כמעט 3,000 אשרות מעבר הנפיק שגריר יפן בליטא עבור פליטים יהודים שהגיעו לליטא לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה, אשרות שאפשרו להם נתיב בריחה מטבעת הרצח שהלכה והתהדקה סביבם. את האשרות הנפיק בניגוד להוראות הממונים עליו במשרד החוץ בטוקיו, בלחץ מעט הזמן שנותר לו עד שנאלץ לעזוב את ליטא שנכבשה על ידי הצבא האדום.
סוגיהרה לא יכול היה לעמוד מול מראות הפליטים היהודים הניצבים בשערי הקונסוליה ומתחננים לעזרה. הוא ידע שמתן סיוע יעלה לו במשרתו ונאלץ להכריע בין הרצון לעזור לבין פגיעה קשה במעמדו ובפרנסת משפחתו. עם שובו ליפן סולק סוגיהרה משירותו במשרד החוץ. פחות משנה לאחר סגירת שגרירות יפן בקובנה נכבשה ליטא על ידי הגרמנים וגורל היהודים שלא הצליחו לברוח מהמדינה נחרץ.