המונח שואה מתייחס להשמדתם של כשישה מיליון יהודים בידי הנאצים ועוזריהם. מיום פלישתה של גרמניה לברית-המועצות, בקיץ 1941, ועד סוף מלחמת העולם השנייה, במאי 1945, פעלה גרמניה הנאצית יחד עם שותפיה לפשע להגשמת משימתה - לרצוח כל יהודי ויהודי שחי בתחומי שלטונה. מאחר שאפליית היהודים במשטר הנאצי החלה עם עלייתו של היטלר לשלטון בינואר 1933, היסטוריונים רבים רואים בתאריך הזה את תחילת תקופת השואה. אמנם, היהודים לא היו קרבנותיו היחידים של היטלר, אך הם היו הקבוצה היחידה שביקשו הנאצים למחות מעל פני האדמה.
המילה "שואה" מופיעה במקרא ופירושה, על-פי מילון אבן שושן, חורבן, הרס, כיליון. לראשונה הופיעה המילה "שואה" לציון השמדת היהודים באירופה בימי מלחמת העולם השנייה עוד בעצם ימי המלחמה עצמה – האזכור הראשון מופיע כבר ב- 1940 ואחר-כך בשנים 1942-1943 בפיהם של עדי ראייה שנמלטו, מנהיגים של תנועת העבודה הציונית וסופרים והוגים בארץ-ישראל (ראה אוריאל טל, "על חקר השואה והג'נוסייד", יד ושם קובץ מחקרים י"ג, עמ' 39-40). המונח HOLOCAUST שימש כותבים אחדים בשפה האנגלית עוד בזמן המלחמה לצד מונחים נוספים כגון השמדה, אסון וקטסטרופה, כדי לתאר את גורלם של היהודים באירופה תחת השלטון הנאצי. ואולם מאז אמצע שנות השישים רווח בארצות הברית המונח HOLOCAUST. העברית משתמשים במילה "שואה", ומלה זו בצורתה העברית, נפוצה כיום גם בלשון הכתובה באנגלית. ג'נוסייד ("רצח עם") הוא מונח משפטי שמתאר את הכחדת יסודות החיים החיוניים של קבוצות בעלות זהות לאומית. הוא יכול לכלול השמדה פיזית של קבוצה, אך לא בהכרח. שואה הוא ביטוי של רצח עם, וללא ספק הביטוי הקיצוני ביותר שלו.
היו אירועים היסטוריים שדמו לשואה, אבל לדעת חוקרים רבים יש לשואה מאפיינים שמייחדים אותה מאירועים אחרים. המין האנושי כבר ידע רצח המוני, גם רצח של מיליוני בני אדם בני דתות מסוימות או קבוצות אתניות או חברתיות מסוימות. משטרים אחרים מלבד המשטר הנאצי כבר השתמשו בטכנולוגיה ובשיטות של מחנות הריכוז כדי ליישם תכניות קטלניות, והיהודים ידעו רדיפות במשך תקופות ארוכות בהיסטוריה שלהם. אולם השואה נתפסת בתור אירוע ייחודי משתי סיבות עיקריות:
- שלא על-פי מדיניותם כלפי קבוצות אחרות ביקשו הנאצים לרצוח כל יהודי באשר הוא, ללא קשר לגיל, מין, אמונות או מעשים, והשתמשו במנגנון הביורוקרטי של ממשלה מודרנית כדי לממש את מטרתם.
- ההנהגה הנאצית סברה שאם תפטור את העולם מנוכחותם של היהודים תועיל בכך לעם הגרמני ולאנושות כולה, אף שלמעשה לא היוו היהודים כל איום.
הרעיון הזה, שנבנה על יסוד אידאולוגיה גזענית מופרכת שראתה ביהודים "גזע הרסני", הוא שהוביל בסופו של דבר ליישום מדיניות הרצח של "הפתרון הסופי".
אין נתון מדויק על מספר היהודים שנספו בשואה. המספר שמציינים בדרך כלל הוא 6 מיליון, בעקבות עדותו של אדולף אייכמן, ששימש מומחה לעניינים יהודיים במשרד הראשי לביטחון הרייך ומילא תפקיד בכיר במדיניות "הפתרון הסופי". כל המחקר הרציני מאשר שמספר הקרבנות נע בין 5 ל- 6 מיליון. חישובים מוקדמים מציינים טווח שבין 5.1 מיליון (ראול הילברג) ל- 5.95 מיליון (יעקב לשינסקי). מחקר חדש יותר, שערכו פרופ' ישראל גוטמן וד"ר רוברט רוזט, והתפרסם באנציקלופדיה של השואה, מעריך את מספר הנספים היהודים בין 5.59 ל- 5.86 מיליון; ומחקר בניהולו של ד"ר וולפגנג בנץ מציג טווח שבין 5.29 ל- 6 מיליון.
מקורותיהם העיקריים של הנתונים הללו הם השוואות בין מפקדי אוכלוסין לפני המלחמה ואחריה. בעריכת החישובים נעשה שימוש גם במסמכים נאציים שכללו נתונים חלקיים על גירושים והשמדה. לפי הערכתנו שמורים כעת ביד ושם קצת יותר מ- 4.2 מיליון שמות של קרבנות. הנתון הזה מבוסס בעיקר על כ- 2.5 מיליון דפי- עד, שרובם כוללים מידע על יותר מיהודי אחד שנספה בשואה. מתחילת יוני 1999 מוחשבו למעלה מ- 1.6 מיליון דפי- עד ביד ושם. נוסף על כך יש בידינו אלפי מסמכים הכוללים שמות מתקופת השואה, רבים מהם שמות של קרבנות. התיעוד הזה עדיין לא נחקר במלואו ולא הוקלד אל מסד הנתונים הממוחשב שלנו. בסופו של דבר אנו מקווים לספק, בעזרת פרויקט המחשוב שלנו, מידע רב ככל האפשר על כל אחד מקרבנות השואה.
מאחר שאין מידע סטטיסטי חד-משמעי על כל היהודים שהושמדו במדינות הכיבוש הנאצי, ובגלל שינויי גבולות תכופים לפני המלחמה, במהלכה ואחריה, קשה למנות את מספר הקרבנות המדויק בכל מדינה. המידע שלפניכם לקוח מתוך האנציקלופדיה של השואה, והוא מבוסס על מחקרים שנעשו ביד ושם. באנציקלופדיה מופיעים הסברים בקשר לנתונים המוצגים כאן עבור כל מדינה.
| אובדן מקסימלי | אובדן מינימלי | אוכלוסייה לפני המלחמה | מדינה |
| 50,000 | 50,000 | 185,000 | אוסטריה |
| 28,900 | 28,900 | 65,700 | בלגיה |
| 78,150 | 78,150 | 118,310 | בוהמיה ומורוויה |
| 0 | 0 | 50,000 | בולגריה |
| 60 | 60 | 7,800 | דנמרק |
| 2,000 | 1,500 | 4,500 | אסטוניה |
| 7 | 7 | 2,000 | פינלנד |
| 77,320 | 77,320 | 350,000 | צרפת |
| 141,500 | 134,500 | 566,000 | גרמניה |
| 67,000 | 60,000 | 77,380 | יוון |
| 569,000 | 550,000 | 825,000 | הונגריה |
| 7,680 | 7,680 | 44,500 | איטליה |
| 71,500 | 70,000 | 91,500 | לטוויה |
| 143,000 | 140,000 | 168,000 | ליטא |
| 1,950 | 1,950 | 3,500 | לוקסמבורג |
| 100,000 | 100,000 | 140,000 | הולנד |
| 762 | 762 | 1,700 | נורווגיה |
| 3,000,000 | 2,900,000 | 3,300,000 | פולין |
| 287,000 | 271,000 | 609,000 | רומניה |
| 71,000 | 68,000 | 88,950 | סלובקיה |
| 1,100,000 | 1,000,000 | 3,020,000 | ברית- המועצות |
| 63,300 | 56,200 | 78,000 | יוגוסלוויה |
| 5,860,129 | 5,596,029 | 9,796,840 | סה"כ |
| 5,860,000 | 5,596,000 | 9,797,000 | מעוגל |
בני אדם רבים נפלו קרבן למדיניות הרצחנית של המשטר הנאצי בגלל סיבות פוליטיות, חברתיות או גזעיות. אזרחים גרמנים היו בין הקרבנות הראשונים שנרדפו בידי המשטר בגלל פעילות פוליטית. חלקם מתו במחנות ריכוז, אבל רובם שוחררו לאחר שמנגנון האימה הצליח לשבור את רוחם. גרמנים נכים או חולים במחלות נפש נרצחו במסגרת תכנית שנקראה אותנזיה ("המתת חסד" ) גרמנים אחרים נאסרו בשל היותם הומוסקסואלים, פושעים או מפני שלא הלכו בתלם. האנשים האלה, אף שסבלו מהתאכזרות, לא סומנו כמי שנועדו להשמדה גמורה כמו היהודים.
רבים מאוד מבני הצוענים (עמי רומה וסינטי) נרצחו בידי הנאצים. ההערכות נעות בין 200,000 עד למעלה מ- 500,000 בני אדם. המדיניות הנאצית כלפי הצוענים לא הייתה עקבית. בגרמניה וגרורותיה הושמדו הצוענים שהשתלבו בחברה הגרמנית, בשעה שבברית-המועצות הכבושה נרצחו מי ששמרו על אורח חייהם הצועני ואילו מי שהשתלבו בחברה היו פטורים מן הרדיפות.
העמים הסלוויים - עמי פולין, רוסיה, אוקראינה, יוגוסלוויה, צ'כוסלובקיה ובולגריה - נחשבו גם הם לגזעים נחותים בעיני הנאצים. אבל לא רק על-פי האידאולוגיה הגזענית קבעו הנאצים את יחסם לעמים השכנים אלא גם על-פי שיקולים פוליטיים מעשיים. למרות נחיתותם לכאורה, היו הסלובקים, הקרואטים, הבולגרים וחלק מן האוקראינים בעלי בריתם של הנאצים. אסירי מלחמה רוסים מתו עקב הזנחה או עבודת פרך, או נרצחו מסיבות של גזענות נאצית ושנאת הקומוניזם. כלפי הפולנים התייחסו הנאצים בצורה מחפירה, בעיקר לנוכח תכניותיהם לארגן את אירופה מחדש על יסוד תורת הגזע, אבל הם לא ייעדו את הפולנים להשמדה גמורה. את הילדים הפולנים בעלי "המראה הגרמני" תכננו הנאצים לגדל בתור גרמנים, את האינטלקטואלים והמנהיגים תכננו לרצוח כדי למנוע מרידה ואת היתר - להפוך לעבדים.
בניגוד לתפיסות רווחות לא עלה היטלר לשלטון בהפכה אלימה נגד ממשלה שנבחרה באורח דמוקרטי. אמנם הנאצים זכו לתמיכתם של מיליוני מצביעים גרמנים שנקעה נפשם מן המשבר החברתי, הכלכלי והפוליטי המתמשך שגרמניה הייתה שרויה בו, בייחוד לאחר 1929; אבל היטלר מעולם לא נבחר בהכרעה ברורה בידי הרוב המוחלט של ציבור המצביעים הגרמני. היטלר גם מעולם לא קיבל מנדט מרוב מוחלט שכזה להפוך לדיקטטור של גרמניה. בבחירות הדמוקרטיות האחרונות, ב- 6 בנובמבר 1932, איבדה למעשה המפלגה הנאצית מכוחה, על-אף שהייתה החזקה ביותר, והשיגה 33.1 אחוז בלבד לעומת הבחירות הקודמות, ב-31 ביולי 1932,שבהן זכתה ב- 37.3 אחוז מכלל קולות הבוחרים. לקנצלר ב- 30 בינואר 1933, תפס היטלר את מושכות השלטון כשמונה לקאנצלר בידי הנשיא הינדנבורג.
