La vida en el gueto era organizada por un consejo judío compuesto por miembros que se consideraban adecuados para servir a la comunidad y se habían presentado como voluntarios para hacerlo. El consejo fue ratificado por el funcionario municipal a cargo del gueto. Sus funciones incluían velar por el suministro de comida, vivienda, asistencia social y el funcionamiento del hospital. En el gueto también funcionaba un tribunal de justicia y un Servicio del Orden judío. El presidente del gueto era Mendel Leibowitz, un judío joven, pudiente y culto, que había sido presidente de la asociación de soldados judíos que habían combatido en la guerra de independencia lituana. Mantenía una buena relación con lituanos no judíos fuera del gueto. El secretario era Aaron Katz, que fue sucedido más tarde por Eliezer Yerushalmi, un profesor del colegio secundario hebreo, cuyo diario del gueto se conservó y fue publicado en Israel como El cuaderno de Siauliai. Este escrito es una fuente inapreciable sobre numerosos detalles concernientes a la historia del gueto de Šiauliai.
En las primeras semanas después de que el gueto fue sellado fueron asesinados 47 niños, pupilos del orfanato, junto con su maestro Abraham Katz. Por entonces fue asesinada también Jenia Karpel, la administradora económica del gueto, 130 enfermos y ancianos y 30 miembros de la intelligentsia. Al mismo tiempo selecciones basadas en la «aptitud para el trabajo» encontraron a 90 individuos no aptos para trabajar, que fueron deportados a Žagarė y asesinados. El consejo judío logró obtener 500 formularios de trabajo vacíos, que distribuyó a la comunidad. Estos formularios salvaron las vidas de residentes del gueto, tanto originarios de Šiauliai y refugiados. Entre estos últimos se contaban 130 sobrevivientes de la masacre de Radviliškis. Estas acciones organizadas de matanza se interrumpieron recién a fines de septiembre.
Cientos de judíos estaban empleados en fábricas situadas fuera del gueto. Algunos utilizaban esto para posibilitar contactos en el mundo exterior; se comunicaban con mensajeros de los guetos de Kovno, Vilna, Riga, y Daugavpils. Otros eran enviados a trabajar dentro del gueto o en la ciudad en fábricas establecidas por el comité judío. Algunos de los que trabajaban fuera del gueto conseguían ganarse a duras penas la vida vendiendo sus posesiones a los lituanos con los cuales trabajaban. Esas ganancias eran destinadas también para mantener el gueto. Un grupo de 750 trabajó en aldeas vecinas, con permiso de las autoridades, hasta diciembre de 1941; ese mes fueron asesinados. En mayo de 1942 un grupo de habitantes del gueto fueron enviados a campos de trabajo en Radviliskis, Baciunai, y Rakyva. En 1943 otro grupo fue enviado al campo de Linkaiciai.
En febrero de 1942 se estableció un hospital en el gueto de Kaukazas, en Šiauliai. Tenía 40 camas y fue organizado gracias a los esfuerzos del comité judío y con fondos recolectados por judíos que trabajaban en fábricas fuera y dentro de los confines del gueto. El hospital estaba dirigido por el Dr. Woolf Peisajovich. Las autoridades alemanas exigían a este y otro médico judío atender también a alemanes. Además del hospital las dos partes del gueto mantenían también clínicas. En agosto de 1942 se aplicó un edicto, originalmente promulgado en febrero, según el cual dar a luz en el gueto acarreaba la pena capital. Embarazadas se vieron forzadas a abortar y los médicos tuvieron que realizar cientos de abortos: incluso debieron poner fin a la vida de infantes por medio de inyecciones letales.
A pesar de las condiciones desalentadoras en el gueto se seguían realizando actividades culturales: se conmemoraban las festividades y días solemnes y se organizaban cursos y grupos de interés. Dos escuelas continuaron funcionando en forma clandestina, dentro de casas de oración. Movimientos juveniles continuaron realizando actividades, entre otros Hejalutz, Beitar, y el movimiento juvenil comunista. Los movimientos publicaban materiales clandestinos en hebreo, incluido un panfleto titulado Memaamakim (desde las profundidades). En agosto de 1942 se estableció en el gueto una organización educativa apartidaria, llamada Masada. Consistía de 120 jóvenes de varias tendencias sionistas. La organización comenzó a recolectar armas y a entrenar a sus miembros en las artes militares. En febrero de 1943 los miembros de Masada discutieron con el consejo judío respecto a planes de escape a los partisanos y resistencia contra los alemanes dentro del gueto mientras estos estaban en retirada. Sin embargo, estos planes nunca fueron ejecutados.
