ב-28 בספטמבר 1939, כחודש לאחר פלישת גרמניה הנאצית לפולין, נכנעה ורשה לאחר קרבות ממושכים. כרבע מהבתים בוורשה נהרסו וכ-50,000 מתושבי העיר נהרגו ונפצעו. בתי כנסת רבים הוסבו למקומות מקלט לתושבי העיר שבתיהם נהרסו ולפליטים שהגיעו לעיר לאחר שבתיהם ביישוביהם המקוריים נהרסו. חלקם ישנו בבתי הכנסת ליד במת החזן ואף ליד ארון הקודש.
בינואר 1940 נסגרו כל בתי הכנסת ובתי המדרש בעיר בנימוק של סכנת מגפה, ונאסרה תפילה בציבור. גם לפני כן היה סיכון בתפילה, שכן התכנסותם של מאות יהודים במקום אחד אפשרה לגרמנים להתנכל להם. ב-5 באוקטובר 1939 כתב חיים אהרן קפלן ביומנו:
בשמיני עצרת, בשעת התפילה בבית הכנסת בחצר מלאווה, הוציאו 150 איש. הושיבו אותם לתוך אוטו והובילו אותם לעבודה אל הגאזיה. [מפעל ליצור גז לצרכי תעשיה ובית] (ישראל גוטמן, יהודי ורשה 1943-1939, ע' 41)
ב-2 באוקטובר 1940, ערב ראש השנה תש"א, כתב המורה חיים אהרן קפלן ביומנו:
אין לנו תפילה בציבור אפילו בימים הנוראים. אף לימים הנוראים לא נתקבל רשיון לתפילה בציבור, אם כי איני יודע אם הקהילה השתדלה בזה. ואם לא השתדלה, אין זה אלא מפני שידעה מראש כי ההשתדלות תושב ריקם. בימי גלותנו היותר חשכים ואפלים לא נוסינו בניסיון זה. ...
מניינים נסתרים למאות בכל מלוא ורשה עורכים תפילה בציבור ואינם דולגים אף על הפיוטים היותר קשים. גם מגידים ונואמים אינם חסרים בהם; הכל כמנהג ישראל מקדמת דנא. במקום שאין מסירה [מלשינים] אין האויב יודע בין ימינו לשמאלו. וחזקה היא על אדם מישראל, אף על ישראל יליד פולניה, שלא ילך להלשין על יהודים העומדים לפני קונם.
בוחרים על יד בית התפילה הראשי באיזה חדר צדדי, שחלונותיו נשקפים כלפי החצר ויוצקים צקון לחש לפני אלהי ישראל. הפעם בלי משוררים ומקהלות. רק תפילה בלחש, אבל לעומת זאת תפילה שבלב. אף לבכות ולשפוך דמעות אפשר בחשאי, ושערי דמעות אינם ננעלים. (השואה בתיעוד, עמ' 163-162)
12 באוקטובר 1940, יום שבת, היה גם יום כיפור. ביום זה הודיעו הגרמנים על הקמת גטו בוורשה וקבעו שעל היהודים לעבור אליו עד סוף אוקטובר. כתב ראובן בן שם (פלדשוה):
הקלויז [חדר התפילה] כמעט מלא. החזן מתפלל בטון ובזמרה, ולא תכיר בו ובמתפללים שהעולם קרוב לרדת תהומה. הם לבושים טלית ותפילין. אם תעצום לרגע עיניך ולא תביט באנשים האלה, בפניהם הצנומים ... ותקשיב רק לזמזום תפילתם, תהיה בטוח שנפלת לבית אלוהים בשעת שקט ושלווה ... גם צעירים [ישנם] במחנה המתפללים, ומספרם אינו מצער [מועט]. גם המה משתתפים ביצירת אטמוספרה של שכחת החומר ומסירת הנשמה לעבודה נעלה, עילאית, שדכדוך הגוף אינו מעניינה וסבל הרגע כאפס נחשב. ...
נכנס בי פתאום חום כזה שלא הרגשתיו כל ימי המלחמה. מי שהוא, מה שהוא, נשאני מפה, טלטלני, והעמידני בתוך קהל יהודים מימי הביניים, הלוחמים ומתים בעד דתם. ... בעולם – רצח, חמס, שוד ומרמה. ברחוב – קר. בלב – צער וכאב. אבל ממעל לכל אלה מרחף כוח אחר, עליון ונצחי, כוח הדורות שהיו ושיבואו. (ארכיון יד ושם, 33O/959)
"היום, 25 באוקטובר, שמחת תורה, חגגו היהודים כדרכם בכל שנה", כתב ההיסטוריון ופעיל הציבור עמנואל רינגלבלום. "אחד ממכרי ראה חבורת יהודים בקפוטות משי שבים מבתי הכנסת כשהם מרקדים ושרים ברחוב. בקיצור - קיימו את החג [כהלכתו]."
