הגרמנים מינו יודנרט חדש בראשותו של שמואל וייסברוט. אייזנברג כתב על התקופה החדשה בגטו:
החיים בגטו מצליחים להתייצב. אורגנה מועצת יהודים [יודנרט] חדשה וכן משטרה יהודית. רופאים יהודים מגישים עזרה רפואית. המסחר מתפתח. היהודים מתרוצצים בכפרי הסביבה כדי להביא משם מעט מצרכי מזון. היהודים מקימים מסעדות שאפשר למצוא בהן מעט ארוחות חמות. פולנים באים לגטו, מביאים מצרכים וקונים בגדים, לבנים, שעונים ותכשיטים. לגטו באים גם פולנים מהכפרים בסביבה ומציעים להחביא יהודים תמורת תשלום הגון.
אך ההקלה לא נמשכה זמן רב. בשל המחסור במים, מיעוט המזון והצפיפות הקשה פרצה בגטו מגפת טיפוס ורבים מיהודי הגטו מתו. אסירים שברחו ממחנה האסאג לגטו כה נרתעו ממציאות החיים בגטו עד כי חזרו למחנה. ימים אחדים לפני חיסול הגטו הובאו אליו מאות אסירים תשושים מהאסאג וכדי להחליפם נשלחו מהגטו אל המחנה כ-1,000 צעירים.
ב-8 בינואר 1943 כותר גטו שידלובייץ וב-13 בינואר נכנסו אליו אנשי אס אס. כ-80 יהודים נרצחו בגטו עצמו ובדרך לתחנת הרכבת. אנשי אס אס ירו בילדים ובחולים. אוקראינים התנפלו על המגורשים ושדדו מהם את חפציהם האחרונים. כ-5,000 יהודי הגטו הועלו לרכבות וגורשו לטרבלינקה, שם נרצחו. הקהילה היהודית בשידלובייץ חדלה להתקיים.
מוטל אייזנברג הסתתר אצל איכר פולני בחווה סמוכה לשידלובייץ וממנו שמע על האקציות:
אנחנו יושבים כמו אחרי לוויה של הקרובים מכל. ... כמה משפחות, ובהן משפחתו של פנחס שטיינמן, שהתארגנו והצהירו שאין בכוונתן להיכנס לקרונות, נורו כולן. הן הספיקו לקרוע לגזרים את כספם ולהשליכו על פני השדה.
למעלה משנתיים הוסתר אייזנברג במרתפו של איכר פולני, תמורת תשלום. על השחרור כתב:
ב-14 בינואר 1945 בלילה עזבו הגרמנים את הבית ובערב הגיע האיכר שלנו למרתף ובפיו החדשות הנפלאות, שכמעט לא תיאמנה, שהצבא האדום כבש את שידלובצה. אנחנו זוחלים החוצה מקברנו, נדכאים אך מאושרים על שניצלנו. ... לפנות בוקר, כשעוד חשוך, אנחנו הולכים בדרך צדדית המובילה אל שידלובצה. אני גורר בקושי את הרגליים כי כבר חודשים ארוכים איני רגיל להניע אותן. אנחנו נכנסים אל העיירה. קשה להעלות על הדעת שעד לא מזמן חיו כאן אלפי יהודים.
לאחר השואה
לאחר השואה התקבצו בעיירה 300 יהודים, ניצולי מחנות העבודה וכן בודדים שהוסתרו בידי פולנים. יהודים אלה עזבו את העיירה נוכח גלי האנטישמיות בפולין בחודשים הראשונים לאחר תום המלחמה.
מהקהילה לא שרדו כמעט שום תעודות, מכתבים או יומנים. על עברה המפואר של הקהילה מעיד בית הקברות, שהשתמר עם מצבותיו העתיקות. בית הקברות הזה הוא אחד היפים בפולין וממשלת פולין הכריזה עליו אתר היסטורי ודואגת לשמרו.
אלבום הצילומים משידלובייץ
בראשית שנות השישים נמסר ליד ושם אלבום תצלומים מקורי ובו 105 תצלומים, חלקם מלווים בתיאורים בכתב יד בגרמנית. ככל הנראה היה זה אלבום פרטי של שוטר גרמני שתיעד במצלמתו, בין היתר, את בני העיירה שידלובייץ בתקופת מלחמת העולם השנייה, את הפליטים שהתקבצו בה, את רחובותיה, בתי הכנסת בה ובית הקברות היהודי. הצלם האלמוני הסתובב ברחובות העיירה, כנראה בליווי אחד מאנשי היודנרט, המופיע בשתיים מהתמונות. הצלם לא נמנע מלתעד במצלמתו את היהודים גם בעת גירושם להשמדה, וצילם את מראות הרצח ברחובות בעת הגירוש ואת ביזת הרכוש על ידי פולנים וגרמנים מיד לאחר הגירוש.