Antes del Holocausto, Vilna era el mayor centro judío de educación y cultura. En 1939 la comunidad judía contaba con 55.000 almas. Poco después de la ocupación de Vilna por los alemanes el 24 de junio de 1941 comenzaron los fusilamientos de judíos. A comienzos de septiembre de 1941 fue establecido el gueto pero la matanza continuó y en los meses siguientes miles de judíos fueron ametrallados por los alemanes y sus colaboradores lituanos en el bosque de Ponar, en las afueras de la ciudad. Hacia el fin de ese mismo año 35.000 judíos habían sido asesinados y otros 3.500 consiguieron huir. La liquidación final del gueto tuvo lugar en agosto-septiembre de 1943, cuando los remanentes 12.000 hombres, mujeres y niños fueron deportados a campos en Estonia. Cuando se produjo la liberación sólo habían sobrevivido entre 2.000 y 3.000 de los habitantes judíos de la ciudad.
Anna Borkowska era la madre superiora de un pequeño convento de nueve monjas dominicas localizado cerca de Kolonia Wilenska, en la ruta de Vilna a Vileika. Cuando comenzó la matanza de judíos en Vilna, Borkowska abrió las puertas de su convento a un grupo de 17 miembros de los movimientos pioneros sionistas clandestinos. A pesar de la enorme diferencia entre ambos grupos, se trabaron excelentes relaciones entre las monjas cristianas y los judíos seculares de izquierda. Los pioneros hallaron un refugio seguro detrás de los muros del convento; trabajaban con las religiosas en los campos y continuaron con su actividad política. Llamaban a la madre superiora Ima (mamá en hebreo).
Fue en los claustros del convento que Abba Kovner, un líder del movimiento Hashomer Hatzair en Vilna, escribió su famosa proclama llamando a la rebelión. Con lo que sólo puede ser descripto como una formidable intuición, Kovner captó cabalmente el significado de la matanza de Ponar, y advirtió que dichas matanzas eran parte de un plan sistemático y global para asesinar a todos los judíos de Europa. Años después, Abba Kovner declaró que las ideas de la rebelión del gueto fueron concebidas en el convento: “Hitler está planificando la aniquilación de la judería europea... ¡No vayamos como ovejas al matadero! ¡Es cierto que somos débiles e indefensos, pero la resistencia es la única respuesta al enemigo!... ¡Resistir! ¡Hasta el último aliento!”, escribió. El manifiesto que Kovner leería a sus compañeros en 31 de diciembre de 1941 fue impreso en el convento y distribuido en el gueto.
Hacia fines de diciembre de 1941, los pioneros decidieron abandonar la seguridad del monasterio y retornaron al gueto con el fin de fundar el movimiento de resistencia. Borkowska intentó disuadirlos, pero fue en vano. Unas pocas semanas después de su regreso, Abba Kovner fue llamado a las puertas del gueto. Borkowska había llegado y le dijo que quería sumarse a los judíos en el lugar: “Dios está en el gueto”, dijo. Kovner la convenció de que no lo hiciera. Cuando ella le preguntó qué les hacía falta, le respondió que necesitaban armas. Fue Borkowska –una monja comprometida con la espiritualidad y la no violencia- quien contrabandeó las primeras granadas al interior del gueto.
En septiembre de 1943, cuando se acrecentaron las sospechas nazis respecto a sus actividades, los alemanes arrestaron a Anna Borkowska. El convento fue clausurado y las hermanas dispersadas. Con el tiempo Borkowska solicitó ser dispensada de sus votos monásticos, pero continuó siendo una mujer profundamente religiosa.
La mano amiga de Borkowska nunca fue olvidada por los pioneros sionistas que emigraron a Israel después de la guerra, pero sólo en 1984 se restableció el contacto entre ellos. Por aquel entonces ella tenía 84 años de edad y vivía en un pequeño apartamento en Varsovia.
Ese mismo año Yad Vashem galardonó con el título de Justa de las Naciones a Anna Borkowska y a seis monjas de su convento. Abba Kovner plantó un árbol en su honor en la Avenida de los Justos en el Monte del Recuerdo.
Abba Kovner viajó a Varsovia para entregarle a Anna Borkowska la medalla. “¿Por qué merezco yo este honor?” preguntó, a lo que Kovner respondió: “Usted ha sido Anna de los Ángeles”. Continuó explicando: “Durante los días en que los ángeles nos ocultaron sus rostros, esta mujer fue para nosotros Anna de los Ángeles. No uno de esos ángeles que inventamos en nuestros corazones, sino un ángel que ha creado nuestras vidas para siempre”.
