"אייכמן ייעד בתוכניתו ארבע רכבות [בכל רכבת היו כ – 40 עד 50 קרונות משא עם כ – 2000 בני אדם] בכל יום, אולם את זה אי אפשר היה להסדיר למרות ההרחבה של כל המתקנים הקיימים שם [...] אז הוסדר העניין בדרך זו, שביום אחד יכולות לנוע שתי רכבות, ולמחרת שלוש רכבות, לאושוויץ [...] כאשר הגיעו הטרנספורטים הראשונים לאושוויץ, הגיע גם אייכמן ושאל האם אפשר להוסיף רכבות, מכיוון שהרייכספירר, הימלר, דורש להאיץ ככל האפשר את האקציה ההונגרית[...]"
מתוך עדותו של רודולף הס, מפקד מחנה אושוויץ, מתוך: אלבום אושוויץ – סיפורו של טרנספורט, יד ושם, ירושלים, תשס"ג, עמ' 44 – 45.
סיפורה של שואת יהודי הונגריה מעורר בלומד ובקורא תחושת החמצה ותסכול. כמעט כל יהודי הונגריה הושמדו כאשר גלגל המלחמה כבר התהפך בבירור לרעתה של גרמניה; כאשר פעמוני השחרור נשמעו באופק; כאשר קיצה של המלחמה היה כה קרוב. שלא כמו בארצות אירופה השונות, התרחשה השמדתם בשעה שהעולם כולו כבר היה מודע לשואת יהודי אירופה.
האנטישמיות ההונגרית הייתה קיימת זה מכבר והיא הגיעה לשיאה, כפי שיוסבר בהמשך, בחקיקה אנטי יהודית בשנים 1938 – 1941, אך השמדתם המהירה והבלתי נתפסת של יהודי הונגריה התאפשרה בשל שילוב בין הגורם האנטישמי לבין שילובם של אנטישמיים בשלטון ההונגרי ופעילותו הנמרצת של צוותו המיוחד של אייכמן להוצאתה לפועל.
יהודים התיישבו בהונגריה כבר מן המאה האחת עשרה והקימו בה קהילות גדולות ומרכזי תורה חשובים מאז ועד למאה התשע עשרה. העיקרית שבהם הייתה קהילת בודפשט, אחת ממרכזי היהודים הגדולים ביותר באירופה שיהודייה מילאו תפקיד חשוב בפיתוח כלכלת העיר וחיי התרבות בה והקימו בה מוסדות סוציאליים ותרבותיים יהודים רבים. החל מהמאה התשע עשרה גבר משקלם של יהודי הונגריה בפיתוח המשק הקפיטליסטי, רובם שימשו כבעלי מלאכה וסוחרים ובלטה השתתפותם בתחומי התרבות, הספרות, התיאטרון והעיתונות. יהדות הונגריה התפלגה לשני זרמים עיקריים - האורתודוכסים והניאולוגים וההתבוללות בקרב יהדות זו הייתה גדולה מאד. הונגריה הייתה אחת הארצות הראשונות בה הופיעה האנטישמיות המודרנית-פוליטית ואף יוצגה בפרלמנט לקראת סוף המאה ה – 19.
עם עליית היטלר לשלטון, ביקשה הונגריה ברית עם גרמניה הן בשל הקרבה האידיאולוגית אליה והן בשל שיקולים כלכליים. כמו כן רצתה להחזיר לעצמה את השטחים שנלקחו ממנה לאחר מלחמת העולם הראשונה. עם סיפוח אוסטריה לגרמניה ב - 1938, הפכה גרמניה לשכנתה של הונגריה והשפעתה עליה גדלה מאד. חודשיים לאחר מכן חוקק בלה אימרדי, ראש ממשלת הונגריה, חוקים אנטי יהודיים אשר הגדירו מיהו יהודי לפי מוצא ולא על פי קריטריון דתי כמו שהיה עד אז. האנטישמיות בהונגריה בשנים אלו קיבלה תנופה מחודשת ורבת עוצמה והדרישה לפתור את בעיית היהודים הגיעה הן ממפלגות ותנועות ימניות ופרו-נאציות והן מראשי כנסיות. במרץ 1939 הרוויחה שוב הונגריה מקשריה עם גרמניה ועם כיבושה של צ'כיה על ידי היטלר, כבשה הונגריה את קרפטורוס. באפריל 1939 פרשה הונגריה מחבר הלאומים וכחודש לאחר מכן נחקק חוק היהודים השני שהרחיב עוד יותר את ההגדרה הגזעית של המונח 'יהודי'. אך עדין, נמנעה הונגריה מהזדהות מוחלטת עם גרמניה ולא הצטרפה למלחמה שפרצה כמה חודשים לאחר מכן. יתרה מזאת, בחודשים שלאחר מכן העניקה הונגריה מקלט למאות אלפי פליטים פולניים. ביוני 1940 הורשתה הונגריה להשתלט על טרנסילווניה, בהתאם להסכם שחתמו ביניהם גרמניה ואיטליה.