משעה שעלו לשלטון עסקו היטלר ושותפיו ללא לאות בהרחבה של בסיס שלטונם ובפירוק שיטתי של החוקה הגרמנית, חלק אחר חלק. אחד מציוני הדרך המכריעים היה "חוק ההעצמה" (Law of Empowerment), שהעניק לממשלה את הסמכות לחוקק חוקים מבלי להידרש כלל לאישור הפרלמנט או הנשיא. האוטונומיה של מחוזות המדינה הגרמניים ("לאנדר" – Lander בוטלה מכוח חוק שנחקק ב- 31 במרס 1933. תפיסת השלטון בידי הנאצים הושלמה, במידת מה בעקבות "החוק נגד הקמת מפלגות חדשות" מ- 14 ביולי 1933, חוק שבעקבותיו נעשתה המפלגה הנאצית למפלגה החוקית היחידה בגרמניה.
בשנים הראשונות לשלטונם עדיין לא ראו הנאצים בהשמדתם הפיזית של היהודים מטרה אופרטיווית, אלא ביקשו לבודדם בידוד חברתי, לדחוק אותם ממקורות המחיה ובסופו של דבר להרחיקם מאדמת גרמניה. באותו הזמן עדיין הגביל המשטר את מידת האכזריות שנקט למימוש מטרותיו האנטישמיות, מאחר שצעדיו הוצרו עקב אילוצים פנימיים וחיצוניים. ביטוייו האופייניים של המסע האנטי-יהודי היו חקיקה מפלה, קיפוח כלכלי, השמצות פומביות, הטרדות אדמיניסטרטיוויות ונידוי חברתי יותר מפגיעות גופניות או רצח. רוב הצעדים הללו נעשו לנגד עיניו הבוחנות של העולם.
מאפיין בולט של המדיניות הנאצית לפני המלחמה היה הדילוג המבלבל בין דיכוי לנורמליות לסירוגין. הידוק הלחץ האנטישמי והרפיה, ושוב הידוק והרפיה וחוזר חלילה. פרצי פעילות אנטישמית נמרצת נבלמו על-ידי תקופות ממושכות של יציבות מטעה. באופן כללי ניתן לציין שלוש נקודות שיא במסע הציבורי האנטישמי לפני המלחמה:
- החרם הכלכלי שהוכרז ב- 1 באפריל 1933 שאחריו בא גל של חקיקה גזענית שכוון כלפי עובדים יהודים בשירות המדינה ובמקצועות שונים.
- חוקי נירנברג מ- 15 בספטמבר 1935 שסתמו את הגולל על חירותם של יהודי גרמניה והגדירו את היהדות במונחי גזע.
- ליל הבדולח, בלילה שבין 9 ל- 10 בנובמבר 1938, שהיה למעשה פוגרום ביזמת המדינה ובארגונה.
יהודי גרמניה, הקרבן הראשון של המשטר הנאצי, היו קהילה מבוססת מן הוותיקות באירופה. עד שנת 1933 שימשו היהודים הגרמנים בעיני רבים דוגמה להצלחת האמנציפציה וליחסי גומלין יצירתיים בין יהודים ובין סביבתם הלא יהודית. רוב יהודי גרמניה ראו את עצמם גרמנים לא פחות מבני ארצם הנוצרים. כ- 12,000 מהם נהרגו בשדות הקרב של מלחמת העולם הראשונה בשעה שהגנו על האינטרסים של ארצם האהובה ועל כבודה.
בימיו הראשונים של המשטר הנאצי התקשו היהודים להאמין שמישהו ינסה לשלול מהם את זכויותיהם וזהותם הגרמנית ויהפוך אותם מנודים בארצם שלהם. "גרמניה נשארת גרמניה", הצהיר המאמר הראשי בביטאון של "האגודה המרכזית של האזרחים הגרמנים בני הדת היהודית", שייצג אז את רוב היהודים. "איש אינו יכול ליטול מאתנו את מולדתנו ואת ארץ אבותינו." בצדו האחר של המתרס האידאולוגי ניצבו הציונים הגרמנים, שהיו פסימיים יותר באשר לחוסנה של הסינתזה הגרמנית-היהודית, והיו קשובים יותר לקולות העידן החדש שעמד בפתח. אבל אפילו הם לא יכלו לשער בנפשם את ממדיו של האיום הנאצי על הקיום היהודי.
גם הם, כיהודים במקומות אחרים, נטו להניח שהלהט המהפכני של המשטר הנאצי ילך וידעך מקץ חודשים ספורים, ולבסוף יתברר שנביחתם אמנם מאיימת, אך נשיכתם אינה קשה כל-כך. הראשונים שנעשו מודעים לסכנה במידת מה היו הפעילים היהודים בתנועות סוציאליסטיות וקומוניסטיות שנרדפו הן על בסיס פוליטי והן על בסיס גזעני.
לאחר ההלם הראשוני החלה יהדות גרמניה להתארגן כדי להגיב על הנסיבות החדשות. כבר באפריל 1933 הוקם "הוועד המרכזי לעזרה ושיקום של היהודים הגרמנים", שתיאם את פעולות הרווחה הנרחבות למען הקהילה היהודית המכותרת. ב- 17 בספטמבר 1933 התארגן גוף בשם "הנציגות הארצית של היהודים הגרמנים" והוא קיבל עליו את האחריות לייצוג הפוליטי של היהודים כלפי השלטונות.
מאחר שהיו מיעוט קטן נתונים למשטר רודני אלים, לא היה בכוחם של יהודי גרמניה להקים אופוזיציה פוליטית לנאצים. תקוותם שבאמצעות משא-ומתן בין ההנהגה היהודית ובין המשטר ניתן יהיה להסדיר הסדר מתקבל על הדעת את מעמדם של היהודים התנפצה לנוכח המציאות. לפיכך לא נותר למנהיגות היהודית אלא להתמקד בחייה הפנימיים של הקהילה, ובעקבות זאת העמיקה התודעה היהודית ונתחזקו קשרי הסולידריות הפנימיים בין היהודים הנרדפים.
ככל שגבר בידודם של היהודים התמקדו ארגוניהם בפעולות סעד ובסיוע לנזקקים. הם הקימו מערכת חינוך יהודית עבור הילדים שגורשו ממערכת החינוך הגרמנית, עודדו חינוך מבוגרים וייסדו את ה"קולטורבונד", ארגון שנתן ביטוי לאמנים יהודים מתחומים שונים. באמצע שנות השלושים יזמו הארגונים היהודיים יותר ויותר פעילויות לעידוד ההגירה. הם הפיצו מידע אודות מדינות יעד שונות והציעו לימודי שפות וקורסים מקצועיים. הפעילות הענפה הזאת הוסיפה להתקיים עד ליל הבדולח, בנובמבר 1938. לאחר מכן קטעו הנאצים את כל הפעילויות והארגונים היהודיים הצליחו לקיימם רק בהיקף צר ביותר.
קודם כל מפני שהפיקוח על העלייה לארץ-ישראל בין שתי מלחמות העולם היה נתון בידי הבריטים, בעלי המנדט על הארץ, שהשתמשו בקריטריון הרשמי של "כושר קליטה כלכלי" כדי לווסת את כניסתם של היהודים לארץ-ישראל על-פי האינטרסים האימפריאליסטיים והאסטרטגיים שלהם. בעיקרו של דבר, הורשו לעלות לארץ לפני המלחמה בדרך חוקית רק מי שנמנו על אחת משלוש הקטגוריות האלה:
- יהודים שהיה ברשותם הון של 1,000 לירות א"י לפחות קיבלו אשרות "קפיטליסטיות". כדי להבין את ערך הסכום בפועל, נציין ששכרו השנתי של שוטר בשנת 1933 היה פחות מ- 50 לירות.
- חלוצים ציונים צעירים שעברו בחו"ל תקופת הכשרה, חקלאית בעיקר, הורשו להיכנס לארץ בתור "פועלים". השלטון הבריטי קבע מדי שישה חודשים מכסת אשרות מוגבלת, ששיקפה את המצב הכלכלי באותו הזמן, ובייחוד את שיעור האבטלה
- "נתמכים" - קרובי משפחה ישירים של תושבי הארץ.
לאחר 1937, בעקבות דוח של הנציבות הבריטית, נקבעה בגלוי מכסה פוליטית באשר לעלייה היהודית לארץ- ישראל.
מנגד ניצב הממסד הציוני, שאותו ייצגה הנהלת הסוכנות היהודית בארץ- ישראל, שאמנם התמקח שוב ושוב על היקף המכסות שהוקצו בידי השלטון הבריטי, אבל מן הבחינה העקרונית מעולם לא קרא תיגר על השיטה. עלייה בלתי מוגבלת ובלתי מבוקרת הייתה מנוגדת מן הבחינה העקרונית לתפיסה שרווחה בימים ההם בקרב הנהלת הסוכנות, שלפיה הגשמת הציונות היא תהליך אטי ואורגני, הכרוך בהעדפת צרכיו הכלכליים, החברתיים והתרבותיים של המפעל הציוני הקולקטיבי בארץ ישראל על פני צרכיו של היהודי היחיד.
בשנים הראשונות של המשטר הנאצי הגיעו רוב המהגרים מבין יהודי גרמניה למדינות אירופה השכנות ולארץ- ישראל. אולם לאחר 1936, ובייחוד בשנת 1938, השתנה המצב לחלוטין. באותם ימים, משנעשתה העלייה לארץ או ההגירה למדינות אירופה האחרות קשה יותר, ומצבם, של יהודי גרמניה הוסיף להידרדר, היו הפליטים היהודים נכונים יותר להרחיק במסע למקלט בטוח, בייחוד לדרום אמריקה. פליטים יהודים מגרמניה ומאוסטריה הרחיקו גם עד שנחאי, שהייתה אחד המקומות המעטים שקלטו מהגרים באופן חופשי. אחרים ניסו להגיע לארץ- ישראל בחשאי כדי לעקוף את מגבלות העלייה. לנוכח מנוסתם הנואשת של יהודי אוסטריה לאחר סיפוח ארצם לגרמניה במרס 1938, ולאחר "ליל הבדולח" שהתרחש בנובמבר אותה שנה ופגע פגיעה קשה ביהודים בכל רחבי הרייך, ריככו ארצות- הברית ובריטניה מעט את מדיניות ההגירה הקשוחה שלהן.
הגירת יהודים מגרמניה ומאוסטריה בשנים 1933-1939, לפי יעדים:
| 85,000 | ארצות-הברית |
| 85,000 | אמריקה הלטינית |
| 60,000 | ארץ-ישראל |
| 18,000 | שנחאי |
| 60,000 | בריטניה |
| 12,000 | שווייץ |
| 320,000 | סה"כ |
הסברים רבים הוצעו בתשובה לשאלה הזאת – הסברים תאולוגיים, היסטוריים, פילוסופיים, פסיכולוגיים ומרקסיסטים - אבל שום הסבר לבדו אינו מספק. והנה הצעה להסבר היסטורי:
בשנות השלושים הסכימו מגזרים גדולים של האוכלוסייה הגרמנית לחיות בחברה שמבוססת על עקרונות של שנאה, טוהר הגזע ואלימות. הם יצאו למלחמה כדי לנקום על כל עוולה, אמיתית או מדומה, שנגרמה להם במשך 200 השנים האחרונות, ושאפו ליצור גרסה משלהם לעולם טוב יותר. אחד מעיקרי האמונה במערכת הערכים הזאת היה, שהיהודים מייצגים את כל מה שעומד בניגוד גמור אליהם ולכן יש לסלקם מן הדרך. האמונה הזאת הייתה קשורה קשר הדוק להשקפת עולם גזענית שרבים היו שותפים לה וראתה את הגרמנים בתור בני הגזע העליון, נורדים-ארים, ואת היהודים בתור אנטי-גזע טמא בעל מאפיינים פיזיים הרסניים. האוטופיה האתנית שאליה שאפו הגרמנים הללו לא יכולה הייתה להתממש אילו נשארו היהודים בקרבם. כשהתברר שגירוש היהודים ממקומותיהם אינו מעשי, פנו אל הפתרון הקיצוני ביותר - הפתרון הסופי.
