עיתונאים רבים הגיעו מארצות רבות לירושלים לסיקור המשפט, והציבור בארצות העולם עקב בדריכות אחרי מהלכו וכן התנהלו סביבו דיונים בנושאים שונים ומגוונים, ובהם המישור המשפטי, החברתי, החינוכי, הפסיכולוגי, הדתי והפוליטי.
עם הבאתו של א' לארץ הוצא נגדו צו מעצר כדין בידי שופט, ותוקף הצו הוארך מדי פעם ,(' בפעם. את החקירה המשטרתית ערכה יחידה מיוחדת שהוקמה לשם כך ('לשכה 06 ועבודתה ארכה כתשעה חודשים. בסיום החקירה, ביום ה' באדר תשכ"א ( 21 בפברואר 1961 ), חתם היועץ המשפטי לממשלה, גדעון *האוזנר, על כתב האישום נגד א', והוא הוגש לבית-המשפט המחוזי בירושלים (וסומן ת.פ. 40/61 ). כתב האישום כלל 15 פרטי אישום בגין עבירות של 'פשעים נגד העם היהודי', 'פשעים כלפי האנושות', 'פשעי מלחמה' ו'חברות בארגון עויין' (היינו חברות בארגונים ס"ס, ס"ד, וגסטפו שבפסק הדין במשפט נירנברג (ראה *משפטים) הוכרזו ל'ארגונים פושעים'.
הפשעים נגד העם היהודי שיוחסו לנאשם כללו את כול ההיבטים של הרדיפות, לרבות מעצרם של מיליוני היהודים וריכוזם, העברתם למחנות השמדה, רציחתם ושוד רכושם. ואולם, כתב האישום דן לא רק בשותפותו של א' בפשעים שכוונו נגד יהודים, אלא כלל גם אישומים בדבר פשעים שנעשו בבני לאומים אחרים, כגון גירוש המוני אזרחים פולנים וסלובקים, ריכוזם, הובלתם למחנות השמדה ורציחתם של עשרות אלפי *צוענים, וגירושם של כ 100- ילדים מהכפר *לידיצה בצ'כוסלובקיה ורציחתם בנקמה על הריגתו של ריינהארד היידריך.
כול האישומים התיחסו לעבירות על-פי ה'חוק לעשיית דין בנאצים ובעוזריהם תש"י 1950- (ראה *עשית דין בפושעים נאצים, חוקי-). ביום כ"ד ניסן תשכ"א ( 10 באפריל 1961 ) החל המשפט להישמע בפני בית-המשפט המחוזי בירושלים, והדיונים נתקיימו ב'בית-העם' בעיר, שהותאם במיוחד לכך. יושב-ראש הרכב בית-המשפט היה שופט בית-המשפט העליון משה לנדוי, ואתו ישבו בדין נשיא בית-המשפט המחוזי בירושלים השופט בנימין הלוי ושופט בית-המשפט המחוזי בתל-אביב יצחק רווה.
בשם התביעה הכללית הופיע צוות פרקליטים ובראשם היועץ המשפטי לממשלה גדעון האוזנר, ובראש צוות הסניגוריה עמד ד"ר רוברט סרוציוס, עורך-דין גרמני, שייצג אחדים מבין הנאשמים במשפט נגד פושעי המלחמה הראשיים בנירנברג.
עם תחילת המשפט העלה הסניגור מספר טענות מקדמיות כערעור על סמכותו של בית-המשפט לדון בהאשמות שהועלו כנגד מרשו בכתב האישום. העיקריות מבין טענות אלה היו:
1. כי יש מקום לחשש ששלושת השופטים, בהיותם בני העם היהודי ואזרחי מדינת ישראל, לא יהיו מסוגלים לעשות משפט צדק לנשאם זה; 2. כי אין לקיים את המשפט נגד הנאשם, באשר נחטף ממקום מגוריו בארגנטינה והובא לישראל שלא כדין; 3. כי החוק לעשיית דין בנאצי ובעוזריהם תש"י 1950- שלפיו נשפט הנאשם, הינו חוק בעל תחולה רטרואקטיווית ומשום כך אין לו נפקות; 4. כי העבירות המצוינות בכתב האישום נעברו מחוץ לשטח מדינת ישראל, ובמועדים שקדמו לעצם הקמת המדינה.
בית-המשפט דחה את כול הטענות האלה כולן. בקשר לחשש בדבר חוסר האוביקטיוויות, כביכול, של השופטים, ציין בית המשפט '... כי אכן בשבתו על כס המשפט אין השופט חדל להיות בשר-ודם, בעל רגשות ויצרים, אולם הוא מצווה על פי החוק לכבוש רגשות ויצרים אלה, שאם לא כן, לא היה שופט כשיר לעולם לדון באישום פלילי, המעורר רגשות סלידה, כגון בגידה, רצח או כול פשע חמור אחר'.