הונגריה ראתה בכך הצלחה של מדיניות החוץ שלה אך ידעה שתאלץ לשלם על כך מחיר מדיני. ואכן, כעבור זמן קצר הבהיר דמה סטויואי, שגריר הונגריה בברלין, שעל הונגריה להשתלב בצורה מקיפה יותר בתכניותיה של גרמניה. וכך, בסוף שנת 1940 הצטרפה הונגריה רשמית לחוזה המשולש שאיגד בין גרמניה, איטליה ויפן. בדצמבר 1941 הוכרזה מצד גרמניה ובנות בריתה מלחמה על ארצות הברית. בעקבות כך הכריזה בריטניה מלחמה על הונגריה וכך נותקה האחרונה מכל קשריה עם המערב והיא מצאה עצמה מבודדת ונתונה לחסדי הכפייה של הנאצים, כגרורה של גרמניה.
בשנים אלו, 1938 – 1941, נוספו עוד כ – 3000 אלף יהודים למספר יהודי הונגריה בעקבות סיפוחם חזרה של שטחים מצ'כוסלובקיה, קרפטורוס וטרנסילבניה שנלקחו ממנה. במקביל נחקקו חוקים כנגד היהודים שהחלו להגביל את צעדיהם בתחום האזרחי ובתחום הכלכלי, עד לחקיקתו של 'חוק היהודים השלישי' ב – 1941, שדמה באופיו לחוקי נירנברג. בתקופה זו מנו סך כל יהודי הונגריה כ – 725 אלף יהודים. למרות ההגבלות האזרחיות והכלכליות, הוסיפו יהודי הונגריה לחיות בבטחה יחסית, להוציא את הרצח בנובי סאד בינואר 1942, בו נרצחו כ – 1000 יהודים וכן את גיוסם של יהודים לעבודות כפייה במסגרת צבא הונגריה.
במרץ 1942 מינה עוצר הונגריה מיקלוש הורטי את מיקלוש קלואי לראש הממשלה. מדיניותו הייתה זהירה יותר משל קודמיו והוא אף דחה בעקביות את הדרישות החוזרות והנשנות של הגרמנים להחיל את הפיתרון בסופי על יהודי הונגריה, בדומה לשאר הארצות הכפופות לגרמניה. עובדה זו נסכה ביטחון בלב מנהיגי הקהילות היהודיות בהונגריה והם תלו תקוות בשלטון זה שיגן עליהם בשעת הצורך. עם תבוסת הציר בסטלינגרד שגרם לאבידות לצבא ההונגרי, החליט קלואי לפעול לשחרורה של הונגריה מהברית עם גרמניה ופנה לארצות המערב.
