Al producirse la invasión alemana de la Unión Soviética el 22 de junio de 1941, cientos de judíos comenzaron a escapar de la ciudad hacia el interior del territorio soviético. Al mismo tiempo llegaban a la ciudad cientos de refugiados judíos que trataban de escapar del Ejército alemán. Cuatro días después del comienzo de la invasión los alemanes tomaron Šiauliai. Entraron a la ciudad acompañados por nacionalistas lituanos armados.
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