התאריך המדויק שבו התקבלה ההחלטה הנאצית לרצוח את כל היהודים אינו ידוע בבירור. לא נמצאה כל פקודה חתומה בידי היטלר בעניין הזה. אולם שוררת כיום הסכמה כללית בקרב היסטוריונים בדבר העובדה שלפני פרוץ המלחמה לא הייתה לנאצים תכנית מוגדרת להשמיד את יהודי אירופה. את המדיניות שנודעה בשם "הפתרון הסופי", אשר קראה לרצח כל היהודים באשר הם,הגו במהלך המלחמה עצמה.
בזמן כיבוש פולין, בסתיו 1939, עברו הנאצים מצורות הרדיפה הקודמות לרצח. בחודשים האחרונים של 1939 התבצע בתחום הגנרלגוברנמן (השטחים הפולניים שנכבשו וסופחו לגרמניה), שבו רוכזו רוב יהודי פולין,רציחות המוניות ספורדיות שהובילו למותם של 7,000 נפש לפחות. עם הפלישה לברית- המועצות, ב- 22 ביוני 1941, הלכו וגברו הפעולות הרצחניות נגד היהודים. יחידות חמושות של גרמנים, ובראשן עוצבות המבצע המיוחדות של הס"ס, האיינזצגרופן, החלו לירות בגברים יהודים, כמו גם בבבעלי תפקידים במפלגה הקומוניסטית, באופן המוני ושיטתי.
בראשית יולי התמנה ריינהרד היידריך, אחד מסגניו של הימלר, ראש הס"ס,בידי סגנו של היטלר, הרמן גרינג, לממונה על "הפתרון הסופי לשאלת היהודים באירופה". באמצע אוגוסט, כשביקר ראש הס"ס, היינריך הימלר,בשטחים הסובייטיים שזה עתה נכבשו, הוחלט להרוג גם נשים וילדים יהודים. זמן קצר לאחר מכן החלו הניסויים בגז ציקלון B בתור אמצעי לרצח המוני. הניסויים האלה נערכו באושוויץ על אסירי מלחמה סובייטים. באמצע אוקטובר החל גירוש היהודים מן הרייך, וימים ספורים לאחר מכן נאסרה הגירה יהודית מן הרייך. באוקטובר גם נבחרו האתרים למחנות ההשמדה חלמנו ובלז'ץ. בראשית דצמבר החל לפעול מחנה ההשמדה הראשון, חלמנו, והחלו לרצוח בו יהודים בגז פחמן חד-חמצני, שהופק בעיקר על- ידי מנועי דיזל גדולים והוחדר לתוך תאי גזים.
ב- 12 בדצמבר סיפר היטלר לכמה מאנשיו הקרובים שהרצח ההמוני השיטתי שהוחל בו בברית- המועצות יורחב גם ליהודי גרמניה, הקבוצה האחרונה שתיכלל בתכניות הרצח. מן השיחה הזאת עולה שההחלטה לרצוח את כל היהודים התקבלה לפני 12 בדצמבר - יש לשער שבמהלך הסתיו של 1941. ב- 20 בינואר 1942, לאחר שמאות אלפי יהודים כבר נרצחו, כינס היידריך פקידים בכירים מקרב הפקידות הגרמנית בפרוור ואנזה שבברלין לישיבה שנודעה כעבור זמן בשם "ועידת ואנזה", כדי לדון ב"פתרון הסופי" ולתאם את ביצועו.
מרצף האירועים ברור כי היטלר, גרינג, הימלר, היידריך ומנהיגים נאצים אחרים היו מעורבים באופן פעיל בתהליך קבלת ההחלטות שהוביל לרצח המוני של היהודים.
רוב הגרמנים תמכו בצעדי האפליה נגד יהודי גרמניה בשנות השלושים, ואף- על- פי שרבים מהם לא הזדהו הזדהות גמורה עם האידאולוגיה הנאצית הגזענית, תמכו בצעדים הללו מסיבות שונות ומגוונות. היו שהחזיקו בדעות אנטישמיות מסורתיות יותר המבוססות על אנטישמיות נוצרית, או בצורות שונות של אנטישמיות פוליטית, חברתית ותרבותית. אחרים היו שבעי רצון מהיבטים אחרים של המשטר הנאצי, ולכן הסכימו הסכמה שבשתיקה לקבל את הצעדים האנטי-יהודיים בתור מחיר הכרחי. בעיני רוב רובם של הגרמנים לא היו היהודים שייכים לחברה הגרמנית, ולכן לא חשו כל אחריות חברתית כלפיהם והיו אדישים לגורלם. כשהחל המשטר הנאצי להחרים את רכושם של היהודים (אריזציה), הוא הביא למעורבותם של חלקים גדולים באוכלוסייה במעשים הללו בכך שאִפשר להם ליהנות מן הרכוש הזה.
המהומות האלימות נגד יהודי גרמניה ב"ליל הבדולח", בנובמבר 1938, עוררו תגובות שונות בקרב האוכלוסייה הגרמנית. רבים זעמו על ההפקרות שבאה לידי ביטוי בהרס ההמוני של רכוש וקבלו על הפרת הסדר הציבורי, ואילו העובדה שהיהודים היו קרבנותיהם של המעשים הללו הפריעה להם פחות. כדי למנוע תגובות נוספות כאלו הקפיד המשטר הנאצי להגביל להבא את הביטויים הנרחבים של אלימות הרחוב נגד יהודי גרמניה, ובמשך יתר תקופת שלטונו המשיך בצעדים האנטי-יהודיים, ובכלל זה ההשמדה, הרחק ככל האפשר מעיני הציבור הגרמני. ואף- אל- פי- כן הגיע אל הציבור מידע רב אודות גורלם של היהודים, אבל רבים בחרו שלא לראות את התמונה השלמה. ובמילים אחרות, גרמנים רבים ידעו מספיק כדי לדעת שהם מעדיפים לא לדעת.
הגטו הגדול ביותר היה בוורשה והתגוררו בו 480,000 יהודים. הגטו חוסל במאי 1943, לאחר משלוחים המוניים לטרבלינקה בקיץ 1942 ושתי מרידות באפריל 1943. גטו לודז' כלל בשיאו 160,000 יהודים. גטו לודז' חוסל בהדרגה: בגל המשלוחים הראשון לחלמנו בין ינואר למאי 1942, במספר גדול של משלוחים לחלמנו ולמחנות נוספים מאוחר יותר, ובחיסול הסופי ב-1 בספטמבר 1944. בגטו לבוב חיו קרוב ל- 150,000 יהודים כשהוקם בנובמבר 1941; אלפי יושביו האחרונים נשלחו משם ביוני 1943 לאחר ששאר היהודים נשלחו אל מותם בבלז'ץ וביאנובסקה. בגטו מינסק ישבו 100,000 יהודים ממינסק וכן מן העיירות ומכפרי הסביבה. הגטו חוסל ב- 21 באוקטובר 1943, לאחר שרוב תושביו היהודים נורו או גורשו אל מותם בסוביבור. בווילנה, נורו למוות בבורות של פונאר, לא רחוק מן העיר, הרוב מכלל 57,000 היהודים שאכלסו את הגטו במקור. לאחר כישלון המרד בגטו וילנה, ב- 23 בספטמבר 1943, נשלחו אלפי היהודים האחרונים ששרדו למחנות באסטוניה. גטו ביאליסטוק, שישבו בו 50,000 יהודים, חוסל ב- 16 באוגוסט 1943, לאחר חמישה ימי לחימה של המחתרת היהודית.
הגטאות בזמן השואה היו אזורים קטנים ועניים לרוב, בערים ובעיירות שהיהודים נכלאו בהם ואילו כניסתם של גויים אליהם נאסרה בדרך כלל. גטאות רבים היו מוקפים חומות או גדרות כדי לבודד את היהודים ולהפרידם משכניהם בעולם החיצוני. הגטאות נועדו לשמש נקודות איסוף זמניות ומבוקרות שאפשרו לנצל את כוח העבודה הפוטנציאלי של היהודים עד סילוקם הסופי.
היהודים הוחזקו בגטאות בתנאים נוראים. הנאצים החרימו את כל רכושם כמעט ומנעו מהם את רוב צורכי היום-יום. צפיפות איומה, בעיות היגיינה חמורות, רעב קשה ומניעת תרופות בסיסיות הובילו להתפרצויות נרחבות של מגפות בגטאות רבים. גם התנאים הקשים ועבודות הכפייה הממושכות הביאו להיחלשותם של היהודים. בוורשה, הגטו הגדול ביותר, מתו כ- 85,000 יהודים (כ- 20 אחוז מאוכלוסיית הגטו) בעקבות התנאים המחפירים עוד קודם שהחלו הנאצים לשלוח את תושבי הגטו אל מחנות המוות. שיעורי תמותה דומים היו גם בגטאות אחרים, ואפילו כשהיו התנאים היו מעט טובים יותר, היו הגטאות "צרים כקבר", כפי שתיאר זאת הד"ר לזר אפשטיין ביומן שכתב בגטו.
היהודים נקטו שיטות חוקיות וגם "לא חוקיות" במאמציהם לשרוד בתנאים הקשים שנכפו עליהם בגטאות. ועדות של יהודים ארגנו דיור, חילקו מזון וסיפקו סעד סוציאלי, טיפול בילדים, סיוע לפליטים ושירותים נוספים מתוך ניצול המשאבים הזעומים שהיו ברשותם עד קצה גבול היכולת. בגטאות אחדים הוקמו ארגוני סעד אוטונומיים כדי להתמודד עם הצרכים הללו. מפלגות פוליטיות ותנועות נוער התארגנו במחתרת כדי לספק לחבריהם עזרה נוספת ותמיכה מורלית. והמשפחות דאגו לבני ביתם וניסו לעזור לקרובים ולחברים.
יהודים רבים, יחידים וקבוצות בגטאות רבים הבינו שהנאצים הכינו להם מלכודת- אם יצייתו לכללים של הנאצים צפוי להם מוות בטרם עת מרעב או ממחלות. אם ייתפסו מפרים את הכללים בהברחות של מזון, אספקה ומידע, צפוי להם מוות בטוח. במקרים רבים בחרו היהודים להיהפך ל"פורעי חוק" במאבקם לשרוד.
בכל מדינה ששלטו בה הגרמנים בתקופת המלחמה הקימו ארגוני הנהגה יהודיים שכונו "יודנראט" (מועצת יהודים) או "אלטסטנראט" (מועצת זקנים). רבות מבעלות בריתה של גרמניה, כגון סלובקיה, הקימו מוסדות דומים. המועצות נועדו לשמש כלי כדי לשלוט ביהודים, לבודד אותם מן העולם החיצוני ולבצע פקודות שונות. ככלל השתדלו השלטונות למנות ליודנראט מנהיגים יהודים ואישי ציבור מכובדים שקנו את מעמדם עוד לפני המלחמה. מועצות היודנראט נקרעו בצורה טרגית בין רצונן לדאוג לצורכי היהודים ובין תביעותיהם התקיפות של הנאצים.
היודנראט השתדלו לנקוט דרכים שונות כדי לעזור ליהודים, החל מתמיכה פעילה בקבוצות מחתרת וארגון התנגדות מזוינת, וכלה בשיתוף פעולה מלא כמעט עם הרשויות בביצוע מדיניותן, מתוך תקווה שהדבר ימנע את החרפת הצעדים נגד היהודים שהיו קשים ממילא. משהחלו המשלוחים ההמוניים ובקרב מנהיגים יהודים רבים גברה התחושה שבני עמם מובלים להשמדה, נעשתה בעיית הציות או אי-הציות לפקודות הנאצים מכרעת. יושב- ראש היודנראט של ורשה, אדם צ'רניאקוב, העדיף לשלוח יד בנפשו ולא להיכנע לדרישת הנאצים לספק יהודים למשלוחים. בלודז' בחר ראש היודנראט מרדכי חיים רומקובסקי להוסיף לציית לתביעות הנאצים. מתוך תקווה להציל חלק לפחות מאוכלוסיית הגטו, ובעיקר פועלים, שהאמין כי סיכוייהם לשרוד גדולים יותר, סיפק רומקובסקי רשימות של יהודים לנאצים, ואפילו ביקש מאימהות למסור את ילדיהן הקטנים. בגטו טוצ'ין הקטן, לעומת זאת, ניהל היודנראט מאבק מזוין ובריחה המונית, אם כי בהצלחה מצומצמת.
