatikans fuhr der slowakische Staat fort, Juden zu deportieren.
Dann versuchte Gojdič, Juden zu retten, indem er Massenkonversionen durchführte. Tatsächlich handelte es sich um Scheinübertritte zum Christentum, und die Juden übten weiterhin ihren Glauben aus. Laut dem Bericht des Sicherheitsdiensts vom 26. Oktober 1942 hielt Gojdič in der Stadt Michalovce eine Konversionszeremonie dieser Art ab, bei der der Bischof den Juden, die sich entschlossen hatten, zu „konvertieren“, die Stirn küsste. Viele angestammte Angehörige der griechisch-katholischen Kirche verließen diese aus Protest gegen die Geste des Bischofs.
Am 6. August 2007 wurde Bischof Pavel Gojdič von Yad Vashem als Gerechter unter den Völkern anerkannt.
