Hoess nació en Baden-Baden, Alemania. Se ofreció como voluntario para el ejército durante la Primera Guerra Mundial a pesar de que era menor de edad. En noviembre de 1922 Hoess se unió al Partido Nazi. En 1928 se involucró con la Sociedad Artamanen, un grupo nacionalista que fomentaba el trabajo en la tierra y el reasentamiento en territorio polaco. Se unió a las SS en junio de 1934, por consejo del comandante de las SS Heinrich Himmler, uno de los líderes de la sociedad Artamanen.
De 1934 a 1938, Hoess aprendió a dirigir un campo de concentración en Dachau, donde se entrenó con el comandante del campo Theodor Eicke. En mayo 1940 Hoess fue trasladado al sitio de Auschwitz y nombrado comandante del nuevo campo de concentración. Hoess jugó un papel importante en la organización y erigió el campo a su gusto. En mayo de 1941, Himmler ordenó a Hoess que estableciera un nuevo campo cerca de Auschwitz, que se convirtió en Birkenau, o Auschwitz II. Para el verano, Hoess comenzó a preparar el campo como un sitio de exterminio masivo. En ese momento, Himmler le advirtió a Hoess que Hitler había ordenado la «Solución Final» a la «cuestión judía», y que las SS eran las responsables de llevar a cabo dicha asignación. Auschwitz fue elegido como el principal sitio de la Solución Final —el exterminio masivo de todos los judíos europeos— porque estaba convenientemente ubicado, con respecto al transporte y ocultación del mundo exterior.
Desde el verano de 1941 hasta noviembre de 1943, Hoess presidió el asesinato de judíos de Alemania, el Protectorado de Bohemia y Moravia, Polonia, Francia, Países Bajos, Bulgaria, Eslovaquia, Bélgica, Austria, Yugoslavia, Italia, Grecia y Noruega. Él fue quien tomó la decisión de utilizar el gas Zyklon B para ese propósito. Dejó Auschwitz a fines de 1943, pero volvió a encabezar el exterminio de los judíos húngaros en la «Aktion Hoess». En total, fue responsable de la muerte de más de un millón de personas.
Después de la guerra, Hoess escapó y asumió una identidad falsa. En marzo de 1946 fue encontrado y arrestado. El Tribunal Supremo de Varsovia lo condenó a muerte. Fue ahorcado en Auschwitz el 16 de abril de 1947.
Centro de recursos de la Shoah, Escuela Internacional de Estudios del Holocausto.