קשה אפוא מאוד לאפיין במונחים כלליים את התנהגותם של המנהיגים היהודים מול הנאצים. בסופו של דבר היו אלה הגרמנים ששלטו במצב וקבעו את גורלן של הקהילות היהודיות ללא קשר למדיניותה של כל אחת ממועצות היודנראט.
פירוש המילה איינזצגרופן (Einsatzgruppen) הוא "עוצבות מבצע". הס"ס הקים יחידות כאלה לפני פלישותיו לאוסטריה, לצ'כוסלובקיה, לפולין ולברית- המועצות. משימתן של האיינזצגרופן בפולין הייתה להטיל טרור על האוכלוסייה המקומית ולרצוח כל אדם הנחשב בלתי רצוי בעיני הס"ס. בעיקר נודעו לשמצה היחידות שהוקמו לפני הפלישה לברית- המועצות ביוני 1941. משימתן העיקרית הייתה להשמיד את מה שהיה בעיניהן התשתית האידאולוגית של ברית- המועצות: הקומיסרים הפוליטיים, חברי המפלגה הקומוניסטית ובעיקר- היהודים.
יחידות איינזצגרופן נכנסו לתוך ברית- המועצות יחד עם הצבא הגרמני. בכל מקום שבו עצרו אספו את כל היהודים שהצליחו לאתר וירו בהם בדם קר (תחילה בגברים ומקץ זמן קצר גם בנשים ובילדים). הם מילאו דוחות יומיים מפורטים על פעילויותיהם, דוחות שהעתקים מהם עדיין קיימים. על פי הדוחות הבלתי שלמים שהותירו הרגו האיינזצגרופן 900,000 יהודים לפחות בעצמן והסתייעו ביחידות אחרות בפעולות הרצח של מאות אלפים נוספים.
משאיות הגז שימשו להמתת יהודים ובני לאומים אחרים בחניקה. בשלב הראשון היו מסיטים את גז הפליטה של המנוע, תחמוצת הפחמן, לתוך תאים אטומים. בשיטה הזאת השתמשו תחילה במסגרת תכנית האותנזיה ("המתת חסד"), שבמסגרתה הרגו הנאצים גרמנים נכים או חולי נפש. אחר כך, בספטמבר 1941, רצחו הנאצים אסירי מלחמה סובייטים בזאקסנהאוזן על- ידי העברת גז הפליטה לתוך התא האחורי הנעול של המשאית. כעבור חודשיים, בברית- המועצות, הוכנסו לשימושן של יחידות האייזנזצגרופן משאיות גז ניידות בתור שיטה לרצח יהודים. גם במחנה ההשמדה חלמנו,שהוקם בדצמבר 1941, השתמשו במשאיות גז. בכל רחבי אירופה הכבושה נרצחו כ- 700,000 בני אדם בשיטה הזאת.
במחנות ההשמדה שנבנו במסגרת "מבצע ריינהארד" – בלז'ץ, סוביבור וטרבלינקה – השתמשו בתחילה בתחמוצת הפחמן שהופק ממנועי דלק או שוחרר מצילינדרים כדי לרצוח בני אדם. ניסויים בציקלון B, שהוא צורה של חומצת הידרו-ציאניד או חומצה פרוסית, החלו באושוויץ בספטמבר 1941. כמוסות הגז סופקו בידי החברה הגרמנית "דֶגֶש" DEGESCH - יצרנית של חומרי הדברה, שהייתה בשליטת אי גה פארבן. גם חברת "טש וסטבנוב" - TESCH AND STABENOW CO.מהמבורג סיפקה כמוסות גז. מתקני תאי הגז והמשרפות המשופרים באושוויץ-בירקנאו נבנו בידי ג'"א טופף ובניו J.A. TOPF UND SOHNE מן העיר ארפורט שבגרמניה.
מיד עם עלייתם לשלטון הקימו הנאצים מחנות וכלאו בהם אנשים שנחשדו כיריבי המשטר ונהגו בהם באכזריות רבה. כמו במשטרים דיקטטוריים אחרים, נועדו המחנות לשבור את ההתנגדות, לזרוע פחד ולהשליט אימה בקרב האוכלוסייה כדי להבטיח שלא תתעורר התנגדות חדשה. מחנה הריכוז הראשון נבנה בדכאו ב- 23 במרס 1933, חודשיים בלבד לאחר שהתמנה היטלר לקנצלר גרמניה. דכאו הפך לבסיס האימונים של הס"ס. מפקדו הראשון היה תיאודור אייקה, שאכזריותו חסרת התקדים שימשה מודל לחיקוי ברחבי מערכת המחנות שהלכה והתרחבה. בין המחנות הגדולים שהוקמו בגרמניה רבתי היו בוכנוואלד, מאוטהאוזן, נויינגאמה, ראוונסבריק וזאקסנהאוזן.
בתקופת סיפוח אוסטריה, ובעיקר בזמן המהומות נגד היהודים בנובמבר 1938 ("ליל הבדולח"), כבר לא כלאו אנשים בגלל מעשיהם לכאורה, אלא בגלל גזעם. מאותו הזמן ואילך נכלאו יהודים במחנות הנאצים אך ורק בשל היותם יהודים. ככל שכבשו הנאצים עוד ועוד שטחים כן הוסיפו להרחיב את מערכת המחנות והשתמשו בה ככלי להגשמתם תכניתם לייסד סדר חדש בחברה האירופית על- פי תורת הגזע.
עבודת הכפייה הייתה מאז ומתמיד מרכיב בעולם המחנות, וככל שחלף הזמן נעשתה מרכיב מרכזי יותר בחיי המחנה. למעשה, לא כינו הנאצים את כל המחנות שלהם מחנות ריכוז. כמה מהם סומנו בתור מחנות עבודה או מחנות לעבודת כפייה, אחרים היו מחנות מעבר ואחרים- מחנות החלפה. בשל תנאי העבודה הבלתי אנושיים, אכזריותם של סגל המחנה והתנאים הפיזיים הנוראים, קיפחו אסירים רבים את חייהם במחנות, ובייחוד בתקופת המלחמה. עם יישומו של הפתרון הסופי הוקמו נוסף על אלה שישה מחנות השמדה, שבהם בוצע בעיקר רצח שיטתי של אסירים יהודים.
המחנה הראשון שנבנה מלכתחילה בתור מחנה השמדה היה חלמנו (קולמהוף), בפולין. המחנה החל לפעול ב- 8 בדצמבר 1941, כשהובאו אליו יהודים מן הסביבה. בתחילה השתמשו במשאיות גז כדי לרצוח את האסירים. עד סוף המלחמה נרצחו במחנה הזה קרוב ל- 320,000 בני אדם.
בתחילת 1942 התחילו הנאצים לבנות שלושה מחנות השמדה במסגרת מבצע ריינהארד: בלז'ץ, סוביבור וטרבלינקה. רוב יהודי פולין נספו במחנות הללו בשנים 1942 ו- 1943. בסך הכל נרצחו במחנות ריינהארד 1.7 מיליון יהודים. גם במיידאנק, שהיה מחנה ריכוז-עבודה, היו מתקני הריגה, ופעמים רבות הוא מוזכר בתור מחנה השמדה. שלא כבמחנות שהיו חלק ממבצע ריינהארד היו רבים מן הקרבנות במיידאנק לא-יהודים.
מחנה ההשמדה שנודע לשמצה יותר מכל מחנה אחר הוקם באושוויץ. באביב 1942 החל לפעול בתור מחנה השמדה לאחר שתאי גזים גדולים יותר נבנו בבירקנאו הסמוכה (אושוויץII). בסופו של דבר נרצחו באושוויץ למעלה ממיליון יהודים וכמה מאות אלפי פולנים, צוענים (סינטי ורומה) ובני לאומים אחרים.
כמחצית מתוך ששת המיליונים שנרצחו בשואה הומתו במחנות השמדה שנוהלו בידי הס"ס. כרבע מן הקרבנות נורו בידי האיינזצגרופן ושותפיהם - בריגדות הס"ס, יחידות משטרה, יחידות וחיילים בכוחות הגרמנים המזויניים, ולעתים גם קבוצות מחוץ למערכת כגון צוותי בנייה או מוסיקאים. קהילת יהודי סרביה הוכחדה בשלמותה בפעולה משותפת של הצבא הגרמני והס"ס.
קרבנות רבים נספו במחנות השמדה ועבודה שניהל הס"ס או בגטאות. הגטאות נוהלו בדרך כלל בידי אזרחים, גרמנים אנשי מנהלה, ובכללם גם עורכי-דין, מהנדסים, רופאים ופקידים. עשרות אלפי יהודים ברחו מצורות שונות של מאסר, אך היחידות הגרמניות לא חסכו כל מאמץ כדי ללכוד אותם. תעשיינים גרמנים העבידו מיליוני אנשים בפרך, ושיעורי התמותה בקרב העובדים היהודים, שהיו בתחתית הסולם החברתי, היו גבוהים במיוחד. בכל שלבי הרצח השתתפו אזרחים לא-גרמנים רבים מרצונם בפעולות ההרג. בכל שלב היו די אנשים שהיו נכונים להשתתף ברצח יהודים.
לולא השתתפו אזרחים כה רבים מחוץ לגרמניה במסע ההשמדה היו הרבה פחות יהודים נרצחים בשואה. אבל מספר הנספים עלול היה להיות גדול יותר לולא לא- גרמנים אחרים שלא שיתפו פעולה ואפילו הפריעו.
בין המשתתפים הבולטים ברצח היו כנופיות של אוקראינים, ליטאים ולטווים, שהופעלו בידי הגרמנים ושחטו עשרות אלפי יהודים. יחידות פרטיזניות בפולין ובמקומות אחרים רצחו יהודים אפילו בשעה שלחמו בנאצים. יהודים שניסו להימלט או להסתתר נמסרו לשלטונות לעתים קרובות בידי מקומיים שביקשו לזכות בגמול או קיוו להשתלט על רכוש יהודי ויש שכילו ביהודים את זעמם. המדיניות הנאצית שלפיה הוכרחו היהודים לענוד טלאי צהוב שיקפה את הנחתם שהנוהג הזה יביא לבידודם מן הסביבה.
ואף- על- פי- כן הצילו גויים רבים עשרות אלפי יהודים, ועל שום כך הם נקראים חסידי אומות העולם. במדינות אחדות, כגון בולגריה וצרפת, השפיעה דעת הקהל על מקבלי ההחלטות בדרכים שהובילו להצלת חייהם של יהודים רבים.
ככלל, ככל שהייתה המדינה עצמאית יותר כן גדלו סיכוייהם של היהודים לשרוד. ולהפך, ליהודיהן של מדינות שנשלטו ישירות, או כמעט ישירות, בידי גרמניה (בברית- המועצות, פולין, סרביה, הולנד) היה הסיכוי הקטן ביותר להינצל. כל עוד נשארה איטליה בעלת ברית מלאה של גרמניה (עד ספטמבר 1943), לא זו בלבד שלא נגעו ביהודי המדינה, אלא שגם היהודים בשטחים שכבשה איטליה זכו להגנת השלטונות. כוחות הצבא הרומני רצחו מספר גדול של יהודים בטריטוריות המרוחקות של ארצם, אבל במרכז המדינה סירבה הממשלה למסור יהודים לידי הגרמנים. הממשלה ההונגרית לא נכנעה ללחצם של הנאצים לגרש את יהודי הונגריה אלא לאחר שכבשה גרמניה את הונגריה במרס 1944. אולם בזמן הכיבוש מילאו ההונגרים תפקיד מרכזי בגירוש. המשטר הבולגרי הגן על היהודים בשטחי בולגריה המקומיים, אך יהודי השטחים המסופחים במקדוניה ובתרקיה (Thrace) גורשו אל מותם.