עם התקרבות הצבא האדום להרי הקרפטים החליט היטלר לפעול נגד הונגריה ובתשעה עשר במרץ 1944 נכנס צבא גרמניה להונגריה ובבודפשט הוקמה ממשלה פרו נאצית בראשותו של דמה סטויואי. מיד הוצאו צווים שעסקו בהפרדת היהודים משאר התושבים, בסימונם, בהחרמת רכושם, בריכוזם ובגירושם. בתחילת אפריל חויבו כל היהודי הונגריה לענוד טלאי צהוב ובהמשך אותו החודש רוכזו היהודים ברחבי הונגריה בגטאות שבערי המחוז, בבתי חרושת נטושים או במקומות להכנת לבנים שעליהם שמרו שוטרים וז'נדרמים הונגריים. גטאות אלו התקיימו רק כמה שבועות בלבד שכן תוך זמן קצר הועלו היהודים על רכבות ונשלחו למזרח. גירושם ושילוחם להשמדה התנהל לפי סדר קדימות גיאוגרפי, נוכח התקדמותם המהירה של כוחות ברית המועצות והתמקד בקהילות בקרפטורוס ומזרח הונגריה ולאחר מכן ביהודי טרנסילבניה , צפון הונגריה ולבסוף ביהודי דרום ומערב הונגריה.
בשמונת השבועות בין החמישה עשר במאי עד התשעה ביולי גורשו למחנה ההשמדה אושוויץ-בירקנאו יותר מ430 אלף יהודים מ55 גטאות ומקומות ריכוז גדולים. רובם נרצחו זמן קצר לאחר הגיעם למחנה. ב – 7 ביולי הפסיק הורטי את הגירושים. עם הפסקתם לא נותרו עוד בהונגריה קהילות יהודיות, למעט בבודפשט שם היה גורלם של היהודים שונה - השלטונות פיזרו אותם ב2639 בתים ברחבי העיר שסומנו במגן דוד וכך, לפי שעה, ניצלו מהגירושים. לכל אורך אותה תקופה ניסו יהודי בודפשט להשיג תעודות טבילה לנצרות או תעודות חסות ממשלתיות שיסייעו להם להישאר בחיים עד להגעת חיילי הצבא האדום. ב – 15 באוקטובר 1944 החליט הורטי להוציא לפועל את התכנית החשאית עליה שקדו בחודשים האחרונים של פרישה מן המלחמה ולהשתחרר מקשריה של הונגריה עם גרמניה. הוא הכריז על מעבר לצידה של בעלות הברית אך הגרמנים סיכלו תכנית זו, שלחו את הורטי למעצר בגרמניה ומינו את אנשי 'צלב החץ', בראשותו של פרנץ סלשי, להנהיג את הונגריה.
מיד עם השתלטותם של אנשי 'צלב החץ' נרצחו כשש מאות מיהודי בודפשט והוקם גטו סגור בעיר, ברובע היהודי ליד בית הכנסת ברחוב דוהני, אליו הוכנסו יהודי בודפשט חסרי תעודות החסות. ב-8 בנובמבר ריכזו ההונגרים למעלה משבעים אלף יהודים במפעל לייצור לבנים באובודה, משם הם הוצעדו בצעדת מוות למחנות באוסטריה. אלפים נורו ומתו ברעב ובקור. בין דצמבר 1944 לסוף פברואר 1945, הוציאו אנשי "צלב החץ" עשרים אלף יהודים מהגטו, העמידו אותם על גדות הדנובה, ירו בהם והשליכו את גופותיהם לנהר.
גופים רבים פעלו על מנת להציל את יהודי בודפשט, ביניהם, נציגי הצלב האדום, חברי ועדת העזרה וההצלה, חברי תנועות הנוער הציוניות, מועצת היהודים, ארגונים נוצריים ועוד. הפעולות התמקדו בעיקר בשמירת היהודים עד לבואו של הצבא האדום. לצורך כך הונפקו תעודות חסות רבות מטעם ממשלות וסוכנויות ניטרליות, כדוגמת פעילותם של ראול וולנברג משוודיה וקרל לוץ משוויץ. בעלי תעודות אלו היו נתונים להגנת הדיפלומטים והתגוררו בדר"כ בשגרירויות ובקונסוליות, הגדול שבהם היה בית הזכוכית בוודס אוטצה. בינואר 1945 הושגה שביתת נשק בין הונגריה לברית המועצות ופשט ובודה נפלו בזו אחר זו בידיו של הצבא האדום. סך הכל נספו בהונגריה בתקופת מלחמת העולם השנייה כ – 565 אלף יהודים.