המאגר המידע של השילוחים בתקופת השואה כולל מנועי חיפוש רבים, ובהם חיפוש כללי, חיפוש גיאוגרפי וחיפוש על ציר הזמן. מנוע אחד מאפשר לחפש שילוחים על פי המקום הגיאוגרפי במפה: מדינות; מנוע שני מאפשר חיפוש על פי מוצא השילוח ו/או יעדו; מנוע שלישי מאפשר חיפוש שילוחים על ציר הזמן; המנוע הרביעי מאפשר חיפוש פרטני על פי השם הפרטי ושם המשפחה של היהודי שהיה בשילוח זה או אחר. בכל אפשרויות החיפוש האלה ניתן להשתמש בו־זמנית כדי לקבל תוצאות ברזולוציה הגבוהה ביותר. יש גם אפשרות לחיפוש הכולל טקסט חופשי.
התיאורים הפרטניים של כל שילוח נוגעים בין השאר לתהליכים ולגורמים שהובילו לגירוש היהודים. שילוחים שנכללו בגל גירוש בנקודת זמן מסוימת, מציגים אפוא הקשר היסטורי דומה. בשלל הבעיות המתודולוגיות עלתה שאלת מספר המגורשים. במקרים מסוימים נמצאו מספר רשימות מקבילות של מגורשים שחוברו בידי רשויות נאציות שונות או בידי הקהילה היהודית המקומית. לפיכך, בלתי אפשרי להגיע למספר המוחלט והמדויק של מגורשים.
בעוד שבמרבית השילוחים ניתן להתחקות במדויק אחר תוואי מסלול השילוח, ישנם שילוחים אחרים שבהם חסר מידע, ולפיכך המסלול במקרים אלו משוחזר, ואינו בהכרח משקף תמיד את המסלול ההיסטורי כפי שהתרחש במציאות.
תוצאות החיפוש באתר מכילות מידע שמקורו בבסיסי נתונים שנכתבו בשפות שונות. אשר על כן, איות שמות יישובים או אישים יכול להשתנות בהתאם לשפת המקור. האתר מציג גם עזרים שונים, כגון מפות, תצלומים, עדויות, סרטים והפניות למראי מקום מדויקים בספרות העוסקת בשילוח מסוים, או בדברי הסבר ומחקרים כלליים על התקופה הנדונה. ישנם גם קישורים לפריטים ביבליוגרפיים המצויים בספריית יד ושם, וכן לתיקים השמורים בארכיון יד ושם ובארכיונים אחרים. קישורים אלו מציעים לחוקרים גישה למסמכים מקוריים (שסריקתם מותרת) ובו מידע רחב יותר ותיעוד נוסף.
מובן שהמידע המובא כאן תלוי באיכות התיעוד הקיים ובהיקפו, ולכן אין הוא אחיד תמיד ברמתו.
מאגר השילוחים הוא פרויקט דינמי, ומטרתו להציג תיאור מפורט של כל שילוח, תיאור המבוסס על מידע ארכיוני הנגיש כיום. סביר להניח שאם וכאשר יימצא חומר ארכיוני נגיש אחר, ישתנו תיאורי השילוחים בהתאם.
