ערב השואה ישבו ביוון כ-77,000 יהודים. כ-56,000 מהם התגוררו בסלוניקי. יהודי סלוניקי בלטו במקצועות התעשייה, הבנקאות והתיירות. רבים מהם היו פועלים ובעלי מלאכה, ועבדו במקצועות הנמל בסלוניקי: סוורות, סבלות, תובלה ומסחר.
ב-6 באפריל 1941 פלשו הגרמנים ליוון וב-9 באפריל כבשו את סלוניקי. חברי מועצת הקהילה היהודית נעצרו, דירות של יהודים הופקעו, ובית החולים היהודי הוחרם לשימוש הצבא הגרמני. עיתונים יהודיים בצרפתית ובלדינו נסגרו, והחלו להופיע עיתונים של אנטישמים ומשתפי פעולה. מטה "מבצע רוזנברג" לשוד רכוש יהודי ויצירות אמנות בבעלות יהודים בזז בשיטתיות אוצרות ספרות ותרבות בני מאות שנים מעשרות ספריות פרטיות וציבוריות ומבתי הכנסת בסלוניקי, בסיוע יחידות ורמכט. בחורף 1942-1941 מתו כ-600 יהודים בסלוניקי בקור ובמחלות.
ב-11 ביולי 1942 נצטוו 9,000 גברים יהודים בני 18 עד 45 להתכנס ב"כיכר החירות" (Πλατεία Ελευθερίας, פלאטיאה אלפטריאס) בסלוניקי, שם הושפלו כל היום בשמש היוקדת. הארוע נודע בתור "השבת השחורה". במשא ומתן עם המינהל הצבאי הגרמני במקדוניה פדתה הקהילה את הגברים הצעירים. חלק מהכסף לפדיון העצירים נאסף בסלוניקי ובאתונה, והשאר בא ממכירת בית העלמין בן 500 השנים לעירייה. זו הרסה את בית העלמין, השתמשה באבני המצבות העתיקות בתור חומרי בנייה והקימה אוניברסיטה על שטח בית העלמין, בין החורבות. כ-2,000 מהגברים היהודים שנעצרו ב"שבת השחורה" נשלחו לעבודת פרך עבור הצבא הגרמני, ועד אוקטובר 1942 מתו 250 מהם עקב תנאי העבודה והיחס שקיבלו.
בפברואר 1943 הצטוו יהודי סלוניקי להתרכז בתוך פחות מחודש בגטו שהוקם ברובע הברון הירש, וכמעט כל רכושם הוחרם. במרס החל גירושם ברכבות, ועד אוגוסט גורשו כמעט כולם ונרצחו – רובם באושוויץ, חלקם בטרבלינקה. כ-54,000 מתוך כ-56,000 היהודים שחיו בסלוניקי (כ-96% מהם) נספו בשואה.
מתוך כלל 77,000 יהודי יוון נספו בשואה כ-65,000 – כ-85% מכלל יהודי יוון.
ארכיון התצלומים של יד ושם 3290/16