Als 1942 die Deportationen in Frankreich begannen, drängte Trocmé seine Gemeinde, jedem Juden, der darum bat, Zuflucht zu gewähren. Bald waren Hunderte von Juden im Dorf und in seiner Umgebung. Manche von ihnen fanden dauerhaften Schutz in der bergigen Umgegend von Le Chambon; andere wurden vorübergehend aufgenommen, bis sie über die Grenze fliehen konnten, meist in die Schweiz. Trotz der Gefahr wurden Juden bei Bauern und Dorfleuten, in öffentlichen Einrichtungen und Kinderheimen untergebracht.Mit Hilfe der Dorfbewohner wurden manche Juden auf gefährlichen Märschen zur Schweizer Grenze gebracht. Die ganze Gemeinde tat sich zusammen, um Juden zu retten, was man als Christenpflicht ansah.
Es wird geschätzt, dass bis zur Befreiung um die 5000 Juden durch Le Chambon geschleust worden sind. Die Menschen von Le Chambon handelten aufgrund ihrer Überzeugung, dass es ihre Pflicht sei, ihren notleidenden „Nächsten“ zu helfen. Viele Faktoren hatten zur Entstehung dieses Geistes beigetragen: die Verfolgungsgeschichte der Protestanten als religiöse Minderheit in Frankreich; Mitleid mit den Juden als Volk des Alten Testaments und das gemeinsame biblische Erbe; und schließlich die mitreißende Führung und das beeindruckende Vorbild ihres Pastors und seiner Frau, André und Magda Trocmé.
Magda, Trocmés Frau, war aktiv daran beteiligt, diesen Zufluchtsort für die verfolgten Juden zu schaffen und zu unterhalten. Sie machte Familien ausfindig, die bereit waren, jüdische Flüchtlinge aufzunehmen, und sie bereitete die vielen Internate des Orts auf eine Zunahme der Anmeldungen vor. Viele Menschen waren aktiv an dieser Arbeit beteiligt. Aktivisten fanden sich im Bahnhof ein, um die ankommenden Flüchtlinge zu erwarten, die dann von den Dorfleuten beherbergt oder an sichere Orte gebracht wurden. All diese Anstrengungen, die die antijüdische Politik der Regierung behinderten, wurden mit Unterstützung und Ermutigung Pastor Trocmés unternommen.
Die Vichy-Behörden hegten Verdacht bezüglich der Vorgänge – natürlich war es unmöglich, eine so umfangreiche Rettungsaktion auf Dauer zu verbergen. Die Behörden forderten den Pastor auf, seine Aktivitäten einzustellen. Seine Antwort war eindeutig: „Diese Menschen sind hier hergekommen, um Hilfe und Zuflucht zu finden. Ich bin ihr Hirte. Ein Hirte lässt seine Herde nicht im Stich. ... Ich weiss nicht, was ein Jude ist. Ich kenne nur Menschen.“ Weder der Druck der Behörden noch Durchsuchungen durch Sicherheitsbeamte minderten die Entschlossenheit der Trocmés und ihrer Mitarbeiter, und ihr Einsatz hörte nicht auf. Am 15. August 1942 brachte Trocmé gegenüber Georges Lamirand, einem Minister in der Vichy-Regierung auf offiziellem Besuch in dem kleinen Ort, mit Vehemenz seine Ansichten vor. Einige Tage später rückte die Gendarmerie in Le Chambon ein, um die Stadt von ihren „illegalen“ fremden Einwohnern zu „reinigen“. Zwei Wochen später, am 30. August, erreichte die Spannung ihren Höhepunkt, als Gerüchte aufkamen, es sei gegen den Pastor Haftbefehl erlassen worden. In seiner überfüllten Kirche bat Trocmé die Gemeinde dringend, „den Willen Gottes, nicht der Menschen“ zu tun und betonte, wie wichtig es sei, das Gebot aus Deut. 19, 2-10 zu halten, wo es um den Anspruch der Verfolgten auf Zuflucht geht. Niemand wurde an diesem Tag festgenommen, und einige Tage später wurde die Gendarmerie aus der Stadt abgezogen, nachdem ihre Mission vollkommen gescheitert war.
