ה"פתרון הסופי של השאלה היהודית" היה שמו של המבצע הנאצי שמטרתו הייתה לרצוח כל יהודי אליו יוכלו להגיע, וכן לסלק מן העולם את מה שהם כינו 'הרוח היהודית' והשפעתה על העולם.
מתי וכיצד התקבלה ההחלטה על רצח היהודים ומי היה מעורב בתהליך קבלת ההחלטות? אין בנמצא שום מסמך כתוב או פקודה מתועדת בעל-פה של אדולף היטלר המודיעה על ההחלטה לרצח והניסיון לקבוע מתי התקבלה ההחלטה להחיל את הפיתרון הסופי עמד בבסיסה של מחלוקת ארוכת שנים בין ההיסטוריונים. אלו המכונים האינטנציונליסטים (Intentionalists) הדגישו את מקומו של היטלר וטענו שמאז ומתמיד היה בכוונתו לרצוח את היהודים, ושכוונה זו הייתה מובנית במשטר הנאצי והתבססה על האידיאולוגיה הנאצית, שעמדה במרכז וממנה נבעה המדיניות. מנגד, הפונקציונליסטים )Functionalists )הדגישו את חלקם של דרגי הביניים והאנשים בשטח וטענו שהאידיאולוגיה לא עמדה במרכז המדיניות הנאצית ושימשה בעיקר ככלי פוליטי. לפיהם, הנאצים הגיעו לפתרון של רצח היהודים רק בשלב כלשהו בעיצומה של מלחמת העולם השנייה, לאחר שמוצו כל שאר הפתרונות והנאצים מצאו עצמם פעם אחר פעם במצב בו לא ידעו מה לעשות עם היהודים.
שתי תעודות משנת 1939 ממחישות את המחלוקת ההיסטוריוגרפית – ב – 25 בינואר הוציא משרד החוץ תזכיר בו נכתב בפירוש שהמדיניות כלפי היהודים ברייך השלישי הינה הגירה. אבל חמישה ימים לאחר מכן, ב – 30 בינואר, נאם היטלר מול הרייכסטאג ואמר "אם יעלה בידי יהדות הממון הבינלאומית באירופה ומחוצה לה לדרדר את העמים, פעם נוספת, למלחמה עולמית – אזי לא תהיה התוצאה בולשביזציה של העולם ועימה ניצחון היהדות, אלא השמדת הגזע היהודי באירופה..." נראה שדברי היטלר סותרים את המדיניות הנאצית כלפי היהודים כפי שהוצגה בתזכיר משרד החוץ והוא מאיים בהשמדת הגזע היהודי באירופה.
כיום הגישה הרווחת במחקר משלבת בין שתי הגישות וגורסת כי לרצח הובילה שורת החלטות שהיו קשורות קשר הדוק לאידיאולוגיה הנאצית, שראתה ביהודים סכנה קיומית לעולם. בקבלת החלטות אלו היו מעורבים גם הדרגים הבכירים כדוגמת אדולף היטלר, היינריך הימלר והרמן גרינג אך גם דרגי השטח, שהיו עסוקים כל הזמן בהעלאת הצעות רדיקליות מול הדרג הבכיר, לטיפול בבעיית היהודים. כלומר היטלר לא פעל כנותן פקודות אלא העניק לאנשיו חופש פעולה לעשות את הבלתי אפשרי לאפשרי, כאשר המציאות הדינמית היא זו שהכתיבה, צעד אחר צעד, את הפתרונות המוצעים.
הדעות חלוקות בקרב ההיסטוריונים גם לגבי התאריך המדויק בו נפלה ההחלטה להרחיב את הרצח לכלל יהודי אירופה ולהקשרה למלחמה. חלק מהחוקרים סוברים כי ההחלטה התקבלה במהלך קיץ 1941 במקביל להסמכתו של ריינהרד היידריך על ידי גרינג לאחראי לביצוע הפתרון הסופי של יהודי אירופה; חלק אחר של החוקרים טוען כי ההחלטה התקבלה בחודשים ספטמבר – אוקטובר של שנת 1941 בשל האופוריה של הצלחות הכיבושים של הצבא הגרמני ובעצם לאחר שהתקבלה החלטה זו, החלו בבניית מחנות חלמנו ובלז'ץ שנבנו בראשית נובמבר; אחרים גורסים כי דווקא הצטרפותה של ארצות הברית למלחמה בדצמבר 1941 הביאה להקבלת ההחלטה על רצח כולל של יהודי אירופה, בהתאם לנאומו של היטלר בפני הרייכסטאג בינואר 1939 ,בו הבטיח היטלר כי אם תפרוץ מלחמת עולם, הדבר יוביל להשמדת הגזע היהודי באירופה, ואחרים מתייחסים אל חורף 1942 או אפילו קיץ 1942 כאל התקופה בה הוחלט כי יהודי אירופה יושמדו כולם.
