הקהילה החזיקה בית כנסת ומוסדות דת נוספים, בית ספר עממי שפעל עד 1937 וספריה ציבורית. בקהילה פעלו אגודות ומוסדות צדקה, רווחה ותרבות, בהן אגודה למען בית הספר העממי, אגודה לטיפוח חיי החברה והתרבות וקופת מלווה שפעלה גם היא עד 1937. עוד פעלו חברה קדישא וחברה קדישא לנשים, שדאגה בין היתר לאשפוז ילדים עניים בבתי חולים ולעזרה לעניים בהבראה. קרן צדקה סייעה בהסקה למשפחות עניות וקרן נוספת סייעה בהכנסת כלה. חלק מילדי הקהילה קיבלו שיעורי דת מרב הקהילה מגנוס ויינברג. הוא פרש ב-1935 ובמקומו נבחר הרב פליקס סלומון.
עם עליית הנאצים לשלטון ב-1933 החלה הסתה אנטישמית נגד יהודי העיר. ב-1934 נעצר סוחר יהודי בחשד לרצח נער נוצרי ועיתון הנאצים ברגנסבורג האשים את היהודים ברצח, אך העצור שוחרר כשהוברר שהרוצחים נוצריים. החל חרם כלכלי על היהודים. סוחרים וצרכנים יהודים בשוק הותקפו וסחורותיהם הושמדו. ב-1934 סולקו התלמידים היהודיים מבתי הספר התיכוניים בעיר. לאחר פרסום חוקי נירנברג הידרדר מצבם הכלכלי של יהודי העיר. הנאצים הורו לבעלי בתי מלון ומסעדות בעיר לא לשרת יהודים.
בתגובה ללחצים האנטישמיים הצטרפו יהודים רבים לסניף התנועה הציונית בעיר והקהילה החלה לסייע לסוחרים שנפגעו מהחרם הכלכלי וליהודים שביקשו להגר. הסיוע כלל הלוואות, קורסים לשפות, קורסים ללימוד מקצוע ועוד. סניף ההסתדרות הציונית בעיר קיים חוג עברית. ב-1936 נפתח ברגנסבורג בהסכמת הגסטפו בית חלוץ להכשרת נוער לעלייה לארץ ישראל אך בדצמבר 1938 סגר הגסטפו את בית החלוץ.
עד 1938 עזבו 268 יהודים את רגנסבורג ויותר ממחציתם היגרו מגרמניה. בעקבות ההגירות קשישים רבים נותרו ללא סיוע. הקהילה קיימה מפעל סעד חורף (Winterhilfe) בעזרת אגודת הנשים היהודיות בבוואריה ובשנת 1938 הקימה מושב זקנים. בשנה זו, עוד לפני ליל הבדולח, נאסר יהודי באשמת "חילול הגזע" וחלונות הראווה של חנויות יהודיות הושחתו. בגירוש זבונשין, באוקטובר 1938, נכללו 13 יהודים מרגנסבורג, אך בינואר 1939 הושג הסכם בין פולין לגרמניה והמגורשים מרגנסבורג הוחזרו לעיר.
בליל הבדולח, בנובמבר 1938, החריבו נאצים בני העיר את הרכוש בבית הכנסת ובבית הקהילה ושרפו מבנים אלה. דירות וחנויות של יהודים נהרסו, וכן רכושם וסחורותיהם. כ-220 יהודים, בהם נשים וילדים, נעצרו ונכלאו בתחנת המשטרה המקומית. עשרות הושפלו בפומבי וחלקם נשלחו למחנה הריכוז דכאו. חברים במפלגה הנאצית פרצו לדירותיהם ובזזו את רכושם. הרב סלומון ואשתו הוצאו מדירתם בלילה והצטוו לעמוד בחוץ בכותונות לילה, בעוד דירתם נהרסת בידי הפורעים הנאצים. סוחר יהודי בן 66 מת לאחר שהוכה במעצר. העצורים שוחררו בתמורה להתחייבותם להגר מגרמניה. הרב סלומון היגר לאנגליה ביולי 1939 ונהרג כעבור שנה בבליץ הגרמני על לונדון.
עד ינואר 1939 הועבר בתהליך האריזציה כל רכוש הסוחרים ובעלי העסקים היהודים לידי נוצרים. רדיפת היהודים בעיר ומאסרם נמשכו גם לאחר ליל הבדולח.
