ב-5 ביולי חייב הממשל הצבאי הגרמני את יהודי לייפאיה לסמן בגדים בטלאי צהוב, אסר על יציאתם מהבית רוב היום ועל שימוש בתחבורה ציבורית, וחייבם למסור רכוש רב. בעלי עסק יהודיים חויבו לסמן את חנויותיהם בשלט המצהיר על היותו של העסק בבעלות יהודית. כמו כן חויבו היהודים בעיר למסור את מקלט הרדיו הביתי, מכונות כתיבה ואמצעי תחבורה פרטיים.
מדי יום רוכזו בכיכר אלפי גברים מבין 7,100 היהודים שבעיר, ושוטרים חמושים התעללו בהם. חלק מהיהודים נלקחו לעבודה עבור הצבא הגרמני, בין השאר בפינוי הריסות ובקבורת חללי המלחמה. עד סוף יולי נאסרו ונרצחו כמעט אלפיים גברים יהודיים. בטבח השתתפו מתנדבים לטביים מיחידת "קומנדו אראייס" שהוקמה בריגה תחת פיקוד קצין האס-אס הלטבי ויקטורס אראייס (Arājs). רוב הרציחות התרחשו על חוף הים הבלטי, בין היתר בעיירת הדיג שקדן (Šķēde) שמצפון לעיר.
תחילה לא ידעו יהודי לייפאיה מה עלה בגורל קרוביהם שנלקחו. היו שמועות שהנעדרים נשלחו לעבודות מחוץ לעיר. נשים לטביות העבירו לבני משפחותיהם של הנעדרים פתקים ובהם בקשות לכסף, בגדים ומזון. לאחר מספר שבועות התגלה שהפתקים זויפו ושבעת כתיבתם היו היהודים, שכביכול כתבו אותם, מתים.
מאוגוסט 1941 פחתו ממדי הרציחות ההמוניות. יהודים עובדים זכו לתעודות עובד ששחררו אותם מחובת ההתייצבות היומית ולעתים העניקו להם חסות מחטיפות והוצאות להורג, שנמשכו באופן אקראי. בעלי מלאכה ובעלי מקצועות טכניים שעבדו עבור הצבא, המשטרה והצי הגרמניים זכו לחסות יציבה יותר. בעיר עדיין המשיכו לפעול המוסדות היהודיים מושב זקנים ובית החולים "לינת צדק" שעבד עם ציוד דל וללא אמצעי הרדמה.
בספטמבר ובאוקטובר התעצמו הרציחות ומאות יהודים נרצחו, בעיקר נשים הרות, זקנים וחולים, בהם יושבי בית הזקנים היהודי. עד נובמבר נותרו בלייפאיה כ-3,900 יהודים, רובם נשים וילדים. ב-13 בדצמבר פרסם מפקד האס-אס והמשטרה הבכיר פריץ דיטריך צו לפיו חייבים יהודי העיר להישאר בבתיהם ב-16-15 בדצמבר. משטרת הבטחון הגרמנית הוציאה כ-350 תעודות עבודה חדשות שחולקו ליהודים שעבדו בתחנות המשטרה, לסגל הרפואי בבית החולים היהודי, לבעלי מלאכה ולבני משפחותיהם. רבים ניסו להכניס לאישוריהם יהודים שלא היו קרוביהם. אחרים הכינו מקומות מסתור במרתפים, בעליות גג ואצל מכרים נוצרים. מספר יהודים השיגו תעודות חסות מאנשי צבא גרמניים.
בין 14 ל-17 בדצמבר אספו שוטרים לטביים את רוב יהודי העיר מבתיהם, לפי רשימות כתובות. במהלך המיון נאלצו היהודים לעמוד בחצרותיהם שעות רבות בצפיפות, עם הפנים לקיר, ללא מים ומזון. בתום המיון נשלחו בעלי תעודות החסות לבתיהם ויתר היהודים הוסעו במשאיות ובמזחלות שלג לשקדן. הם הצטוו להתפשט ונורו בקבוצות על ידי כיתות ירי גרמניות ולטביות, לתוך בורות שנחפרו מראש. הטבח החל ב-15 בדצמבר, בשעה שאיסוף היהודים בעיר עוד נמשך, והסתיים ב-17 בדצמבר.
לאחר רצח 2,749 יהודים נותרו בלייפאיה כאלף יהודים בעלי תעודות עובד, בני משפחותיהם ויהודים ללא תעודות שחמקו מהטבח. עד אביב 1942 נרצחו עוד כ-100 יהודים. מספר יהודים הסתתרו וקבוצה של 22 יהודים אף התנפלה על השומרים הלטבים וברחה. המפקד הגרמני, איש האס-אס וולפגנג קיגלר, קיבל שוחד מהיהודים ובתמורה הופסקו לזמן מה החיפושים אחר היהודים.