באפריל 1942 נמנו בנדבורנה כ-3,600 יהודים. בתקופה זו החלו הכנות להקמת גטו בנדבורנה. היהודים נדרשו לספק קרשים וחוטי תיל כדי להקים גדר סביב השטח שהוקצה לגטו. ב-30 באפריל 1942 נסגרו היהודים בשני גטאות מגודרים. לגטו א' הועברו הכשירים לעבודה ואלה שעבדו במפעלים חיוניים. מעטים מהם הצליחו ליצור קשר עם איכרים בכפרי הסביבה וכך להבריח מעט מזון לגטו. בגטו ב' שוכנו יהודים בלתי כשירים לעבודה. עד מהרה פשטו בו רעב ומגפות טיפוס הבהרות ודיזנטריה, והפילו חללים רבים. הוקם בו בית חולים, אך שוטרים גרמנים ואוקראינים היו מוציאים מדי פעם את המאושפזים ורוצחים אותם בבית הקברות היהודי. הוקם בו גם בית יתומים לילדים שהוריהם נרצחו באקציה של אוקטובר 1941, אבל רוב הילדים בו גוועו ברעב מהיעדר מזון. היודנרט ניסה לארגן עזרה לנזקקים, אבל אמצעיו היו דלים. במאי וביוני 1942 רוכזו בשני הגטאות בנדבורנה עוד יהודים מיישובי הסביבה.
באוגוסט 1942 נלקחו כמה מאנשי היודנרט, ובראשם מקסימיליאן של, לגסטפו בסטניסלבוב (Stanisławów) ונחקרו בעינויים, אחרי שאפשרו לקבוצת יהודים לצאת לעבודה בעיר סטרי (Stryj) ללא רשות הגסטפו. הרקע לכך היה סכסוך בין רשויות גרמניות. הנחקרים הוחזרו לנדבורנה ועל יושבי הגטו הוטל קנס כבד.
בקיץ 1942 בוצעו אקציות רצח בקרב יהודי הקהילות שסביב נדבורנה. היהודים ששרדו מקהילות אלה רוכזו בגטאות נדבורנה. במקביל נהגו גרמנים ואוקראינים להיכנס לגטאות נדבורנה ולרצוח בהם יהודים באקראי. בספטמבר 1942 הוצאו מגטאות נדבורנה מאות יהודים ונרצחו באקציות בסטניסלבוב. חלק מהעובדים בגטאות נדבורנה הוכנסו למחנה עבודה שהוקם בעיר.
בקיץ ובסתיו 1942 רבו הניסיונות של יהודים לברוח מהגטאות. בגטו עסקו האחים מילבאואר (Milbauer) בזיוף ומכירה של תעודות זהות אריות כדי לסייע ליהודים להימלט מהגטו ומהעיר. קבוצות יהודים ברחו להונגריה, והיו שברחו ליערות הסביבה, אבל רובם הוסגרו לידי הגרמנים או נרצחו בידי מקומיים ובידי קבוצות של אוקראינים, תומכי הלאומן האוקראיני סטפן בנדרה.
גטאות נדבורנה חוסלו ב-24 באוקטובר 1942. יהודי הגטאות הוכנסו לבית הכנסת שהיה באחד משני הגטאות, רכושם נשדד והם נרצחו. יהודים אחרים הועברו
לסטניסלבוב ושם נרצחו. באקציה זו נרצחו גם שרידי הקהילות היהודיות בסביבה. בגטו א' נשארו כמה עשרות בעלי מלאכה, אך בנובמבר 1942 נרצחו גם הם ביער סמוך וקהילת יהודי נדבורנה חדלה מלהתקיים.
