Los judíos fueron expulsados de sus casas y en el verano de 1940 todos fueron hacinados en unas 80 «casas judías». Tenían prohibido entrar a ciertas partes de la ciudad. En el invierno de 1940-41 solamente judíos enfermos recibieron carbón y en el siguiente no fue repartido a ninguno de ellos. En marzo de 1941 la nueva Asociación de los Judíos Alemanes (que reemplazó a la antigua Representación) empleaba 16 miembros de la comunidad en su comedor público, depósito de ropa, la clínica, el hogar de ancianos y otras instituciones públicas. Durante ése periodo quedaban en la ciudad menos de 1.000 judíos, la mayoría ancianos y mujeres. Menos de 60 eran niños de menos de 14 años. Las clases en la escuela judía continuaron hasta mediados de 1942.
La deportación de los judíos de Wiesbaden
En marzo, mayo y junio de 1942 fueron deportados de Wiesbaden alrededor de 500 judíos, entre ellos varios rabinos. Los deportados fueron conducidos en grupos por las calles de la ciudad hasta la estación de trenes, hechos subir a vagones de ganado y enviados al distrito de Lublin en Polonia. Después de una escala en Piaski fueron enviados a Sobibor, Belzec y Majdanek, donde fueron asesinados.
El 11 de junio de 1942 más de 600 judíos del distrito de Wiesbaden, la mayoría de la ciudad, fueron cargados en vagones de ganado y deportados a Fráncfort. Desde allí fueron expulsados, junto con otros 600 judíos de ésa ciudad, al distrito de Lublin. Alrededor de 200 fueron enviados directamente a Majdanek y el resto a Sobibor, después de una parada de dos días en Izbicia. No se sabe de alguien que haya sobrevivido ése transporte.
Cuando se realizó la siguiente deportación cerca de 40 judíos de Wiesbaden habían cometido suicidio.
El 27 de agosto de 1942 se llevó a cabo en Wiesbaden el último rezo público. Entre el 27 y el 29 de agosto 600 judíos, muchos de ellos ancianos y debilitados, fueron reunidos en el patio der la sinagoga ortodoxa. Fueron fotografiados en el punto de reunión frente a la sinagoga, durante el registro en la estación de policía y cuando abordaban el tren en la estación local. El 29 de agosto fueron deportados a Fráncfort, donde otros 600 judíos locales subieron al mismo tren. El 1 de septiembre el convoy partió de Fráncfort, llegando a Theresienstadt al día siguiente. Las personas en ése tren eran mayormente ancianos o enfermos, o judíos que habían sido condecorados durante la Primera Guerra Mundial y sus familias. Más tarde fueron deportados a Auschwitz. Treinta y dos sobrevivieron la guerra.
La responsabilidad de liquidar los bienes de la comunidad fue puesta en manos de Berthold Gutmann, un abogado que fue enviado en el transporte del 1 de septiembre a Theresienstadt junto con su hijo. El presidente de la comunidad, Moritz Maxheimer, fue deportado también y asesinado en Auschwitz un mes más tarde. El secretario de la comunidad, Arthur Strauss, fue deportado junto con su esposa a Theresienstadt en marzo de 1943, y de allí a Auschwitz en octubre de 1944. Trece médicos de Wiesbaden fueron también deportados y perecieron, la mayoría en Theresienstadt.
En diciembre de 1942 quedaban en Wiesbaden menos de 200 residentes de origen judío: la mayoría eran hijos y nietos de matrimonios mixgtos, o casados con arios, que habían sido definidos por el régimen como poseedores de privilegios extraordinarios. En 1943 fueron agregados a la comunidad de Fráncfort. Veinticinco de ellos fueron deportados a Theresienstadt en febrero de 1945.