Im Februar 1943 wurden Trocmé und zwei Kollegen, der Pfarrer Edouard Theis und der Lehrer Roger Darcissac, festgenommen und im Lager Saint-Paul d’Eyjeaux bei Limoges interniert. Trocmé wurde fünf Wochen lang festgehalten, und der Kommandant des Lagers versuchte, ihn durch Ausübung von Druck dazu zu bewegen, ein Dokument zu unterzeichnen, wonach er zukünftig allen Weisungen der Regierung nachkommen würde. Der Pastor widerstand dem Druck, aber nach seiner Feilassung war er gezwungen, in den Untergrund zu gehen. Doch nicht einmal seine Abwesenheit schreckte die Bewohner von Le Chambon ab. Vereint folgten sie einem höchsten moralischen Gebot. Sie setzten Pastor Trocmés Erbe fort, indem sie die verfolgten Juden bei sich zu Hause willkommen hießen, womit sie es vielen von ihnen ermöglichten, bis zum Ende des Krieges in relativer Ruhe zu leben.
Am 5. Januar 1971 wurden Pastor André Trocmé und seine Frau Magda von Yad Vashem als Gerechte unter den Völkern anerkannt. 32 weitere Bürger von Le Chambon-sur-Lignon wurden mit diesem Titel ausgezeichnet, und 1990 ehrte Yad Vashem das Dorf mit einer besonderen Urkunde in Anerkennung des menschlichen Verhaltens seiner Einwohner während des Krieges.
André Trocmé war nicht das einzige Mitglied seiner Familie, das Juden rettete. Daniel Trocmé, sein Neffe, lehrte Physik, Chemie und andere Naturwissenschaften in Les Roches, einem alt-angesehenen protestantischen Internat in Verneuil, im Département Eure. 1941 bat ihn sein Onkel, Pastor André Trocmé, Direktor von Les Grillons, einem Internat für jüdische Flüchtlingskinder, zu werden, das vom American Friends Service Committee (den Quäkern) in Chambon-sur-Lignon eingerichtet worden war. Trotz seines entschlossen und streng wirkenden Äußeren hatte er überragende menschliche Qualitäten. Jonathan Gali, der im Alter von sechzehn Jahren in Les Grillons Zuflucht und Arbeit fand, erinnert sich an eine faszinierende, hochkultivierte Persönlichkeit. „Daniel Trocmé dachte nie an sich selbst. Er war äußerst gewissenhaft. Nachts konnte es geschehen, dass man den Direktor bei schwacher Nachtbeleuchtung Kinderschuhe mit Stücken von Gummireifen reparieren sah.“ Im Winter kochte Trocmé morgens in einem großen Metallkessel Suppe. Obwohl er herzkrank war, lud er die Suppe für das Mittagessen der Schüler auf einen Schubkarren und schob ihn zwei Kilometer über eine steile Strecke. Zur Schlafenszeit las Trocmé den Kindern Geschichten vor, die er dann ausführlich mit ihnen besprach.
Nach einigen Monaten wurde Daniel Trocmé angeboten, die Stelle als Direktor der zum Kinderheim La Maison des Roches gehörigen Schule zu übernehmen. Dort setzte er seine Rettungsaktivitäten fort. Am 29. Juni 1943 durchsuchte die Gestapo die Schule nach jüdischen Schülern und nach dem Direktor. Trocmé war nicht auf dem Gelände, da er die Nacht in Les Grillons verbracht hatte. Obwohl er hätte fliehen können, entschied er sich, zurückzukehren und sich mit seinen Schülern zusammenzutun. Bedroht von deutschen Maschinengewehren, wurden Trocmé und achtzehn seiner Schüler in Moulin gefangengesetzt. Auch während der Haft demonstrierte Trocmé Mut und Entschlossenheit und machte den mit ihm inhaftierten Schülern Mut. Trocmé wurde zum Verhör ins Gestapo-Hauptquartier in Moulin gebracht. Als man ihn beschuldigte, einen sechzehnjährigen Juden beschützt zu haben, erklärte er, er täte nichts anderes, als die Unterdrückten zu beschützen. Im August 1943 schickte man Trocmé ins Internierungslager Compiègne. Von dort aus wurde er ins Lager Dora und dann nach Majdanek deportiert. Im April 1944 starb Trocmé in der Gaskammer von Majdanek. Er war erst vierundreißig Jahre alt.
Am 18. März 1976 wurde Daniel Trocmé von Yad Vashem als „Gerechter unter den Völkern“ anerkannt.