אשר לכלל שאין לחוקק חוקים פליליים בעלי תוקף רטרואקטיווי, הרי אין המדובר בעיקרון חוקי מחייב, אלא בכלל של צדק, שכן רגש הצדק מתקומם בדרך-כלל להענשת אדם בשל מעשה שלא היה בלתי חוקי בעת עשייתו. ואולם, המצב שונה לחלוטין בקשר לעבירות הנדונות במשפט זה, שכן החוק בדבר עשיית דין בנאצים ובעוזריהם (כמו החוקים המקבילים שחוקקו בנושא זה בארצות אחרות אחרי המלחמה) לא יצר נורמות משפטיות חדשות, אלא רק איפשר את העמדת העבריינים לדין בשל מעשים, שבכול מקום בעולם, לרבות בגרמניה, היו מודעים לאי-חוקיותם גם בעת ביצועם. בשל משטר אי-החוקיות ששרר בגרמניה הנאצית לא נעשו האשמים בשעתו בגין העבירות האמורות, אך דווקא דרישות הצדק חייבו הקמת מותב, שבפניו ניתן יהיה להעמיד לדין את החשודים בביצוע הפשעים האלה.
באשר לחטיפתו של א' בארגנטינה והבאתו לישראל בניגוד לרצונו קבע בית-המשפט, בהסתמכו על פסקי דין של בתי-המשפט בארצות-הברית ובבריטניה, כי סמכותו של בית-משפט לשפוט נאשם תלויה אך ורק במהות סעיף העונשין הכלול בכתב האישום ובהתאמתו למעשים המיוחסים לנאשם, ואין בית-המשפט רשאי לבחון את הדרך שבה הובא הנאשם לתחום שטח הריבונות של המדינה שבה הוא מועמד לדין. בית-המשפט לא מצא גם רלוונטיות, לעניין סמכותו לשפוט את א', במועד הקמת מדינת ישראל, מה גם שהתוכנית להשמדת העם היהודי כוונה אף כלפי היהודים שחיו בעת מלחמת-העולם השנייה בארץ-ישראל. אין ספק, כי קיים קשר אמיץ בין מדינת ישראל ובין המגמה להבטיח שאנשים שביצעו 'פשעים נגד העם היהודי' יתנו את הדין על מעשים אלה. אחרי דחיית הטענות המקדמיות נדרש הנאשם להשיב על האשמות, ותשובתו לכול אחד מהאישומים היתה: 'ברוח כתב האישום – לא אשם'.
אחרי-כן הובא חומר הראיות בפני בית-המשפט. באמצעות יותר ממאה עדים וכ 1,600- מסמכים, רבים מהם בחתימת א' עצמו, הציגה התביעה בפני בית-המשפט את כול האירועים הקשורים בשואת יהדות אירופה, או, כפי שנקראה בפי הנאצים: 'הפתרון הסופי של בעיית היהודים'. כול שלבי הרדיפות, החקיקה האנטי-יהודית, ליבוי השנאה למיעוט היהודים, שוד רכוש היהודים, וגרוע מכול: איתורם של היהודים בכול אחת מארצות אירופה שהיו בשלטון הגרמני ובארצות הגרורות והתלויות ברייך השלישי, ריכוזם בגטאות ובמחנות בתנאים תת-אנושיים אגב התעללות בהם והשפלתם, ואחרי-כן רציחתם השיטתית בהמוניהם במטרה להביא לידי השמדת העם היהודי בשלמותו – כול אלה הוכחו בפני בית-המשפט בפירוט רב. התביעה הראתה מה אירע ליהודים בכול אחת מארצות אירופה, מדינה אחר מדינה, מחנה אחר מחנה. הוכחה מעורבותו האישית של הנאשם אדולף א', כמי שהיה ראש המחלקה בכול אחד משלביה של המשימה הנפשעת. למעשה, א' הוא ,IV B4 לענייני יהודים ב'גסטפו שחלש על כול המהלכים שהיו קשורים בהוצאת תוכנית ההשמדה לפועל.