מדינות ששלטו בהן ממשלות בובה רצחו באכזריות את הקהילות היהודיות שלהן (קרואטיה) או מסרו אותן לידי הגרמנים (סלובקיה). ממשלת וישי הריבונית למחצה בצרפת שיתפה פעולה בגירוש יהודים לא-צרפתים, אבל בדרך כלל דאגה להגן על יהודים בעלי אזרחות צרפתית. ביטחונם של יהודי דנמרק נשמר כל עוד שמרה המדינה על מראית עין של עצמאות; רק משהחלו הגרמנים לפלוש לדנמרק נוצר ההכרח להציל את היהודים על- ידי הברחתם לשוודיה. הדנים הצליחו להציל את כל היהודים כמעט שחיו בארצם.
השיטה הראשונה להסוואת רצח היהודים הייתה השימוש העקבי ב"לשון נקייה" במסמכים; למשל, "טיפול מיוחד" משמעו רצח, ו"פינוי" הוא משלוח אל מחנות המוות. גם המונח "הפתרון הסופי" הוא למעשה מילת צופן שמתייחסת למדיניות ההשמדה. מי שהשתתף בפעולות הרצח הושבע לשמור על סודיות. ליהודים סיפרו שקרים שונים ומשונים כאשר פקדו עליהם להתכונן לגירוש. באופן כללי נאמר להם שהם הולכים למקום "טוב יותר", שבו יידרשו אמנם לעבוד, אבל יוכלו לחיות. מיוני 1942 ואילך החל המבצע המיוחד "אקציון 1005", שנועד להשמיד את הראיות הפיזיות לרצח. יחידה מיוחדת בשם "זונדרקומנדו 1005" בראשותו של פאול בלובל, שטנדרטנפירור בס"ס, פיקחה על שרפת גופותיהם של הקרבנות במחנות ההשמדה. הפעולות האלו קיבלו משנה חשיבות ככל שהבינו המנהיגים הנאצים שהם עלולים להפסיד במלחמה. מיוני 1943 ואילך שבו יחידות הזונדרקומנדו 1005 לאתרי הרצח בשטחים הכבושים של ברית- המועצות שבהם החלו הרציחות עוד ביוני 1941, וניסו לטשטש את עקבותיהם של קברי האחים ההמוניים על- ידי שרפת השרידים במדורות ענקיות. יש שעובדי כפייה יהודים הם שנאלצו לבצע את המטלה הנוראה. ואף- על- פי שלא עלה בידי הנאצים למחוק את כל עקבות הרצח, אבל ניסיונותיהם לעשות זאת הקשו במידה רבה על גילוי הפרטים המדויקים והממדים האמיתיים של פשעיהם.
יש להבחין בין דיווחים על אירועים ספציפיים של טבח המוני ובין דיווחים על ג'נוסייד (רצח עם). מידע בנוגע לרצח המוני של יהודים התחיל להגיע אל העולם החופשי זמן קצר לאחר שהחלו פעולות הרצח בברית- המועצות בסוף יוני 1941, והיקפם של הדיווחים גדל עם הזמן. מקורות המידע המוקדמים כללו דוחות של המשטרה הגרמנית שיורטו בידי המודיעין הבריטי; דיווחים של עדי ראייה מקומיים ושל יהודים שנמלטו ומסרו עדויות למקורות מחתרתיים, סובייטיים או ניטרליים; ודיווחיהם של חיילים הונגרים בחופשה, שנמסרו באמצעות מקורות ניטרליים. במשך 1942 הגיע למנהיגי בעלות הברית והמדינות הניטרליות מידע רב על תכניותיהם של הנאצים לרצוח את כל היהודים, לרבות פרטים על השיטות, המספרים והמקומות, ממקורות רבים: מידע ממפלגת הבונד הסוציאליסטית היהודית בגטו ורשה במאי 1942; המברק של גרהארד ריגנר משווייץ באוגוסט; עדות ראייה של שליח המחתרת יאן קארסקי בנובמבר, ועדויות ראייה של 69 יהודים שהגיעו לארץ- ישראל מפולין במסגרת החלפת שבויים אזרחים בין גרמניה ובין בריטניה בנובמבר 1942.
ב-17 בדצמבר 1942 פרסמו בעלות הברית הצהרה ובה גינו את "השמדת" העם היהודי באירופה, והכריזו כי הפושעים יבואו על עונשם. ואף- על- פי- כן עדיין לא ברור לגמרי עד כמה הבינו מנהיגי בעלות הברית והמדינות הניטרליות את מלוא משמעותו של המידע שהגיע לידיהם. ההלם הגמור של מפקדי הצבאות של בעלות הברית ששחררו את המחנות בסוף המלחמה יכול אולי ללמד שלא ירדו באמת לעומק הזוועה.
בזמן המלחמה נדרשה יהדות אמריקה להתמודד עם ידיעות מדהימות חסרות תקדים - רצח כל יהודי אירופה - בתקופה שבה אסרטיביות אתנית לא הייתה מקובלת בחברה האמריקנית והאנטישמיות הלכה וגברה. ואף- על- פי- כן התארגנו יהודי ארצות- הברית ושלחו כספים ואספקה לתוך אירופה הכבושה באמצעות ארגוני סיוע כגון הג'וינט. הארגונים היהודיים ארגנו הפגנות המוניות במדיסון סקוור גרדן בניו יורק ובמקומות נוספים, ובהן גינו את השמדת היהודים וקראו לעזרת בעלות הברית. מנהיגי יהדות אמריקה פנו אל מנהיגי הממשל, ובהם הנשיא עצמו, בבקשה לפעול למען יהדות אירופה, והכינו תכניות הצלה, כגון התכנית שהוגשה במשותף בידי שמונה ארגונים יהודיים לוועידת ברמודה באביב 1943. פעולות ההצלה המוגבלות שיצאו בסופו של דבר אל הפועל, כגון המבצע של הוועד למען פליטי המלחמה בשנת 1944, מומנו במידה רבה בידי יהודי אמריקה. ואולם יהדות אמריקה לא הצליחה להתגבר על המחלוקות והסכסוכים הפנימיים שבהם הייתה שרויה, הן ברמה האידאולוגית והן ברמה הארגונית. ולפיכך לא הופיעו אלא פעמים ספורות לפני הממשל האמריקני בתור חזית מאוחדת בעלת אותן דרישות, ואילו הממשל האמריקני מצדו לא גילה נחישות של ממש בכל הנוגע להצלת יהודי אירופה.
לפני המלחמה, שררו יחסים מתוחים בין יהודי הארץ ובין שלטון המנדט הבריטי עקב הגבלת העלייה. אף- על- פי- כן ראו יהודי ארץ- ישראל את עצמם בעלי ברית של המדינות שלחמו בנאצים ו- 30,000 ישראלים התגייסו לצבא הבריטי.
זמן קצר לאחר שהחלו הנאצים ברצח השיטתי של יהודי אירופה החל המידע על מצוקתם הנוראה של היהודים לזרום לארץ. יהודים שחזרו מאירופה לארץ- ישראל בסתיו 1942 הביאו עמם את הידיעות על הזוועות. החדשות היכו בהלם את היישוב והשרו עליו אבל כבד ואחריו החלו לפעול. בינואר 1943 הוקם ועד ההצלה של הסוכנות היהודית ומאז ואילך יזם היישוב תכניות רבות להצלת יהודי אירופה, אבל נחל הצלחות ספורות בלבד.
לאחר כישלון ועידת ברמודה באפריל 1943 הבינה ההנהגה בארץ שהסיכויים למבצע הצלה רחב היקף קטנים מאוד. במקום זאת כיוונו את מאמציהם לפעולות בקנה מידה קטן: הברחת יהודים מעבר לגבולות; החלפת קבוצות קטנות של יהודים תמורת גרמנים; משלוח חבילות מזון, תרופות, כסף ומסמכים ליהודים במדינות הכבושות; ושמירה על קשר מכתבים כדי לעודד את רוחם של יהודי אירופה. הפעולות הללו עזרו לאלפי יהודים.
הסוכנות היהודית אף הצליחה להשיג את הסכמתו של הצבא הבריטי להצניח 37 ישראלים צעירים מעבר לקווי האויב. משימתם הייתה לעודד את רוחם של היהודים בשטחי הכיבוש הנאצי ולשכנע אותם להשתתף במאבק מזוין. ועל- אף שלא נחלו הצלחה מרובה נודעה למשימתם כעבור זמן חשיבות גדולה בתודעה הציבורית של מדינת ישראל הצעירה.
באביב 1944, זמן לא רב לאחר שהחלו הנאצים לגרש את יהודי הונגריה, הציע אדולף אייכמן לעצור את המשלוחים. מנהיגי היישוב בארץ לא האמינו שהגרמנים אכן מבקשים לחוס על יהדות הונגריה, אבל קיוו שהמשא- ומתן יפריע לשטף מהלכו של המסע הרצחני. ואמנם במידת מה כך היה.בקיץ ההוא התחננה הסוכנות היהודית לפני בעלות הברית להפציץ את מסילות הברזל המוליכות לאושוויץ ואת אזור ההשמדה במחנה.
הפרטים הראשונים על הנעשה באושוויץ הגיעו אל בעלות הברית ביוני 1944, כשדוח של שני אסירים שנמלטו ונמסר למערב בידי פעילי מחתרת יהודים בסלובקיה. בדוח נכללה בקשה להפציץ את מחנה אושוויץ ואת מסילות הברזל שמובילות אליו מהונגריה, מאחר שהמוני יהודים הונגרים נשלחו באותה העת אל המחנה. באותם ימים שלטו בעלות הברית במרחב האווירי, ובזכות בסיסי חיל האוויר באיטליה היו כוחותיהן בטווח פגיעה מאזורים מסוימים בפולין. מאביב 1944 ועד הסתיו של אותה שנה חגו מטוסים של בעלות הברית מעל אושוויץ כמה פעמים כדי לצלם מן האוויר מפעלי תעשייה גרמניים, כמה קילומטרים מן המחנה. בסוף הקיץ הופצצו המפעלים הללו, אבל מחנה ההשמדה אושוויץ-בירקנאו לא הופצץ מעולם.
בעלות הברית נתנו כמה הסברים להחלטתן להימנע מהפצצת המחנה. הן טענו שמן הבחינה הטכנית לא הייתה להן אפשרות להגיע אליו. העובדה שכוחות בעלות הברית הפציצו יעדים אחרים בקרבת מקום מלמדת שלא כך היה. עוד טענו שהפצצה כזאת לא הייתה מעכבת את פעולות הרצח והייתה מסיטה כוחות מקרבות מכריעים ומסכנת את צוותי האוויר. הדרך היחידה להציל יהודים, כך אמרו, הייתה לנצח במלחמה. הטיעונים העיקריים היו אפוא "הצלה באמצעות ניצחון", ו"אין להסיט כוחות מן המאמץ המלחמתי". השאלה אם הפצצת מחנה ההשמדה הייתה מצליחה או נכשלת נותרת פתוחה. ואולם ברור שבעלות הברית לא השקיעו את אותה האנרגיה והנחישות בהצלת יהודים כפי שהשקיעו הנאצים ברציחתם.
ההתנגדות היהודית למתקפת הרצח השיטתי של הנאצים כלפי כל היהודים שהיו בשליטתם לבשה צורות רבות. עצם המאמץ להישאר בחיים ולשמור על שרידי כבודם העצמי היווה התנגדות לניסיון הנאצי לשלול את אנושיותם ובסופו של דבר להשמידם. היהודים פעלו בתחום האישי, המשפחתי והקהילתי כדי לשמור על עצמם מבחינה פיזית ורגשית לנוכח מכונת ההשמדה הנאצית.
