חבל היסטורי הכלול כיום ברובו ברפובליקה המולדבית ומיעוטו ברפובליקה האוקראינית הסובייטית. בסרביה שוכנת בין הנהר פרוט לנהר דניסטר. היא היתה חלק מנסיכות מולדביה, ב-1812 סופחה לרוסיה, ב-1918 התאחדה עם רומניה, וב-29 ביוני 1940 סופחה לברית-המועצות, בעקבות חוזה ריבנטרופ-מולוטוב ואולטימטום של הסובייטים, ובסוף יוני 1941, ימים מספר אחרי תחילת פלישת הגרמנים לברית-המועצות, חזרה לשלטון הרומנים.
ב- 1939 חיו בבסרביה כ-205,000 יהודים. לאחר נסיגת הצבא הרומני מבסרביה ביוני 1940 הואשמו היהודים כי קיבלו את הצבא האדום הנכנס כמשחרר וגילו עוינות כלפי החיילים הרומנים הנסוגים, השפילום ופגעו בהם. הם גם הואשמו באהדה לקומוניזם ובכך שהם יסוד עוין לרומניה ולרומנים, תושבי האיזור, ומשתפי-פעולה עם המשטר הקומוניסטי. ביוני 1941, זמן קצר לפני פרוץ המלחמה בין גרמניה לברית-המועצות, הגלו השלטונות הסובייטים כ- 5,000-10,000 יהודים שנחשבו ל'אויבי העם' לסיביר ולאזורים נידחים אחרים. מספר היהודים שבימים הראשונים של המלחמה הצליחו לברוח לפנים ברית-המועצות היה קטן יחסית בגלל כמה סיבות: האיזור נכבש בתוך שבועיים-שלושה; בימים הראשונים מנעו השלטונות הסובייטים את המעבר לאוקראינה והחזיקו בגבול הישן על הדניסטר יחידות של משמר הגבול, והתקדמות יחידות הגרמנים היתה מצפון לדרום בצורת קשת, ובתוך כמה שבועות היתה בסרביה לעורף. כ- 30,000-40,000 יהודים ברחו וכ-25,000 נתפסו בידי הצבא הגרמני ונהדפו חזרה לבסרביה. רבים מן הבורחים פנו לעיר אודסה ורבים נתקעו שם בעת המצור עליה.
ערב הפלישה לברית-המועצות הוציא רודן רומניה יון אנטונסקו פקודה סודית ושם הצופן שלה 'טיהור השטח' (Curatirea Terenului). הפקודה כללה שלושה סעיפים: חיסול פיסי של כול היהודים בכפרים במקום; מעצר היהודים החיים בערים וריכוזם בגטאות; מעצר כול הקומוניסטים, וכול מי ששירתו את הסובייטים בשנת השלטון הסובייטי בבסרביה, והוצאת חלק מהם להורג לאחר שימצאו אשמים. ברצח היהודים השתתפו יחידות הז'נדרמים שקיבלו את הפקודה ערב פרוץ המלחמה בערים הקרובות לגבול החדש: רומאן, פלטיצ'ן וגאלאץ (Roman, Falticeni, Galati). את הפקודה הסודית שהועברה לצבא, שנשאה את שם הצופן 'פקודות מיוחדות' (Ordine Speciale), מסר אנטונסקו לגנרל איליה שטפליה. הצבא השתמש להוצאת הפקודה לפועל במינהל הצבאי, שנקרא פרטוריה (Pretoria) ושבראשו עמד גנרל יון טופור. יחידות הצבא נצטוו לעזור לאנשי הצבא שעסקו בפועל בהוצאות להורג. ערב המלחמה הוקמה בחיפזון מתוך שירות הביטחון יחידה מיוחדת, מעין איינזצגרופן, שהיתה בפיקודו של סגן ראש-הממשלה מיהי אנטונסקו , ונקראה ה'שדרה המיוחדת' (Esalon Special). ביחידה היו כ- 160 אנשים, וגם הם השתתפו