עם פלישת גרמניה וברית המועצות לפולין בספטמבר 1939, גויס יחיאל לצבא הפולני. הוא נפל בשבי הסובייטי, שוחרר ושב לווילנה. בתקופת שלטון ליטא בווילנה המשיך בניהול תיאטרון הבובות, שעמו הופיע ברחבי ליטא, ותרם רבות לפעילות האמנותית במועדון הספרותי היהודי בניהולו של הסופר חיים גראדה. אחרי כיבוש וילנה בידי הגרמנים חוסל התיאטרון ויחיאל ובני משפחתו נכלאו בגטו וילנה. אביו ושתי אחיותיו, בלומה ושפרה, נרצחו בפונאר באוקטובר 1941. אחיו מאיר ומשפחתו נרצחו מאוחר יותר באסטוניה.
בגטו התחתן יחיאל עם סוניה מוסקו, ידידתו מתקופת לימודיו בבית הספר. הוא היה חבר בארגון הפרטיזנים המאוחד (פ. פ. או.), ולקראת חיסול הגטו בספטמבר 1943 דחה הצעה להיות שוטר במשטרה היהודית. יחד עם קבוצת פרטיזנים הצליח להימלט מהגטו, אך אשתו סוניה סרבה לעזוב את הוריה ונותרה בגטו. לאחר תלאות מרובות הגיע ליערות נארוץ', שם היה בסיס של גדודי הפרטיזנים.
ביערות הצטרף יחיאל ליחידת הפרטיזנים היהודית "נקמה", ולאחר מכן היה חבר בקבוצת פרטיזנים יהודים במסגרת ארגון הפרטיזנים בנארוץ'. הוא היה סולן בלהקת הזמר והריקוד של הפרטיזנים, ובמקביל השתתף במשימות מבצעיות.
* * *
זלטה (זהבה) נולדה ברוסיה בשנת 1914 לשרה-פייגה וחיים אליקימוביץ. כשהיתה בת שנתיים התגרשו הוריה. אמה נישאה לדוד בורנשטיין שהפך לאביה המאמץ והמשפחה עברה לגלובוקי, עיירה ליד וילנה. בגיל צעיר התגלו כשרונותיה בזמרה ונגינה על מנדולינה. זלטה סיימה סמינר למורים ונישאה למוניה קצ'רגינסקי. בעקבות פלישת הצבא הגרמני השאירה זלטה את בנה התינוק אהרל'ה אצל הוריה ועברה יחד עם בעלה מוניה לווילנה בזהות פולנית בדויה. מוניה נעצר ונרצח על ידי הגסטפו, וזלטה נמלטה לגטו וילנה, שם הכירה את יחיאל בורגין, לימים בעלה. השניים הופיעו במועדון התרבות בגטו, שם שרו דואטים.
בקיץ 1943 הצליחה זלטה לצאת מהגטו ועבדה בזהות בדויה כעוזרת ומטפלת אצל משפחות נוצריות. לבסוף מצאה עבודה בביתה של
משפחת צ'זובסקי. בני המשפחה ידעו על יהדותה, אך הסתירו אותה ועוד 18 יהודים עד שחרור וילנה מהנאצים. הוריה של זלטה, בעלה מוניה ובנה אהרל'ה נרצחו בשואה.
* * *
בתום המלחמה שבו זלטה ויחיאל ונפגשו בווילנה. לאחר שנודע ליחיאל שסוניה אשתו נרצחה בעת פינוי מחנה שטוטהוף, הוא התחתן עם זלטה. ב-1946 נולד בנם נחמיה. זלטה עבדה בבית היתומים היהודי בווילנה ועם הקמת בית הספר היהודי עברה ללמד בו. יחיאל פעל רבות לשיקום חיי התרבות והאמנות היהודית, כולל במסגרת המוזיאון היהודי, שם ביצע שירים מתקופת הגטו. עם שחרורו מלהקת הפרטיזנים, החל יחיאל לעבוד כמנהל מחלקת מופעים בהיכל התרבות של החברה הפילהרמונית בווילנה. אחרי מותו של סטלין סייע להקמת החוג הדרמטי והמקהלה היהודית בחסות האיגודים המקצועיים. כמו כן שר מדי פעם במקהלה זו.
בשנת 1957 עזבה המשפחה את וילנה ועברה לפולין. "בוכים ומאושרים הסתדרנו בתא הרכבת... עברו מול עיני, כמו בסרט נע, תמונות מילדותי, מנעורי ומחיי בעיר וילנה האהובה, ממנה אני נפרד לתמיד." המשפחה התיישבה בעיר ליגניץ, שם המתינה שנתיים לקבלת אשרת יציאה לישראל.
יחיאל מצא עבודה באיגוד הקהילות היהודיות, ובמקביל הקים להקת אמנים, שעמה הופיע בהצלחה רבה בפני קהלים יהודיים ברחבי פולין. למרות איסורי הצנזורה, כלל בתכניתו שירים שעודדו עלייה לארץ. זלטה עבדה כמורה בבי"ס היהודי וזכתה לשבחים רבים על דרכה היצירתית להוראת שפת היידיש באמצעות שירה, נגינה והצגות ילדים.
בשנת 1959 קיבלה המשפחה אשרת יציאה ועלתה לישראל. יחיאל התקבל לאיגוד האמנים הכללי, העלה מופעים של שירי יידיש ברחבי הארץ, ואף הקליט עשרות שירים שהושמעו ברדיו, בליווי מוסיקלי של בנו נחמיה. הוא ארגן כנס של תלמידי ומורי בית היתומים היהודי בווילנה. כמו כן עסק בפעילות ציבורית נרחבת במסגרת איגוד יוצאי וילנה. בין מפעלי התרבות שבהקמתם השתתף היו מועדון תרבותי פופולרי, "בית וילנה" בתל אביב להנצחת הקהילה היהודית בווילנה שלפני המלחמה, ובו ספריה ותזמורת מנדולינות, ו"מקהלת וילנה" להנצחת שירי היידיש שהושרו בווילנה. המקהלה יצרה רפרטואר עשיר, הוציאה תקליטים והופיעה בהצלחה בכל הארץ.
זלטה עבדה שנים רבות כמורה ומחנכת בבית הספר היסודי בגבעת שמואל. היא קצרה הצלחה רבה בעבודת ההוראה, בזכות אהבתה ומסירותה לילדים, והתפרסמה במופעי שירה, נגינה ומשחק שיזמה וארגנה בבית הספר. בשנת 1980 פרשה זלטה לגמלאות אחרי שלימדה 45 שנה בבתי ספר שונים, במשטרים שונים ובשפות שונות.
זלטה (זהבה) בורגין נפטרה בשנת 1981. יחיאל בורגין נפטר בשנת 1991.