בגטאות רבים עשו היודנראטים וארגוני מחתרת קהילתיים ככל שיכלו כדי לחלק מזון ותרופות ולספק צרכים חיוניים אחרים להמונים הסובלים. במקומות רבים ארגנו פעילויות תרבות, חינוך ודת, ביטוי לחיוניות הרוח האנושית שעדיין שרתה בלב דיירי הגטו.עניין העבודה היה חשוב מאוד ברוב המקומות, הן בשל ההיבטים הפרקטיים היום-יומיים והן מאחר שבחלק מן הגטאות התפתחה אסטרטגיה של הצלת אנשים רבים ככל האפשר מן הנאצים על- ידי הוכחת חשיבותה הרבה של העבודה היהודית. בכמה מקומות נעשו ניסיונות לתעד את הסבל ההולך וגובר תחת המשטר הנאצי. יהודים השיגו אם במאורגן ואם בתור יחידים, מסמכים מזויפים על שם גויים והשתמשו בהם כדי להסתתר ואפילו לחצות גבולות בין- לאומיים.
כשהבינו היהודים שהנאצים מתכוונים לרצוח אותם, הקימו ארגוני מחתרת מזוינים. בלמעלה מ- 100 גטאות קמו קבוצות שהתכוננו להתקפה מזוינת נגד נאצים, בין אם בגבולות הגטו או על- ידי הצטרפות לפרטיזנים ביערות, בביצות ובהרי הסביבה. לא כל תכניות ההתנגדות החמושה נגד הנאצים יצאו אל הפועל. המרד המזוין הארוך ביותר נמשך שלושה שבועות, באביב 1943, בגטו ורשה. פעולות התנגדות מזוינות היו למשל גם בגטו בביאליסטוק, בצ'סטוכובה ובקרקובואלה רק כמה מן הגטאות הגדולים.
מקצת היהודים ברחו מגטאות שהיו קרובים יחסית ליערות, להרים או לביצות - אלה היו אזורים שהתאימו יותר למחבוא ולפעילות פרטיזנית. כך היה בווילנה, בקובנה ובמינסק, כמו גם בגטאות קטנים רבים. נמלטו לא רק גברים ונשים בגיל לחימה; היו גם מבוגרים וילדים שנסו על נפשם בניסיון נואש להישאר בחיים. לנוכח איתני הטבע, הרעב, המחלות, אוכלוסייה מקומית עוינת לעיתים, הציד שניהלו הנאצים אחר היהודים ופרטיזנים שתיעבו את היהודים לא פחות מאשר את הנאצים - אין זה מפתיע שלפחות באזור אחד, יער פרצ'ב (Parczew), שרדו רק 4% מן היהודים עד השחרור. ואף- על- פי- כן עשו מנהיגי פרטיזנים יהודים כמיטב יכולתם לעזור גם למי שאינם לוחמים והקימו עבורם מחנות משפחתיים.
בכמה מן המחנות הנאציים ארגנו היהודים מרד מזוין למרות התנאים הברוטליים. בשלושה מחנות השמדה, טרבלינקה, סוביבור ואושוויץ-בירקנאו התקוממו האסירים היהודים, לפעמים יחד עם אסירים אחרים, בנשק נגד מדכאיהם. יהודים הרימו את נס המרד גם במחנות אחרים, ובכללם יאנובסקה שליד לבוב, ומינסק מאזובייצקי Masowiecki)) שליד ורשה. יהודים נמלטו ממחנות רבים, ובכלל זה מאושוויץ-בירנקאו. בעקבות שתי בריחות מן המחנה באביב 1944 מסרו הנמלטים לעולם המערבי את הדיווח המפורט הראשון ("הפרוטוקולים של אושוויץ") על מנגנון ההריגה באושוויץ-בירקנאו.
הרב ליאו בק והד"ר אוטו הירש - מנהיגי יהדות גרמניה בשנות המשטר הנאצי. מנהיגותם עזרה לאחד ולקיים את יהדות גרמניה לנוכח גזרות המשטר. בק והירש ויתרו על הזדמנויות להגר מגרמניה וביכרו להישאר במחיצת קהילותיהם. הירש שילם על כך בחייו ב- 1941; בק היה בין הניצולים של מחנה הריכוז טרזיינשטאט.
אדם צ'רניאקוב – יושב- ראש היודנראט של גטו ורשה. מהנדס במקצועו ומנהיג מן השורה השנייה לפני המלחמה, קיבל עליו את תפקיד יושב- ראש היודנראט בגטו ורשה לאחר שרבים מהמנהיגים הבכירים ברחו מפולין בעקבות פלישת גרמניה לפולין. שמו של צ'רניאקוב, שהיה מופקד על ניהול הגטו הגדול ביותר באירופה הכבושה, הלך לפניו בתור מנהיג הוגן ונבון שפעל כראוי בנסיבות קיצוניות. כשביקשו ממנו הנאצים לספק רשימות של יהודים למשלוחים ביולי 1942 העדיף להתאבד ולא למסור אותן.
מרדכי חיים רומקובסקי - ראש היודנראט של גטו לודז' בין השנים 1939-1944. מנהיג סמכותי שקידם את המדיניות של "הצלה באמצעות עבודה", שעל- פיה הועסק מספר גדול ככל האפשר של יהודים בתעשייה הגרמנית כדי להבטיח את הישרדותם. בסוף יולי 1944 נשלחו לאושוויץ 65,000 היהודים שנשארו בגטו מכלל 204,000 יושביו.
מרדכי אנילביץ' - מנהיג תנועת הנוער הציונית השומר הצעיר בוורשה, שהיה למנהיג המחתרת של הגטו. הוא פיקד על מרד גטו ורשה ונפל בקרב ב- 8 במאי 1943.
טוביה ביילסקי - מנהיג פרטיזנים יהודי ביערות ביילורוסיה. ביילסקי הקים "מחנה משפחות" ביער עבור יהודים שנמלטו מן הגרמנים. למרות הקושי להגן על קבוצת אזרחים בני כל הגילים והלחץ של תנועת הפרטיזנים הסובייטים לפרק את המחנה, הוסיף ביילסקי להגן על המחנה. הקבוצה שלו כללה 1,200 אנשים ורובם ניצלו.
עמנואל רינגלבלום - היסטוריון יהודי פולני ופעיל סעד בגטו ורשה, שהקים ארכיון מחתרתי בשם הצופן "עונג שבת" במטרה לתעד את מה שהתרחש בוורשה ובמקומות אחרים. אנשים רבים מיושבי הגטו תרמו לארכיון החשוב. רינגלבלום נרצח בשנת 1944, אבל חלק גדול מן הארכיון שלו שרד והוצא מהריסות הגטו אחרי המלחמה.
רוברט גמזון – מנהיג הצופים היהודים בצרפת שהיה מפקד המחתרת בזמן הכיבוש הגרמני. גמזון ארגן את הקמתם של בתי יתומים רבים והציל ילדים רבים כשדאג לשלוח אותם למדינות ניטרליות או ארגן עבורם מקומות מסתור בבתיהם של איכרים צרפתים. גמזון גם הנהיג פשיטות רבות נגד הגרמנים בשנים 1943-1944.
רז'ה רודולף (ישראל) קסטנר – פעיל ציוני הונגרי שניהל בשנת 1944 משא- ומתן עם אדולף אייכמן ועוזריו בניסיון לעצור את המשלוחים לאושוויץ ולעזור ליהודים להימלט מן השטחים הכבושים בידי הנאצים ואחר כך להניע את הנאצים למסור את המחנות לידי בעלות הברית ללא פגיעה נוספת באסירים. במסגרת המשא- ומתן הזה שוחררה אחת הרכבות שנשאה 1,684 יהודים ונוסעיה הגיעו לשווייץ. כעבור זמן הואשם קסטנר בשיתוף פעולה עם הנאצים. הוא נרצח בתל אביב בשנת 1957ואישיותו ודמותו מעוררת מחלוקת עד היום.
"חסידי אומות העולם" הוא התואר הרשמי שניתן ללא-יהודי שסיכן את חייו בשואה כדי להציל יהודים. ועדה מיוחדת ביד ושם מחליטה על הענקת האות המיוחד לאחר סקירת פעולות ההצלה של כל אחד מן המועמדים.
רבים מן המצילים היו אנשים רגילים, שבחרו להסתיר יהודי אחד או יותר בבתיהם או בחצרות הבתים למרות כל הסיכונים. היו מצילים שבנו בונקרים למען היהודים ואלה שהו שם למשך שבועות, חודשים או שנים ולא ראו כמעט את אור השמש. בתקופת המלחמה היה מחסור חמור במזון ומצילי היהודים חלקו את מעט הלחם שהיה להם עם היהודים שהסתירו מפני הנאצים.
יש שקבוצות של אנשים הצילו יהודים. בהולנד, בנורווגיה, בבלגיה ובצרפת עזרו קבוצות המחתרת ליהודים, בעיקר במציאת מקומות מסתור. בדנמרק דאגו אזרחים טובים להעברתם של 7,000 מתוך 8,000 יהודי דנמרק אל שוודיה השכנה במבצע סירות דיג.
גרמנים אחדים בעלי מעמד בכיר ניצלו את מעמדם כדי לעזור ליהודים. המפורסם שבהם הוא אוסקר שינדלר, איש העסקים הגרמני שהציל אלפי יהודים ממחנה פלשוב כשהעסיק אותם במפעלו.
היו גם דיפלומטים ואנשי השירות הציבורי שהוכרו בתור חסידי אומות העולם. כמה מן הידועים יותר הם אריסטיד סוסה מנדז (פורטוגל), סמפו סוגיהרה (יפן) ופול גרונינגר (שווייץ) - כולם סיכנו את הקריירות שלהם כדי לעזור ליהודים. אבל נראה שהידוע ביותר מבין הדיפלומטים שהצילו יהודים הוא ראול ולנברג משוודיה, שהציל עשרות אלפי יהודים הונגרים. למרות חסינותו הדיפלומטית נעצר בידי הסובייטים לאחר כיבוש בודפשט ומת כנראה באחד מבתי הכלא הסובייטיים.
עד שנת 2000 זכו 17,000 גברים ונשים לתואר המכובד של "חסיד אומות עולם". מקרי ההצלה הרבים המונצחים במתן האות של חסידי אומות העולם מוכיחים שההצלה הייתה אמנם אפשרית, על אף- הסכנות. מקבלי האות לא רק זו בלבד שהצילו חיי יהודים,אלא גם עזרו לאנושות כולה להשיב את אמונתה באדם.
גרמניה – מיד לאחר השחרור היו בין 50,000 ל- 75,000 יהודים בחלק המערבי של גרמניה הכבושה. בשבועות הראשונים שלאחר המלחמה הוקמו באזור הזה מאות מחנות זמניים לפליטים העקורים שלא רצו לחזור למדינותיהם, ובכללם יהודים רבים.
באוגוסט 1945 דיווחה ועדת הריסון (שמונתה בידי נשיא ארצות- הברית, הרי טרומן, לחקור את מצוקתם של העקורים) לצבא האמריקני על מצבם הנואש של היהודים במחנות הפליטים. בעקבות הדוח הוקמו מחנות מיוחדים בעלי תנאים משופרים עבור היהודים באזור הכיבוש האמריקני, וזמן מה לאחר מכן גם באזור שהיה נתון בשליטה בריטית. הסובייטים, לעומת זאת, סירבו בעקשנות להכיר ביהודים בתור קבוצה נפרדת ולא הקימו בעבורם מחנות מיוחדים.
