היהודים גורשו מבתיהם ובקיץ 1940 הצטופפו בכ-80 דירות בבתי יהודים. נאסר עליהם להיכנס למקומות מסויימים בעיר. בחורף של 1941-1940 חולק פחם רק לאלה מהם שהיו חולים, ובחורף הבא לא חולק ליהודים פחם כלל. במרס 1941 העסיקה הנציגות הארצית של יהודי גרמניה 16 מבני הקהילה בבית התמחוי, במחסן הבגדים, במרפאה, בבית הזקנים וביתר מוסדות הציבור. בוויסבאדן נותרו פחות מאלף יהודים, חלקם הגדול קשישים ונשים, ופחות מ-60 ילדים עד גיל 14. עד אמצע 1942 נמשכו הלימודים בבית הספר היהודי.
גירוש יהודי ויסבאדן
במרס, מאי ויוני 1942 גורשו מוויסבאדן כ-500 יהודים, בהם רבנים. המגורשים הובלו בקבוצות ברחובות העיר אל תחנת הרכבת בוויסבאדן, הועלו על קרונות בקר ונשלחו למחוז לובלין. הם שהו בפיאסקי ונשלחו למחנות ההשמדה סוביבור, בלז'ץ ומיידנק, שם נרצחו.
ב-11 ביוני הועלו על קרונות בקר יותר מ-600 יהודים ממחוז ויסבאדן, רובם מוויסבאדן העיר, וגורשו לפרנקפורט. משם גורשו עם כ-600 יהודים מקהילת פרנקפורט למחוז לובלין. כמעט מאתיים מתוכם גורשו למיידנק והיתר שהו יומיים באיזביצה (Izbicia) וגורשו להשמדה בסוביבור. לא ידוע על איש ששרד את השילוח.
עד הגירוש הבא התאבדו כ-40 יהודים בוויסבאדן.
במברק מ-21 באוגוסט 1942 ציווה מטה הגסטפו בפרנקפורט על מפקד המשטרה בפרנקפורט ובוויסבאדן ועל ראשי המחוז להרכיב את רשימות היהודים המיועדים לשילוח. בצווים נאמר שאת הוצאות הנסיעה ממקום המגורים למחנה האיסוף ישלמו היהודים.
במברק צוין שהיהודים המיועדים לגירוש הם:
1 – יהודים מעל גיל 65 או יהודים מעל גיל 55 שמצבם הבריאותי אינו תקין, אם אינם נשואים לגרמנים.
2 - יהודים שנפצעו במלחמת העולם הראשונה או קיבלו עיטור גבורה.
3- "מישלינגה" [יהודים למחצה או לרביע] שהם יהודים על פי החוק.
ב-27 באוגוסט 1942 התקיימה תפילה בציבור אחרונה בוויסבאדן. בין 27 ל-29 באוגוסט 1942 רוכזו 600 יהודים, חלקם הגדול זקנים ותשושים, בחצר בית הכנסת האורתודוקסי. הם צולמו במקום ריכוזם, בעת רישומם בתחנת המשטרה ועם עלייתם לקרונות רכבת הגירוש בתחנת הרכבת בעיר.
על פי הוראות הגסטפו, נאסר עליהם לקחת יותר מ-50 מרק במזומן וחפצי ערך, למעט טבעת נישואין. היה עליהם להביא רשימה של דברי הערך שהביאו ולמסור אותם בדלפק הרישום לפני הגירוש, וכן להביא רשימת בתים, חשבונות בנק וכל רכוש שנרשם והוחרם. כל מגורש יכול היה לקחת מזוודה בגודל 15 על 45 על 60 ס"מ. הומלץ להם להביא צלחת, סכו"ם וספל. נאסר עליהם להביא סכינים, כולל סכיני גילוח. הם נדרשו להשאיר את דירתם נקייה ונעולה ולמסור בדלפק הרישום את מפתח הדירה עם פתקית השם.
ב-29 באוגוסט גורשו לפרנקפורט, שם הועלו על הרכבת עוד כ-600 יהודים מקומיים. ב-1 בספטמבר יצאה הרכבת מפרנקפורט ולמחרת הגיעו המגורשים לטרזין. היו אלה בעיקר יהודים זקנים ותשושים וכן בעלי עיטורי גבורה ממלחמת העולם הראשונה ויהודים שנפצעו במלחמה זו, יחד עם בני משפחותיהם. מאוחר יותר גורשו יהודים אלה מטרזין לאושוויץ. רק 32 יהודים מגירוש זה נותרו בחיים לאחר המלחמה.
חיסול רכושה של הקהילה הוטל על עורך הדין ברתולד גוטמן, שגורש לטרזין במשלוח של 1 בספטמבר 1942 עם בנו. ראש הקהילה מוריץ מקסהיימר גורש גם הוא ונרצח באושוויץ כעבור חודש. מזכיר הקהילה ארתור שטראוס גורש במרס 1943 עם אשתו אנה לטרזין ומשם גורש באוקטובר 1944 לאושוויץ. 13 רופאים יהודיים מוויסבאדן גורשו ונספו, רובם בטרזין.
בדצמבר 1942 נותרו בוויסבאדן פחות מ-200 תושבים ממוצא יהודי, רובם יהודים למחצה או לרביע ובני זוג של ארים שהוגדרו כבעלי זכויות יתר. ב-1943 צורפו יהודים אלה לקהילת פרנקפורט. בפברואר 1945 גורשו 25 מהם לטרזין.