הסניגוריה לא התכחשה למעשה לעובדות העיקריות הנוגעות לאירועים הללו, ולא ניסתה להטיל ספק באמיתות המסמכים שהעידו על היותו של א' מעורב במעשי הפשע האמורים. ואולם, היא ניסתה בעקביות להקטין את חלקו של א' בכול הפרשה הנדונה, ולהציגו כ'בורג קטן' במנגנון ההשמדה, שנאלץ למלא את הוראות הממונים עליו. גירסה זו לא נתקבלה על דעת-בית המשפט, והוא דחה אותה. הוכח במשפט, כי א' הגיע להזדהות נפשית מלאה עם התפקיד שהוטל עליו, ויתרה מזו: התברר מחומר הראיות, לרבות מסמכים רשמיים ממקורות גרמניים, שבשלבים הסופיים של המלחמה לבש רצונו של א' להשלים במידת האפשר את מלאכת השמדת היהודים, צורה כפייתית ממש. הדבר בלט במיוחד כאשר נשלח בשנת 1944 בידי היינריך הימלר להונגריה, כדי לנהל אישית את מיבצע גירושם של יהודי הונגריה למחנות ההשמדה בפולין.
בית-המשפט פסק, כי מכול-מקום טענת ההגנה בדבר צייתנות גרידא להוראות הממונים לא יכלה לעמוד לנאשם מבחינה משפטית. ואולם, הטענה הופרכה במקרה זה גם מבחינה עובדתית, שכן בית-המשפט שוכנע, שהנאשם עשה כול אשר לאל ידו כדי לפרש את ההוראות ולהוציאן לפועל בצורה ובאופן החריפים והקיצוניים ביותר. לפיכך מצא בית-המשפט את אדולף א' אשם בעבירות שיוחסו לו, בשינויים מסויימים שאינם בעלי חשיבות רבה, וביום ח' בטבת תשכ"ב ( 15 בדצמבר 1961 ) גזר עליו מיתה.
א' הגיש ערעור על פסק הדין, ובית-המשפט העליון דן בערעור בהרכב של חמישה שופטים, בראשותו של נשיא בית-המשפט, יצחק אולשן. ב 29- במאי 1962 דחה בית-המשפט העליון את הערעור, ואישר את הכרעת הדין ואת גזר הדין של הערכאה הראשונה. בליל 31 במאי – 1 ביוני 1962 , אחרי שנשיא המדינה דחה בקשה להענקת חנינה, הוצא א' להורג בתלייה – המקרה היחיד בתולדות מדינת ישראל שעונש מיתה הוצא לפועל; גופתו נשרפה, והאפר פוזר בים-התיכון מחוץ למים הטריטוריאליים של ישראל.
המשפט ותוצאתו זכו בדרך-כלל להערכה חיובית בארצות העולם, שבהן הוגדר כהתגלמות של צדק היסטורי. היו למשפט השפעות ותוצאות לואי חשובות. אזרחי ישראל, ובעיקר הנוער הישראלי, למדו לראשונה, מפיהם של עדים רבים, כיצד הביאו השיטות הזדוניות והבלתי-אנושיות של הנאצים לידי השמדת המונים מבלי לאפשר התנגדות יעילה של הקורבנות, והבינו, כי תופעה זו אינה צריכה להיות מקור לתחושת אשם ונחיתות. מאידך גיסא עוררו גילויי הגבורה בעת ההתקוממות היהודית בגטו ורשה ובמקומות אחרים התפעלות וגאווה.
המשפט גם הגביר את ההתענינות בחקר השואה, וגרם פעולת שרשרת בניהול חקירות נגד פושעים נאצים והעמדתם לדין. במיוחד הוגברו הקצב וההיקף של החקירות נגד החשודים בביצוע פשעי הנאצים בגרמניה, וניתן לזקוף רבות מהתביעות שנוהלו אחרי-כן בגרמניה נגד פושעים נאצים להשלכות של משפט א' ולהלם שפקד את העם הגרמני כתוצאה ממנו.
בעקבות המשפט התעורר ויכוח על דמותו של א'. חלק מן המשתתפים בוויכוח, ובראשם חנה ארנט (ראה *ארנט, חנה, פולמוס-), טענו שהיה איש רגיל שלא שנאה מיוחדת ליהודים הניעה אותו, ושהוא רק הוציא לפועל, כפי שטען בעצמו, את הוראות הממונים עליו במסגרת הכוללת של הביורוקרטיה הנאצית. כנגדם רואים בו אחרים דמות המגלמת את הרוח האנטי-אנושית של הנאציזם, שמשטרו פיתח דחפים הרסניים ויצר תנאים לרצח המונים ולביצוע ה'פתרון הסופי'. מכול מקום אין ספק שא' שירת את תוכנית ההשמדה של הנאצים, את רצח העם היהודי.
מרכז המידע אודות השואה, יד ושם ביה"ס המרכזי להוראת השואה