“משוחררים אך לא חופשיים – זהו הפרדוקס היהודי.”
הרב הצבאי אברהם קלאוזנר, דכאו, יוני 1945
בשלבים האחרונים של המלחמה, כאשר הצבא הגרמני נסוג בכל החזיתות, נרצחו חלק מעובדי הכפייה היהודים שעדיין נותרו בגטאות שהפכו למחנות עבודה. את שאר היהודים שילחו הגרמנים למרכזי ההשמדה שפעלו עדיין בחלמנו ובאושוויץ-בירקנאו, או פינו אותם בצעדות מוות אל מחנות ריכוז ועבודה בתוך הרייך. במהלך הצעדות מערבה נרצחו ונספו מרבית האסירים מתשישות, רעב וכפור.
לאחר כניעתה של גרמניה הנאצית שבו שרידי העם היהודי מן המחנות והיערות ובמסגרת הרפטריאציה (השיבה) מברית-המועצות אל בתיהם ונתקבלו שם בזעם ובאיבה מצד שכניהם. כ-1,000 מן הניצולים נרצחו בחודשי השחרור הראשונים בידי כנופיות אנטישמיות, ורבבות ניצולים ברחו מערבה והתרכזו במחנות עקורים בגרמניה, באוסטריה ובאיטליה.
רבים מניצולי השואה ניסו להגיע לארץ-ישראל אולם גורשו על-ידי השלטונות הבריטיים למחנות מעצר בעתלית ובקפריסין. עם הקמת מדינת ישראל נפתחו שעריה לעלייה המונית של ניצולי שואה. כ-100,000 עקורים יהודים היגרו לארצות-הברית, קנדה, אוסטרליה ולמדינות אמריקה הלטינית.
במשפטים נגד פושעי מלחמה נאצים נשפטו ונענשו עשרות אלפי גרמנים ומשתפי פעולה עמם, אבל רוב מבצעי הפשעים לא נתנו את הדין עד עצם היום הזה. בשנים 1949-1945 נשפטו 31,651 פושעי מלחמה נאצים בלבד מתוך מאות אלפים שפעלו בתקופת המלחמה.