במסגרת המאבק לשוויון הזכויות של היהודים בבוואריה, בו השתתפו קהילת רגנסבורג ורב הקהילה, בוטלה ההגבלה על ישיבת יהודים בעיר. בשנת 1880 נמנו בעיר 675 יהודים - כחצי אחוז מכלל אוכלוסיית העיר. באותה תקופה למדו כ-70 ילדים בבית הספר היהודי, שפעל בבניין בית הכנסת. הזרם הליברלי בקהילה התחזק ועקב כך הוכנס לתקנון הקהילה סעיף האוסר על תפילת "כל נדרי" כדי שלא יחשדו הנוצרים שהיהודים אינם נאמנים. הקהילה כמעט התפלגה על רקע זה, ולבסוף הוחלט שהמבקשים להתפלל "כל נדרי" יתכנסו באולם צדדי בבית הכנסת לפני התפילה בציבור.
במפנה המאות היו בין מנהיגי הקהילה סוחרים, עורכי דין ובנקאים. אחד ממנהיגי הקהילה, יצחק מאיר, אף חיבר ספר על תולדות יהודי רגנסבורג.
בתחילת המאה ה-20 היה חזן הקהילה המוסיקולוג אברהם צבי אידלסון, מחבר "אוצר נגינות ישראל". בשנת 1912 נחנך בית כנסת חדש בעיר ובו כיתות בית הספר העממי היהודי, משרדי הקהילה, חדרי מגורים ומקווה. לפני מלחמת העולם הראשונה נוסד ברגנסבורג סניף של ההסתדרות הציונית. ליד רגנסבורג פעלו באחוזה החקלאית הרמנסברג הכשרה חקלאית לחלוצים דתיים ומרכז תורני קטן. בשנת 1939 עזב בעל האחוזה, הרמן הירש נויבאואר, וההכשרה פוזרה.
בין מלחמות העולם חיו ברגנסבורג כ-480 יהודים. בבחירות להנהגת הקהילה בשנת 1926 זכו האורתודוכסים לתשעה צירים והליברלים - לשבעה צירים. בהנהגת הקהילה ישבו מנהיג החרדים דוד רוזנבלט ומנהיג הליברלים, עורך הדין פריץ אטינגר. בשנת 1932 נבחר אטינגר לתפקיד ראש הקהילה. אטינגר המשיך לחתום על מסמכי הקהילה עד 1938.
קהילת רגנסבורג פעלה רבות בתחומי הרווחה, התרבות והחינוך. בשנת 1920 נוסדה ברגנסבורג קרן להקמת מושב זקנים. מאייר, רב הקהילה הוותיק, הלך לעולמו בשנת 1925 לאחר כהונה של 43 שנה ומחליפו הארי לוי ניהל חוג תלמוד והקים סניף של "האגודה לתולדות ישראל ולספרותו", במסגרתו התקיימו הרצאות והוקמה ספריה. בתקופה זו התכנסה ברגנסבורג ועידה ארצית של "אגודת הנשים היהודיות בבוואריה" ונוסדה לשכת סעד יהודית. בשנת 1931 החלה הקהילה להפעיל ועד לסעד קשישים ועקב מצבה הכלכלי הקשה הטילה מס חירום.
עד שנת 1933 פעלו בבית הספר היהודי היסודי בעיר שבע כיתות בהנהלת המורה הוותיק זיגמונד שטיין, שפרש באותה שנה מתפקידו לאחר 47 שנים. "דויטשה איזראליטישה צייטונג", עיתונה הוותיק של הקהילה היהודית, המשיך לצאת לאור.
