מעבר לערוץ YouTube של יד ושם
עם פלישת הגרמנים לליטא ביוני 1941, ישבו בה כ-220,000 יהודים. למחרת הפלישה הגרמנית לברית-המועצות, ועוד לפני כניסת הגרמנים, פתחו הליטאים בפרעות וברצח יהודים. מאוחר יותר, ובעידודם של הגרמנים, הם רצחו אלפי יהודים.
הכיבוש הגרמני של ליטא לווה במעשי רצח, אונס, ביזה והתעללות. פונאר, יער השוכן כעשרה קילומטרים דרומית לווילנה, הפך לאתר רצח ולקברם של רבבות יהודים. הקרבנות הובאו מווילנה ומסביבתה אל הבורות, נורו בידי הגרמנים והליטאים והושלכו פנימה. מעטים בלבד נחלצו מבורות המוות ומיעוטם הצליחו להימלט מידי האוכלוסייה המקומית. מיולי 1941 ועד יולי 1944 נרצחו בפונאר למעלה מ-70,000 בני אדם, רובם המכריע יהודים.
ב-15 באוגוסט 1941 נסגרו שערי הגטו בקובנה וכ-20,000 יהודים נכלאו בחלק הדל ביותר של הפרוור סלובודקה (ויליאמפולה). נקודת המפנה בחיי הגטו אירעה ב-28 באוקטובר 1941. הגרמנים ריכזו את יהודי הגטו וערכו סלקציה אכזרית. למעלה מ-9,000 מתושבי הגטו הובלו לפורט התשיעי (אחת המצודות בקרבת העיר) ונרצחו שם. עד סוף 1941 נותרו בליטא כולה כ-40,000 יהודים בלבד והם רוכזו בארבעה גטאות - וילנה, קובנה, שוולי (Siauliai) ושווינציאן (Swienciany) - ובמספר מחנות עבודה.
בקיץ ובסתיו 1943 חוסלו גטאות וילנה ושווינציאן, והגטאות בקובנה ובשוולי הפכו למחנות ריכוז. כמה חודשים לאחר מכן נרצחו כ-1,200 תינוקות, ילדים וקשישים בגטו קובנה, וצעירים רבים נשלחו למחנות עבודה באסטוניה. ביולי 1944, על סף שחרורה של קובנה על-ידי הצבא האדום, חוסלו שני הגטאות ורבים מיושביהם נשלחו מערבה אל מחנות הריכוז אושוויץ-בירקנאו, שטוטהוף ודכאו, אזורים שהיו עדיין בשליטת גרמניה. עם כניעת גרמניה במאי 1945 נותרו בחיים כ-10,000 יהודים מליטא, ועוד כ-22,000 יהודים שברחו לברית-המועצות ושרדו שם את המלחמה.
לטוויה, שבה ישבו כ-74,000 יהודים, נכבשה על ידי הגרמנים בראשית הפלישה לברית-המועצות. בסוף יולי 1941 ביצעו יחידות של איינזצגרופה A את הרצח ההמוני הראשון של יהודים בלטוויה, ועד סוף אוקטובר נרצחו שם 34,000 יהודים.
בסוף אוקטובר נסגרו 32,000 יהודים מריגה בשני גטאות. פרידריך יקלן, קצין בכיר בס"ס, קיבל בנובמבר 1941 פקודה מהימלר לחסל את הגטאות ולהרוג את כל יהודי לטוויה. בין ה-30 בנובמבר ל-7 בדצמבר 1941 נרצחו 25,000 יהודים ביער רומבולה. במקביל נרצחו גם יהודי הגטאות דווינסק (Daugavpils) וליאפייה (Liepaja).
באסטוניה - הקטנה מבין המדינות הבלטיות - ישבו לפני מלחמת העולם השנייה כ-4,500 יהודים, כמחציתם בבירה טאלין. ב-1940 השתלטה ברית-המועצות על אסטוניה בעקבות הסכם ריבנטרופ-מולוטוב, אבל ביולי 1941 נכבשה אסטוניה בידי גרמניה ויהודים רבים ברחו לתוככי ברית-המועצות. מי שלא הצליחו לברוח הושמו תחת משטר חמור של הגבלות: הם נאלצו לשאת טלאי צהוב ונכסיהם הוחרמו. עם בואן של יחידות האיינזצגרופן לאסטוניה החלה השמדת היהודים, בעזרתן של מיליציות ימניות מקומיות, ועד אוקטובר 1941 נרצחו רוב הגברים היהודים מעל גיל 16. בוועידת ונזה (ינואר 1942) נמסר לנוכחים שאסטוניה כבר ''נקייה מיהודים''.