האוכלוסייה של מחנות העקורים בגרמניה, באוסטריה וגם באיטליה הוסיפה לגדול, בעיקר מפני שפליטים יהודים ממזרח אירופה הוסיפו להגיע למערב. בסוף 1946, כתוצאה מיציאת המוני יהודים מפולין בעקבות פוגרום קייֶלצֶה, שהו באזור הכיבוש הבריטי כ- 15,000 יהודים, באזור האמריקני (בעיקר בבוואריה) כ- 140,000 ובאזור הצרפתי כ- 1,500 יהודים.כ- 700 מחנות בסך הכל פעלו בימים ההם, הידועים שבהם היו לאנדסברג, פוקינג, פלדאפינג וברגן-בלזן. ועל- אף שורה ארוכה של בעיות ניהלו היהודים במחנות הללו חיים אינטנסיביים ותוססים מאוד- הקימו מערכות חינוך והכשרה מקצועית ויצרו ויפעלו בתחומי התרבות, העיתונות והפוליטיקה.
רוב היהודים במחנות העקורים במרכז אירופה עזבו את המחנות עד 1950. רובם עלו לארץ; אחרים היגרו לארצות- הברית, לקנדה, לאוסטרליה ולמדינות אחרות. מקצתם נשארו בגרמניה.
פולין – כ- 300,000 יהודים פולנים ניצלו בשואה: כ- 25,000 שרדו ברחבי פולין, כ- 30,000 חזרו ממחנות העבודה, והיתר הוחזרו מברית- המועצות. בעקבות הרס החיים היהודיים, המצב הכלכלי הקשה וההתפרצויות האנטישמיות – שהגיעו לשיאן בפוגרום קיילצה ביולי 1946 – נדחפו רוב יהודי פולין לעזוב את פולין בעיקר בחשאי, בדרך כלל לכיוון מרכז אירופה. רק 50,000 יהודים בחרו להישאר בפולין אחרי 1946.
בסיוע הוועד המרכזי של יהודי פולין נעשה ניסיון להחיות היבטים שונים בחיי היהדות בפולין. רוב הניסיונות ליישב מחדש את היהודים התמקדו באזורים הגרמניים לשעבר שסופחו לפולין במערב.
הנאצים לא ראו ביהדות דת, אלא אנטי-גזע הנתון במאבק לחיים ולמוות עם הגזע הארי. יהדותו של אדם נקבעה על פי מוצאו הביולוגי, שלא ניתן לשינוי על ידי המרת דת על כן כוונה התחיקה הנאצית כלפי כל אדם שמוצאו יהודי ובכללם גם אנשים שלא היו יהודים בדתם (כגון צאצאיהם של הנשואים נישואי תערובת).
עם זאת, מאז עלייתם של הנאצים לשלטון בגרמניה (1933) ועם השתלטותם על אוסטריה (1938) ועל צ'כיה (1939) נפגעו גם חייהם הדתיים של יהודים שומרי מצוות. מוסדות דת וסמלים דתיים נחשבו כסמלי היהדות השנואה, והשחיטה הכשרה נאסרה בתואנה של היותה לא הומנית. עיקר מאמציהם של הנאצים התמקדו בשלב זה, דווקא בסקטורים המתבוללים ובשכבות היהודיות המעורבות בסביבתם. כך למשל, בליל שרפת הספרים הועלו באש ספרי קודש יחד עם ספרים אחרים, אשר נכתבו בידי יהודים ולא-יהודים "מיוהדים", כמו גם ספרים שעסקו בנושאים פסולים לדעת הנאצים. באותו אופן, רבנים היו נתונים לפיקוח כפי שהיו מנהיגי ציבור אחרים. הפגיעה הבולטת ביותר בתחומי הדת התרחשה במהלך פרעות ליל הבדולח, כאשר מאות בתי כנסת ברחבי הרייך השלישי הועלו באש.
בארצות מזרח אירופה, לעומת זאת, ובראשן בפולין, נטפלו הגרמנים כבר בימים הראשונים ליהודי המסורתי שתאם את הדימויים האנטישמיים המסורתיים ונתפס על ידם כמעין "אב טיפוס יהודי". יהודים שומרי מצוות, בעלי זקנים ופאות, ניצודו ברחובות וחיילים גרמנים התעללו בהם באופן קשה. היו כאלו שזקניהם נתלשו או הוצתו, אחרים הובלו למספרות ונדרשו לשלם עבור גילוחם. לעתים הכריחו הגרמנים את היהודים להתעטף בטליתות ולבצע מעין תרגילי התעמלות או שדרשו מהיהודים לפגוע במו ידיהם בכתבי קודש ובמבנים דתיים כבתי כנסת ובתי מדרשיות. הרבנים אשר נתפסו בידי הנאצים כמקור להפצת היהדות על כל תחלואיה, היו גם הם למטרה לפגיעות הנאצים. רבים מהם נרצחו או עמדו במוקד מעשי ההתעללות.
באופן מפתיע, למרות שהגרמנים ראו ביהדות - על הרעיונות הגלומים בה - את אחד האויבים העיקריים שיש להשמידם, ולמרות שכחלק ממאבקם ביהדות הם גזלו, שדדו ושרפו את חפצי התרבות והאמנות היהודיים – פעלו הנאצים גם לשימור אוצרות רוח יהודיים בהם ראו את מייצגי התרבות היהודית. באוקטובר 1940 הקימו הגרמנים את "מטה מיוחד רוזנברג", גוף שנועד לשמר את אוצרות הרוח היהודיים ולהעמיד אותם לרשות "מחקר מדעי ותרבותי". במסגרתו נאספו אוצרות אמנות ובהם כתבים יהודים עתיקים וכלי קודש.
עם המשך הכיבוש הנאצי התרחבה הפגיעה בקודשי ישראל: בתי כנסת הועלו באש, ספרי תורה חוללו ותשמישי קדושה נבזזו. למרות שלרוב קיום המצוות בתור שכאלה לא נאסר באופן מפורש, חלק ניכר מהתחיקה הנאצית פגם ביכולתם של יהודים לשמור על אורח חייהם הדתי. כך למשל איסור על התכנסות של עשרה יהודים – מנע קיום תפילות במניין, המחסור במזון – הקשה על היכולת לשמור על הכשרות, וחובת עבודת הכפייה ביטלה בפועל את האפשרות לשמור שבת. ועוד: תנאי המשטר הנאצי אפשרו את לרבים להביא לידי ביטוי מסורות אנטישמיות עממיות שהיו נפוצות ברחבי אירופה. הדת היהודית עצמה לא נרדפה באופן שיטתי, אך החיים הדתיים תחת הכיבוש הנאצי הפכו לקשים מנשוא, ולא פעם עמדו יהודים דתיים או היהדות במוקד הפגיעה הנאצית.
שאלה זו היא תוצר של פולמוסים אידאולוגים שהתעוררו בעקבות השואה. מבחינה היסטורית, התנהגות הרבנים בתקופת השואה לא הייתה אחידה, ובדומה לתחומים אחרים יש לבחון כל מקרה לגופו ולנתח את מעשי הרבנים כחלק מהמציאות בה פעלו. הרבנים ואנשי הדת היו חלק משכבת ההנהגה של קהילות ישראל באירופה טרם המלחמה ואת פעילותם יש לבחון במסגרת פעילות שאר מנהיגי הציבור היהודי במהלך שנות השואה. התנהגותם וקביעת קווי המדיניות בהם נקטו הושפעו הן ממרכיבים אידיאולוגיים והן מהאופן שבו הבינו את המשטר הנאצי. חשוב להדגיש, כי איש לא צפה את ההשמדה ההמונית שהתרחשה בסופו של דבר.
מן הראוי לציין, שרבני קהילות ישראל נתפסו לא רק כמנהיגות פוליטית אלא בעיקר כמנהיגים רוחניים, ומעשיהם, כמו גם דרשותיהם, כללו רבדים סמויים וגלויים שהופנו לקהילותיהם ולציבור הרחב. היו רבנים אשר שאבו את סמכותם על הציבור היהודי ממינוים כרבנים, בעוד אחרים זכו לכך מתוקף אישיותם, מלמדנותם או מתכונותיהם הרוחניות. התנהגותם של הרבנים, בתקופת השואה כמו גם הציפיות שתלה בהם הציבור היהודי, היו קשורות באופן ישיר לאופיים ולדרכי מנהיגותם הדתית והחברתית.
עם עליית הנאצים לשלטון בגרמניה, ועם השתלטותם על ארצות נוספות באירופה בשנים שבאו לאחר מכן, חשו ראשי הציבור היהודי שסכנה גדלה והולכת מרחפת מעל ראשם. רבים מקרב ההנהגה הרוחנית, האידאולוגית והקהילתית של יהדות אירופה – רבנים, מנהיגי מפלגות פוליטיות וראשי תנועות נוער – חששו שפעילותם הציבורית בעבר תסכן אותם, מכיוון שהניחו כי השלטון הנאצי עתיד לפגוע קודם כל באנשי ציבור, שנתנו בשנים שקדמו למלחמה ביטוי לדעותיהם האנטי-נאציות. היו גם שחשבו שהפרעות לא יאריכו ימים ושפעילותם למען הציבור תהיה יעילה יותר דווקא מחוץ לשטחי הכיבוש הנאצי. כתוצאה מכך מנהיגי ציבור רבים, ובהם גם אנשי דת, ניצלו את הימים הראשונים שבהם היה ניתן לצאת משטחי הכיבוש הנאציים – במיוחד בפולין בחודשים הראשונים לכיבושה – והותירו את קהילותיהם מאחור. כך למשל בחודשים הראשונים לכיבוש פולין עזבו את שטחה הרבי מגור, שמואל זיגלבוים ממנהיגיה הבולטים של מפלגת ה"בונד" הסוציאליסטית ומנחם בגין מהאקטיביסטים הבולטים בנוער הציוני-רביזיוניסטי.
מנהיגי ציבור ובהם רבנים רבים אשר בחרו להישאר בקהילותיהם הוצאו להורג כבר בימים הראשונים לכיבוש. אחרים נטלו על עצמם, בשלבים המאוחרים יותר של המלחמה, תפקידי הנהגה רשמיים ביודנרט ובמחלקותיו, או הצטרפו לפעילותם של ארגונים יהודים לא-רשמיים. רבנים רבים ראו בסיוע סוציאלי תפקיד חשוב והשתתפו בהקמת מטבחים ציבוריים כשרים כמו גם בטיפול בפליטים, בחולים ובילדים.
בין הרבנים שבחרו להישאר עם קהילותיהם היה הרב יוסף צבי קרליבך מגרמניה. למרות היותו נתון לפיקוח הדוק של הגסטפו ולמרות שהוכה על ידי פורעים בפרעות ליל הבדולח החליט הרב לא לנצל את אפשרויות ההגירה שעמדו בפניו, ובפעילותו כמו גם באישיותו הייחודית, שימש לרבים סעד רוחני. הרב קרליבך המשיך בפעילותו הדתית והציבורית גם לאחר שגורש למזרח. הוא נרצח בידי הנאצים במרס 1942; הרב הד"ר ליאו בק, ממנהיגי היהדות הליברלית בגרמניה, נותר אף הוא בגרמניה. הוא נבחר לנשיאה של 'הנציגות הארצית של יהודי גרמניה' עם היווסדותה (1933), ובתפקיד זה שימש עד לחיסולה (1943). את עיקר תפקידו ראה בשמירה על אחדות יהדות גרמניה מבית וייצוגה האחיד מחוץ. גם לאחר שנשלח לטרזיינשטאט, המשיך בפעילותו הציבורית. כאשר נודע לו אודות גורל המגורשים לטרזיינשטאט לאושוויץ שמר את המידע בסוד ובסוף המלחמה היו שביקרוהו קשות על כך; הרבי מפיאסצ'נה, מהמנהיגים החסידיים הצעירים והבולטים בפולין בין שתי מלחמות העולם, נותר גם הוא בקרב חסידיו. בתקופת המלחמה שהה הרבי בגטו ורשה, שם המשיך לנהל טיש [שולחן חסידי] ולשאת דרשות בהם עודד את חסידיו. הרבי מפיאסצ'נה נרצח כנראה בסוף שנת 1943. מטבע הדברים, היו רבנים אשר בחרו לפעול אחרת וחלקם זכו בשל כך לביקורת קשה. כך למשל, כבר בתקופת המלחמה כמו גם לאחריה, הוטחו טענות קשות כנגד הרבי מבלז, שברח מפולין להונגריה בשנת 1943. הרבי נשא מספר דרשות בהם עודד והרגיע את יהודי הונגריה, אך עם כיבושה במרס 1944 נמלט ממנה וניצל, בזמן שחלק ניכר משומעי דרשותיו נספו; פרשה מיוחדת במינה היא יציאתם והצלתם של ישיבות ליטאיות על רבניהם ותלמידיהם. ישיבת מיר כמו גם מספר ישיבות נוספות הצליחו לברוח באופן מאורגן דרך ליטא העצמאית, רוסיה, יפן וסין לשנחאי – ועל ידי כך ניצלו מאימת הכיבוש הנאצי.