בפועל ברציחת יהודים, ושיתפו פעולה עם היחידות הגרמניות המקבילות. כול אלה עם הצבא הגרמני ואיינזצגרופה D רצחו בחודשים יולי-אוגוסט כ- 150,000-160,000 יהודים. את רוב הרציחות עשו הרומנים. רוב היהודים בכפרים הושמדו. השלב השני החל באוגוסט 1941, עם הקמת המחנות והגטאות, ובהם רוכזו היהודים הנותרים. בדרך-כלל הוקמו המחנות בכפרים יהודים כגון ורטוז'ין, בעיירות יהודיות שרוב תושביהן נרצחו בידי הצבא הרומני, כגון מרקולשט, ברבעים יהודיים ובחלקים ההרוסים של הערים והעיירות באלץ, סורוקה, חוטין (Balti, Soroca, Hotin) ועוד. בקישינב הוקם גטו באיזור יהודי עני והרוס בחלקו ובו נדחסו כ- 11,000 יהודים מתוך כ-50,000 שחיו בה לפני המלחמה. ב-4 בספטמבר 1941 עדיין חיו 64,176 יהודים בכול בסרביה וב- 25 בספטמבר 1941 עדיין נותרו 43,397 יהודים.
השלב השלישי החל ב- 15 בספטמבר 1941, כאשר ציווה יון אנטונסקו לגרש את כול יהודי בסרביה לשטח הכיבוש הרומני באוקראינה, שקיבל אז את השם טרנסניסטריה. בדרך-כלל התנהל הגירוש ברגל, דרך ארבע נקודות מעבר: אטאקי (Atachi), קוסאוץ (Cosauti), רזינה (Rezina) וטיראספול (Tiraspol). רוב היהודים גורשו דרך אטאקי, כפר רומני על גדות הדניסטר. לפי אומדן רשמי נרצחו כ- 25,000 יהודים בדרך לגירוש, ועשרות אלפים נזרקו לקבר אחים מאולתר ביער קוסאוץ במרכז בסרביה, שדרכו עברו השיירות לעבר נקודת המעבר. עשרות אלפים טובעו בנהר הדניסטר. כחודש ימים הועברו שיירות של יהודים ממקום למקום בלי כול תכנון וצורך, ונראה שהמטרה העיקרית היתה להקטין את מספר היהודים. כול מי שפיגר נורה בידי המלווים הרומנים.
כול רכושם של יהודי בסרביה נשדד בכמה גלים של שוד 'ספונטני' ומאורגן. פקחים של הבנק הרומני הלאומי החרימו באורח 'חוקי' דברי ערך, תכשיטים ומזומן, ואזרחים ואנשי צבא שדדו את תכולת הבתים והצרורות שהמגורשים הכינו לקראת הגירוש. בגלל השחיתות הרבה בכול דרגות השלטון הגיע בסופו של דבר לאוצר המדינה רק חלק קטן מן הרכוש שהוחרם באורח חוקי. היו מעשי אונס רבים שעשו כול שכבות האוכלוסייה, ובעיקר החיילים הרומנים. הבתים, הדירות ובתי-העסק של יהודים הפכו ל'רכוש המדינה' (Averea Statului), נמסרו ל'מרכז הלאומי לרומניזציה' והוא מסרם או מכרם לידי רומנים, בעיקר לחיילים משוחררים, לנשים אלמנות ולרומנים שבאו מאזורים אחרים.
במיפקד של 'בעלי הדם היהודי' שנערך במאי 1942 נמנו בכול שטח בסרביה 227 יהודים בלבד, רובם הגדול לא היו למעשה יהודים אלא לפי חוקי הגזע.
לאחר המלחמה חזרו לבסרביה כ- 7,000-10,000 יהודים שבשעתו ברחו לפנים ברית-המועצות או שהשלטון הסובייטי הגלה ערב פרוץ המלחמה. כ- 50,000 יהודים שניצלו בטרנסניסטריה באביב 1944 היו בחלקם ממגורשי בסרביה.
