בשנת 1828 נבנה בלייפאיה בית כנסת שני ונוסדה רבנות. נוסד תלמוד תורה והוקמו קופת צדקה ואגודה לסיוע רפואי לנזקקים. ב-1850 התגוררו בעיר 1,200 יהודים, כשישית מאוכלוסיית העיר. הם היו אזרחים שווי זכויות וכעשירית מהם היו סוחרים. הם התקרבו לתרבות הגרמנית ורבים מהם העניקו חינוך גרמני לילדיהם.
בסוף המאה ה-19 חיו בעיר כ-9,500 יהודים שהיוו כ-15 אחוזים מכלל התושבים. רבים מהם הגיעו מ"תחום המושב" במערב רוסיה – אזור ממנו לא הורשו לצאת במשך תקופה ממושכת. הם דיברו יידיש והיו אדוקים ועניים מיהודי לייפאיה הוותיקים שהתבדלו מהם.
במפנה המאות שלטו היהודים בייצוא התבואה והעץ מלייפאיה. רבע מבתי החרושת בעיר היו בבעלות יהודית. היהודים היו מתווכים, פקידים, בעלי מלאכה וסוורים, בנקאים ונציגי חברות מסחר ותעשיה רוסיות. היו בהם סבלים, רוכלים, חנוונים ובעלי מלאכה. כרבע מהם התפרנסו מתעשייה.
מסוף המאה ה-19 נוסדו בעיר מפלגות ואגודות ציוניות וסניף של מפלגת הבונד. הם קיימו חיי תרבות עשירים שכללו ספריות וחוג דרמה. תקנות נומרוס קלאוזוס הגבילו את מספר התלמידים היהודיים במוסדות הלימוד הכלליים אך מוסדות לימוד יהודיים רבים העניקו השכלה דתית וכללית - כולל לימודי ערב - ביידיש, עברית, גרמנית, רוסית ועוד, בסיוע "החברה להפצת השכלה", ובהם למדו מאות תלמידים ותלמידות יהודיים. ועד הקהילה וסוחרים עשירים פיתחו מוסדות להכשרה מקצועית, והוקמו חברות סעד, גמילות חסדים ואשראי לסוחרים, לבעלי מלאכה ולנזקקים. מוסדות פרטיים וקהילתיים הקימו ותחזקו בית אבות ובית תמחוי לחולים ולתלמידים, סיפקו בגדים וספרי לימוד וסייעו בשכר לימוד לתלמידים עניים.
מדי שנה עברו בנמל לייפאיה עשרות אלפי יהודים שהיגרו מערבה. הם סיפקו פרנסה ליהודי העיר שהחזיקו מסעדות, אכסניות וסוכנויות נסיעה. עשירי הקהילה וכן ועד סיוע הקימו למען המהגרים אכסניה, תמכו בהם בטיפול רפואי ובכספים והתמקחו עם חברות הספנות כדי לשפר את תנאי הפלגתם. כאלפיים מהגרים נעזרו בכך מדי שנה.
קריאות לגרש את היהודים הליטאיים הביאו להוצאת מספר צווי גירוש שרובם לא בוצעו. היישוב היהודי בלייפאיה גדל וערב מלחמת העולם הראשונה ישבו בעיר כ-10,000 יהודים, שהיוו כ-12% מהאוכלוסייה.