ככלל, למרות שמעמדם הרשמי של הרבנים התערער במהלך המלחמה, רבים מקרב הציבור היהודי בגטו – כולל אלו שעמדו בראשו – המשיכו לראות בהם סמכות הלכתית ומוסרית. יהודים רבים פנו אל מקום משכנם לא רק לשם השתתפות בתפילות אלא גם לשמיעת שיחות ודרשות, והיו רבנים שאף יהודים מרוחקים מהדת, פנו אליהם כדי לשמוע דברי עידוד ונחמה. גם ראשי יודנראטים ביקשו את עצתם, ולעתים אף שיתפו אותם בישיבותיהם ובהחלטות גורליות. בסופו של דבר, בדומה לפעילותם של מנהיגי ציבור אחרים, התנהגותם של רבנים או יהודים שומרי מצוות הייתה בעיקר תוצאה של הכרעה אישית ומרביתם פעלו מכורח המציאות ומתוך תחושה של שליחות ציבורית.
מאז ראשית העת החדשה עבר העם היהודי תמורות רבות ותהליכי ההשכלה והחילון נתנו בו את סימניו. בקרב יהדות אירופה צמחו זרמים דתיים חדשים, שהתייחסו לחובת קיום המצוות באופן שונה והיו בהם גם כאלו אשר ביטלו חלק ניכר מהמצוות המעשיות. כתוצאה מכך, עוד טרם המלחמה, לא כל יהודי אירופה היו שומרי מצוות במובן המסורתי. בימי השלטון הנאצי השתדלו היהודים הדתיים להמשיך בקיום המצוות, אך עם התדרדרות המצב, שמירה על אורח חיים דתי הייתה להתמודדות יום יומית קשה ביותר.
בשנים הראשונות לעלייתו של היטלר לשלטון ניתן היה לקיים אורח חיים דתי בגרמניה הנאצית הן ברמה הציבורית של חיי קהילה והן ברמה הפרטית של כל אדם בביתו. עם זאת, התעוררו בעיות רבות של כשרות, מניין וכדומה. עם התגברות התחיקה והפיקוח על היהודים בסוף שנות השלושים ובשנות הארבעים, הפכו החיים הציבוריים היהודים למסוכנים ביותר. באופן דומה, כאשר כבשו הנאצים ארצות נוספות, היכולת להמשיך בחיים קהילתיים כמו גם האפשרות לשמור על מצוות בפרהסיה נעשתה קשה יותר, ובמקומות מסוימים כמעט ונתבטלה.
את החיים הדתיים בתקופת השואה יש לבחון על רקע מציאות זו.
לנוכח התמוטטות הקהילה ולמול ערעור המסגרת המשפחתית, השתנה אורח החיים הדתי. שומרי מצוות רבים ניסו להמשיך ולקיים את אותן פיסות מועטות שנותרו מעולמם הדתי שנהרס: שחיטה כשרה, טהרת המשפחה, ברית מילה, שמירת שבת, לימוד תורה, קיום חגים ומועדים וכדומה תבעו מסירות ותושייה.
כך למשל, בגטאות מסוימים בפולין נאסרה זמן מה התפילה בציבור, אך גם אז היו יהודים שהמשיכו לקיים מניינים בבתים פרטיים. בימי חג ומועד התפלל לא פעם ציבור גדול למרות שעצם ההתכנסות ללא רשות נחשבה לעבירה והייתה אסורה לחלוטין. מגבלות קשות הוטלו גם על תחומים אחרים של חיי הדת. בגטו ורשה לדוגמה, נאסרה השחיטה הכשרה, אך יהודים שומרי מצוות מצאו דרך להבריח בשר כשר לתוך הגטו. עם זאת, לאור הרעב הכבד, יהודים רבים, ובתוכם גם שומרי מצוות, שמחו על כל מזון שהגיע לפיהם ולא ניסו לברר מה מקורו. במקומות שונים ניסו היודנרטים למצוא דרך לקיים פעילות דתית בהסכמת הרבנים.
פוסקי ההלכה ניסו להתמודד עם המצב המיוחד של האדם הדתי בתקופת המלחמה. רבנים הגדירו את המציאות כמצב של פיקוח נפש והיתירו במגוון נושאים. כך למשל, היו גדולי תורה שפרסמו היתרים לאכול מזון לא כשר, או שחייבו את הציבור לצאת לעבודה בחגי ישראל כדי למנוע סכנת חיים על פי הציווי "וחי בהם" – ולא שימות בהם. גם אז היו יחידי סגולה שפעלו בניגוד לפסקים המקלים ובחרו להקריב את חייהם על שמירת מצווה קלה כחמורה. מרבית היהודים הדתיים ניסו לשמור על אותן המצוות שקיומן לא העמיד את חייהם בסכנה (בבחינת "ונשמרתם לנפשותיכם" ו"וחי בהם"). מבחינת האמונה הדתית, היו כאלו שבשל התנאים הקשים הפסיקו לקיים מצוות אך נותרו נאמנים לאמונתם. בו בזמן נתגלו תופעות רבות של היחלשות האמונה, של התרסה מכוונת נגד מוסדות דת ואישים דתיים, והיו אפילו מקרים של חירוף שם שמים על ידי אנשים שהיו בעבר שומרי מצוות. לעתים רחוקות, יהודים שהיו חילונים בהשקפת עולמם התקרבו בעקבות מצוקות המלחמה לדת היהודית.
כמו כל פעילות רוחנית אחרת, דרשה השמירה על קיום אורח חיים דתי בתקופת המלחמה תעצומות נפש גדולות וכמעט בכל מקום היו יהודים שהתעקשו, הסתכנו והמשיכו לקיים מצוות. למרות שברמה הציבורית חלקים מהותיים ביותר של אורחות החיים הדתיים נפגעו קשות, המשיכו יהודים דתיים רבים בקיום מצוות ככל שהתירו להם התנאים.
תהיות בדבר מקומו של אלוהים בהיסטוריה, השגחה פרטית וכללית ו"צדיק ורע לו" ליוו את המאמין עוד מימי המקרא, אך הרצח השיטתי של יהודי אירופה בתקופת השואה העלה אותן בחריפות יתרה. עם זאת, יש להפריד בין התמודדותם של יהודים עם שאלת האמונה בתקופת השואה ובין השאלות התיאולוגיות שעוררה השואה בקרב הציבור היהודי בשנים שלאחר תום המלחמה. חלק ניכר מהדיונים הנערכים כיום בדבר "אמונה לנוכח השואה" משקפים את תפיסת עולמם ואת אורח חייהם של הדוברים – כאשר השואה עצמה היא כבר אירוע מן העבר שיש לגביו פרספקטיבה – ולא את המציאות של תקופת המלחמה.
רבים מהיהודים שחיו באירופה תחת הכיבוש הנאצי ניסו להבין את הסיבה לאירועים הנוראים אותם חוו, ושומרי המצוות שבהם תהו מהם טעמי הייסורים. עצם החקירה והדרישה בטעמי הרדיפות מציגה את המבוכה והתהייה, שבהם היה שרוי הציבור היהודי כולו בתקופה זו.
בין הרבנים היחידים שהותירו אחריהם הגות כתובה ומסודרת אשר ניסתה להתמודד עם שאלות של אמונה והשגחה היה הרב קלונימוס קלמיש שפירא, האדמו"ר מפיאסצ'נה. בכתביו הכוללים אוסף דרשות אותן נשא בגטו ורשה בשבתות ובחגים בשנים ת"ש-תש"ג (1940 – סוף 1942), בולטים חיפושיו הכנים אחר משמעות הגזירות. בהגותו פיתח הרבי מפיאסצ'נה את הרעיון, שהאלוהות מתגלה בסבל, בייסורים שבגטו וכן בקרב היהודים עצמם. לשיטתו, אפשר היה להידבק ב"ניצוצות" של הקב"ה דרך התייחסות מיוחדת לסבל או לכלל ישראל. הוא גרס, כי הדרך להתקרב לאלוהים מחייבת לצאת מייסורי הפרט אל ייסורי הכלל, להתחבר לציבור הסובל ולא להישאר אדיש. הוא אף תיאר את הקב"ה כסובל יחד עם עמו, כאשר "בכל צרתם – לו צר". האדמו"ר מפיאסצ'נה נרצח בידי הנאצים כנראה בסוף שנת 1943 ודרשותיו נמצאו לאחר המלחמה בארכיון "עונג שבת".
דוגמה נוספת להתייחסות לשאלות אמונה כבר בתקופת השואה יכולים לשמש כתביו של הרב שמעון הוברבאנד. עם פרוץ המלחמה איבד הרב הוברבאנד את אשתו ואת בנו היחיד ולאחר תלאות רבות הגיע לוורשה. בוורשה חבר לד"ר עמנואל רינגלבלום, נטל חלק פעיל בארגוני העזרה העצמית והיה לאחד מעמודי התווך של מפעל התיעוד המחתרתי "עונג שבת". חיבוריו המאופיינים בראייה נוקבת ובלתי מתפשרת, רוכזו בספר "קידוש השם" וכוללים התייחסויות רבות לאמונת היהודים בתקופת המלחמה. הרב שמעון הוברבנד נשלח לטרבלינקה באחת האקציות שהתרחשו במהלך הגירוש הגדול בגטו ורשה בקיץ 1942, ושם נרצח.
שאלות ותהיות בדבר מקומו של האל ניתן גם למצוא ביומנים רבים ובהם ביומני נוער. כך למשל בכתביו של משה פלינקר, אשר פורסמו בספר "הנער משה", ניתן למצוא ביטויים רבים להתחבטויות הנפש של נער מאמין. הדים נוספים לשאלות בדבר אמונה והשגחה, פשר הסבל, טיבו של האדם ומשמעות הקיום קיימים בכתבים ובעדויות מתקופת השואה כמו גם בשו"תים [שאלות ותשובות] שהופנו לרבנים.
לנוכח המציאות הנוראה, היו שקראו להצדיק את הדין ולא להעלות ספקות בדבר דרכי ההשגחה. אחרים ראו במתרחש עונש על חטאים שחטאו או על תהליכי החילון שעברו על העם היהודי בעת החדשה. חלק מהיהודים הדתיים הסבירו את המציאות כ"הסתר פנים" או קבעו שמדובר בניסיון נורא שהוטל על העם היהודי. והיו שניסו להבין את משמעות הפרעות אך קבעו שאין ביכולתם להבינם או להסבירם; חלק מהציבור היהודי כפר בעיקר לנוכח האכזריות והאלימות הנוראה, והיו שחרפו את שם שמיים בפרהסיה. למרבה הפליאה היו גם דוגמאות אחדות של לא-יהודים שדווקא התגיירו בתקופה זו.
בסיכומו של דבר, השואה העלתה בקרב היהודים שחיו תחת הכיבוש הנאצי שאלות אמונתיות רבות אשר להן ניתנו מגוון תשובות. השואה הביאה חלק מהציבור היהודי לנטוש את אמונתו, בעוד שאצל אחרים חיזקו הרדיפות הקשות את הקשר לאלוהים.
