בשואה נספו, לפי האומדן, כ-420,000 יהודים שישבו בשטחי רומניה ב-1939. מספר זה כולל את היהודים שנרצחו בבסרביה ובבוקובינה בגל הרציחות ביולי-אוגוסט 1941, את היהודים שנספו בעת הגירוש לטרנסיניסטריה ובטרנסניסטריה עצמה, את היהודים שנרצחו בפרעות ביאסי ובמקומות אחרים ברומניה ואת יהודי טרנסילווניה הצפונית ששולחו לאושוויץ ונרצחו שם. אין המספר הזה כולל את יהודי השטחים בברית-המועצות שהיו בשלטון הרומנים ושנספו בשואה.
מספר היהודים ברומניה, ובכללם הניצולים שהוחזרו מטרנסניסטריה, היה כ-350,000, כלומר, פחות ממחצית מספר היהודים ברומניה ב-1930. חמור ביותר היה מצב הניצולים מטרנסניסטריה שהוחזרו ב-1945-1946 לרומניה וכן של יהודי מולדובה שסבלו ממעשי השלטונות הצבאיים בחודשים שלפני הכניעה.
הפלתו של משטר אנטונסקו איפשרה את חידוש פעולתם של הארגונים היהודים, שפעולתם נאסרה כבר ב-1938. הפדרציה של איגוד הקהילות תפסה את מקומו של 'מרכז היהודים', חודשה פעולתם של התנועה הציונית על כול ארגוניה, ’התאחדות היהודים הרומנים’, הג'וינט ועוד. לפני כן ניסו הקומוניסטים היהודים לתפוס את ההנהגה בכול הארגונים הלא-ציונים ואחר-כך להביא לידי התפוררותם או לגייסם במאבק המפלגה עם המלך והמפלגות הרומניות הוותיקות.
הארגונים היהודים התגייסו מיד למאבק למען החזרת הזכויות והרכוש שנלקח מן היהודים. השלטון החדש לא מיהר להחזיר את הרכוש ורק ב-19 בדצמבר 1944, ארבעה חודשים לאחר השחרור, בוטלה התחיקה האנטישמית. רוב הרכוש לא הוחזר, כי הדבר היה פוגע במספר רב של רומנים שהיו הנהנים העיקריים ממדיניות ההפקעה של רכוש היהודים. לא שולמו פיצויים מטעם המדינה ולא הוחזרו מיד זכויות האזרח שנשללו מחלק מן היהודים. בחודשי המלחמה שנותרו עד לניצחון על גרמניה הנאצית הצליחו הארגונים היהודים ובראשם פילדרמן למנוע את גיוס רוב הנוער היהודי לצבא הרומני האנטישמי. הבעיות הקשות של רומניה, הכיבוש בידי הסובייטים, השוד והחרמת הרכוש בידי הצבא הסובייטי, המאבק הפנימי החריף של הקומוניסטים שנהנו מתמיכת הסובייטים עם הכוחות הפוליטיים המסורתיים ומספרם הרב של היהודים במפלגה הקומוניסטית, תרמו לתחיית האנטישמיות בצורתה החדשה והישנה, וכול ניסיון של הציבור היהודי וארגוניו לתקן את העוול שנעשה ליהודים הגביר את האנטישמיות. ליהודים לא היתה ברירה אלא לתמוך בבחירות במפלגה הקומוניסטית, מכיוון שהיא היתה הכוח היחיד שדחה בפירוש את האנטישמיות.
ב-1945 הוקם ארגון קומוניסטי יהודי, ה'וועד היהודי הדמוקרטי', ובשיטות בלתי מקובלות, באיומים, בהשמצות ובמאסרים, ניסה למנוע את התמיכה הגוברת של הציבור היהודי בתנועה הציונית שהפכה אז לתנועת המונים. המצב הכלכלי הקשה עורר רצון עז לעלות לארץ-ישראל, אך לא ניתן היה לממשו בגלל מדיניות ה'ספר הלבן' של בריטניה. בשנים שאחרי המלחמה העלים הממשל ברומניה עין מיציאת היהודים ואף סייע לה, וזאת בשל המצב הפנימי והרגשות האנטישמיים בקרב האוכלוסייה. בהעדר רשיונות עלייה החלה העפלה ו'בריחה' דרך יוגוסלוויה והונגריה, וב-1947 ברחו כ- 20,000 יהודים במיבצע בלתי מאורגן וספונטני, 'בריחת הרעב', שכונה כך בגלל ממדי התופעה שנגרמה בין השאר בגלל המצב הכלכלי החמור של יהודי רומניה.
שנות המלחמה, התחיקה האנטישמית, הגירושים והפינויים ועבודת הכפייה, גרמו שינוי לרעה במבנה החברתי של הקיבוץ היהודי, ואחרי השחרור לא נוצרו התנאים הדרושים להטבה מהירה. ממשלות רומניה לא הכירו, כאמור, בחובתן להחזיר את הרכוש שנלקח בצורות שונות מהיהודים ולפצות את היהודים על הנזק שגרמה להם המדינה. התפקיד הקשה של השיקום נפל כולו על שכם הארגונים והמוסדות היהודים, אך הפתרונות שמצאו לא יכלו לגודל הבעיה. לארגונים היהודיים ניתן לפעול עד לרגע האחרון, עד לביטול המלוכה ולהשתלטות המלאה של המפלגה הקומוניסטית ב-1948, אך גם ברומניה כבשאר ארצות מזרח אירופה הסתיים המאבק בהריסת כול הארגונים היהודיים המסורתיים.
אחרי הקמתה של מדינת ישראל עלו אליה רוב יהודי רומניה, בכמה גלים, בהפסקות מטעם השלטונות ובהסדרים בין רומניה ובין ישראל וארגונים יהודיים בחוץ-לארץ.
