בינואר 1939 אילצו השלטונות את רב מחוז וירצבורג, הרב ד"ר הרב ד"ר שמעון (זיגמונד) הנובר שהיה עצור במחנה ריכוז, לעזוב את גרמניה. אחריו כיהן הרב ד"ר מנחם (מגנוס) ויינברג שהיה הרב האחרון של קהילת וירצבורג עד חיסולה.
הכיתוב בכתב יד גותי מתחת לתצלומים נושא אופי אנטישמי:
עדרי "ה"מישפוחה" (יידיש, משפחה) היהודית מגיעים לנקודת הפינוי..."
"ה"טינף" (טינופת, זבל) היהודי מוטען..."
"ככל שהשעה מאוחרת יותר, האורחים נאים יותר..."
"ברכב וברגל נשפכים כאן היהודים..."
יד ושם, ארכיון התצלומים 7900/94-99
באדיבות ארכיון העיר וירצבורג (Staatsarchiv Würzburg)
בספטמבר 1941 הוטלה גזרת הסימון על יהודי גרמניה. כל יהודי מגיל שש ומעלה חויב לשאת על בגדו העליון את "הטלאי הצהוב". באוקטובר 1941 נאסר על יהודים לעזוב את גבולות הרייך ובנובמבר 1941 גורשו בפעם הראשונה יהודים מווירצבורג לריגה.
בתחילת 1942 הורו השלטונות על פינוי כל הדירות היהודיות בווירצבורג ובעליהן רוכזו בתוך מבנה בבית הקברות היהודי, בצפיפות רבה וללא כל פרטיות. אנשים הוכנסו לחדר האבלים, אולם ההספדים, בית התפילה וחדר השומר. גם בקומה העליונה שוכנו כמה משפחות. יהודים ששולחו לווירצבורג מישובים אחרים בפרנקוניה רוכזו בבית החולים היהודי. יהודים מבוגרים, גברים ונשים, גויסו לעבודות כפייה בבתי חרושת, בניקוי רחובות, בטעינה ופריקה בתחנת הרכבת ועוד. מגבלות חמורות הוטלו על תנועת היהודים בעיר.
מעת עלייתם של הנאצים לשלטון ועד 1942 עזבו כ-2,300 יהודים את וירצבורג, בהם יהודים שעברו או גורשו לווירצבורג מיישובים אחרים בגרמניה. כרבע מהם עזבו למקומות אחרים בגרמניה והיתר היגרו אל מחוץ לגרמניה, רובם לארצות הברית, ארץ ישראל ובריטניה.
על פי דו"ח של הגסטפו בווירצבורג, "פונו" מנובמבר 1941 עד יוני 1943 2,063 יהודים מפרנקוניה התחתית בשישה שילוחים, ובכלל זה יהודי קהילת וירצבורג. לפני הגירוש הם נדרשו למסור את כל דברי הערך שלהם, את מפתחות דירותיהם וכן רשימה המפרטת את רכושם, לרבות פרטי חשבונות הבנק שלהם. הם הורשו לקחת איתם לרכבות מעט מיטלטלין. לפני העלייה לרכבות הם עברו רישום וכן חיפוש קפדני אחר דברי ערך וסחורות שהיו אסורות להוצאה. לאחר מכן הועברו המגורשים ברכבות לנירנברג ומשם שולחו כשליש מהם לטרזין והיתר - למזרח. שוטרים גרמנים תיעדו בצילומים שלושה מהשילוחים עבור מיכאל פולקל (Michael Völkl), האחראי על הגירושים מטעם הגסטפו בווירצבורג. צילום על ידי גורמים אחרים נאסר במהלך הגירושים.
השילוחים מפרנקוניה התחתית
-
ב-27 בנובמבר 1941 גורשו 202 יהודים מווירצבורג לריגה.
-
גורשו 208 יהודים מקיצינגן (Kitzingen) לאיזביצה (Izbica) שבפולין. ביניהם היו 24 יהודים מקהילת וירצבורג.
-
ב-25 באפריל 1942 גורשו 850 יהודים מווירצבורג לקרסניסטאב (Krasnystaw). 78 מהם היו מקהילת וירצבורג והיתר - מכ-80 יישובים שונים.
-
גורשו 177 יהודים מווירצבורג לטרזין.
-
גורשו 562 יהודים מווירצבורג לטרזין.
-
גורשו שבעה יהודים מווירצבורג לטרזין ו-57 לאושוויץ.
לאחר הגירוש האחרון נותרו בווירצבורג 29 יהודים בלבד, מהם 14 תושבי וירצבורג והיתר - יהודים שהובאו לשם מיישובי הסביבה. חמישה מהם היו צאצאים של נישואים מעורבים שנחשבו "יהודים על פי החוק" (Geltungsjuden) והיתר היו נשואים לגרמנים.








