ב-24 ביוני 1941, כשכבשו הגרמנים את קובנה, חיו בה כ-25,000 יהודים. למחרת הכיבוש התנפלו לאומנים ליטאים על סלובודקה (ויליאמפולה), פרוור של קובנה, ורצחו כ-800 יהודים, בהם תינוקות. באותה עת רצחו ליטאים עוד עשרות יהודים במוסך ליֶיטוּקיס במרכז קובנה, סמוך למפקדת הוורמכט. אנשי הוורמכט צפו בנעשה בלי להתערב.
לאחר זמן קצר החלו לאומנים ליטאים שהתקוממו נגד השלטון הסובייטי עם הפלישה הגרמנית, לחטוף יהודים יום-יום ולכלוא אותם בפורט השביעי – אחת מתשע המצודות שנבנו סביב קובנה בתקופת האימפריה הרוסית. בתוך ימים מעטים נכלאו בפורט השביעי כ-10,000 יהודים. הכלואים עברו התעללות והרעבה, ולאחר מכן ירו בהם הליטאים. על פי דיווחו של קרל יגר, מפקד האס-דה ומשטרת הביטחון בליטא והאחראי להשמדת יהודי ליטא, בין 4 ל-6 ביולי נרצחו בפורט השביעי 2,930 גברים ו-47 נשים. בששת השבועות הראשונים של הכיבוש רצחו הליטאים כ-10,000 מיהודי קובנה, רובם בפורט השביעי. כ-1,200 יהודים נחטפו והובאו למחנה פרוונישוק, בו רוכזו שבויים סובייטים ויהודים.
ביולי פרסמו הגרמנים פקודה להקמת גטו בקובנה. הגטו הוקם באוגוסט ובו נכלאו כמעט 30,000 יהודים מקובנה ומהסביבה. במקביל נמשך רצח היהודים. ב-7 באוגוסט 1941 תפסו הליטאים 1,200 גברים יהודים וכלאו אותם בבית הכלא של קובנה. כמעט 900 מהם נרצחו במחנה פרוונישוק.
באוקטובר כתב אחד ממפקדי איינזצגרופה A דו"ח על רצח יהודי קובנה:
במהלך הפוגרום הראשון, בלילה שבין 25 ו-26 ביוני, חוסלו יותר מ-1,500 יהודים על ידי פרטיזנים ליטאים [...] בלילות הבאים חוסלו בדרך זהה 2,300 יהודים. בחלקים אחרים של ליטא נערכו אקציות דומות לפי דוגמת קובנה, אם כי בהיקף קטן יותר.
בדצמבר 1941 כתב יגר:
אני יכול לקבוע היום שהמטרה לפתור את בעיית היהודים בליטא הושגה. אין יהודים יותר בליטא, פרט ליהודי עבודת הכפייה ומשפחותיהם. ביצוע אקציות כאלה הוא בראש ובראשונה שאלה של ארגון. ההחלטה לטהר מיהודים כל נפה באופן שיטתי דרשה הכנה יסודית של כל פעולה בנפרד ולימוד התנאים השוררים בנפה המסוימת. את היהודים חייבים היו לרכז במקום אחד או במקומות אחדים. לפי מספרם היה צריך למצוא את המקום בשביל הבורות הדרושים ולחפור אותם. מרחק ההליכה ממקום האיסוף הכללי עד הבורות היה בממוצע 5-4 קילומטר. היהודים הובלו בקבוצות של 500 איש, ובמרחקים של לפחות 2 קילומטר, אל מקום ההוצאה להורג. כל אנשי היחידה שלי ומפקדיה נטלו חלק פעיל באקציות גדולות בקובנה. רק פקיד אחר של שירות המודיעין שוחרר מן ההשתתפות בהן בשל מחלה.
עוד כתב יגר בדוח שבליטא נשארו יהודים רק בגטאות שאוולי, קובנה וּוילנה. כעבור שלושה חודשים כתב יגר בדוח נוסף שיחידתו רצחה 136,421 יהודים, בהם 55,556 נשים, ו-34,464 ילדים.
ארכיון התצלומים של יד ושם 76BO2
