במאי 1940 פלשה גרמניה לצרפת ובתוך כחודש כבשה את חלקה הצפוני והמערבי. צרפת עברה לשליטתה של ממשלת בובות לאומנית ואנטישמית ששיתפה פעולה עם הגרמנים – "ממשלת וישי". משטר וישי שלט בחסות גרמנית על כל שטחי צרפת גם לאחר שהגרמנים כבשו את כל צרפת בנובמבר 1942. המשטר הגביל את חופש התנועה של היהודים, בודד אותם מהחברה הצרפתית, ביצע רישום מדוקדק שלהם, שלל את פרנסותיהם, החרים את רכושם, כלא רבים מהם ולבסוף אף גירש אותם להשמדה, בשיתוף פעולה עם השלטונות הגרמניים.
ביולי 1940 חוקק משטר וישי חוק לבדיקת התאזרחותם של מהגרים – חוק שהיהודים היו קרבנותיו העיקריים. באוגוסט נערך מפקד של הזרים באזור פריס ובספטמבר פורסמה הוראה על מפקד נוסף שכלל גם יהודים צרפתים. בתי כנסת נדרשו למסור לשלטונות הצרפתיים את רשימת המתפללים. נערך מפקד של סוחרים יהודים וחנויות של יהודים סומנו בשלטים בגרמנית ובצרפתית, שלטים המעידים על בעלות יהודית. רבים מבעלי החנויות תלו ליד השלטים את אותות הכבוד והפציעה שקיבלו לאחר שירותם בצבא צרפת במלחמת העולם הראשונה, וזאת כדי להדגיש את נאמנותם לצרפת.
באוקטובר 1940 פרסם משטר וישי "תקנון יהודים" ששלל את זכויותיהם האזרחיות של היהודים. יהודים נושלו מרכושם, פוטרו מהשירות הציבורי וסולקו מעסקיהם. עשרות אלפי בתי עסק ואלפי דירות הוחרמו מיהודים. בוטל "צו כרמיה" מ-1870 שהעניק אזרחות צרפתית ל-118 אלף יהודי אלג'יריה. תאריהם של הרופאים היהודיים נשללו. תקנון היהודים היה נוקשה יותר מהתקנון הגרמני שפורסם באזור הכבוש שבוע קודם לכן, כיוון שהיהודים הוגדרו בו במונחי גזע ולא דת.
בחורף 1940-1941 שלחו הגרמנים והצרפתים עשרות אלפי יהודים למחנות מעצר בדרום צרפת. רובם היו פליטים ומהגרים. במחנות אלה נספו ברבות הזמן כ-3,000 יהודים - קרבנות השואה הראשונים בצרפת. גלי מעצר של יהודים נמשכו לאורך שנת 1941.
במרס 1942 נדרשו כל היהודים – גם הנתינים הצרפתיים - לרשום במשטרה את ילדיהם. ביוני נדרשו יהודי צרפת הכבושה לענוד את הטלאי הצהוב. ביולי נאסר על יהודים לפקוד בתי עסק ומוסדות ציבוריים. ב-16 ביולי 1942 החלה משטרת צרפת במעצרים המוניים של יהודי פריס ובשילוחם למחנות השמדה. המעצרים התפשטו לכל רחבי צרפת, גם לאזור "משטר וישי" החופשי לכאורה. בנובמבר 1942 כבשו הגרמנים גם את אזור משטר וישי והמשיכו לעצור יהודים ולשלחם להשמדה.
ביוני 1944 פלשו צבאות בעלות הברית לחוף נורמנדי שבצפון צרפת. באוגוסט 1944 שוחררה פריס ועד סוף השנה שוחררה כמעט כל צרפת. עד אז הספיקו הגרמנים לשלוח למחנות ההשמדה כ-78,000 יהודים, שהיוו כרבע מיהדות צרפת.