ב-30 באוקטובר גילו הגרמנים בית תפילה ברחוב גז'יבובסקה 11 בדירה 79, דירתו של הרב נייהוז. ב-8 בנובמבר הוכרח היודנרט לפרסם אזהרה: יהודים שיארגנו תפילה בציבור או ישתתפו בה, ייענשו בהתאם לפקודת השלטונות הגרמניים. אך התפילה בחגים נמשכה למרות האיסורים והסכנה.
חבורות התפללו ולמדו בחשאי. ... אנשי החבורות הללו של תפילה ולימוד, ובכללן חבורתו של רבי אברמל'ה ויינברג ... מפקודות הגרמנים התעלמו לגמרי. אפילו את לבושם החסידי המסורתי המשיכו ללבוש. רבי אברמל'ה המשיך בשיעוריו הרגילים בתלמוד ובמפרשיו. יום ולילה עלה קול לימוד התורה ממקום מחבואם של בני החבורה. לאחר שנתגלו ונלקחו משם, נמצאו הכרכים שלמדו בהם ביום שנתפסו פתוחים בדף יט במסכת בכורות, כביכול ממתינים לאחרים שיבואו ויסיימו את לימוד המסכת. (אליעזר ברקוביץ', עמו אנכי בצרה, ע' 12).
באפריל 1941 התירו הגרמנים פתיחתם של שלושה בתי כנסת. לא היה די בכך לשם מילוי צרכי הדת בגטו, וההתכנסויות החשאיות נמשכו. בארכיון "עונג שבת" השתמר כרוז עליו חתמו עשרות אדמו"רים בגטו. הכרוז הוכן בעקבות אסיפת רבנים באלול תש"א (ספטמבר 1941), על רקע התפרצות מגפות בגטו, וכלל שורת הנחיות בנסיון לשמור הן על ההיגיינה בגטו והן על חיי הדת. בין היתר נכתב בכרוז (תרגום מיידיש):
ז. בכל מניין או כאשר האדם מתפלל ביחידות, יש לומר כל יום לפני התפילה חמישה מזמורי תהילים, ומי שיש בידו ילמד ארבע משניות לפי סדרן. דבר זה ייחשב כלימוד תורה ברבים. ...
ט. הרבנים מחויבים להשמיע בבתי התפילה שלהם דברי עידוד ולעודד חיזוק האמונה והבטחון. (אסתר פרבשטין, בסתר רעם, ע' 111)
בקיץ 1942 כתב מיכאל זילברברג:
באווירת האימים של ידיעות על מעשי טבח ביהודים בערי השדה ובוורשה עצמה, החלטנו לסיים את שנת הלימודים בתפילה חגיגית לילדים. יום התפילה היה שבועיים לפני החיסול הסופי – בשבת בבוקר, בבית הכנסת "מוריה" שברחוב דז'לנה. הילדים עצמם ניהלו את טקס התפילה. היתה שם מקהלה של פעוטות. כאלף ילדים השתתפו. לפני המלחמה היה בית הכנסת הזה מרכז להטפה ציונית. בימי המלחמה מצאו בו מקלט מקצת היהודים שגרשום לגטו מערי השדה. בשבת זו ביקש היודנרט שיפנו את הבניין ואף שלח משלחת להשתתף בתפילה.
התפילה נועדה לשעה תשע אבל כבר בשמונה היה אפשר לראות ילדים רבים, מוריהם בראשם, נוהרים לבית הכנסת בכמה וכמה רחובות. מאות ילדים וילדות, בני שבע עד שש עשרה, לבושים בגדי שבת. מצב הרוח היה מרומם. מי שהיה מסתכל בהם היה מתקשה להאמין שהיאוש והרעב מקיפים אותנו מעברים ומגפות מפילות מאות חללים בכל יום. ...
בבית הכנסת עלו הילדות לעזרת הנשים, והילדים נכנסו פנימה. בשבת זו היה הכל מסור בידיהם.
את הטקס פתחו הילדים בשיר לכבוד שבת מפי המקהלה. ... עברית למדו בבית הספר ובלי קושי ידעו לקרוא ולשיר את התפילות מתוך הבנה גמורה של פירוש המילות. אף בתורה קראו ובעליה [לתורה] כיבדו מורים ונציגי מוסדות. את פרקי החזנות שרו להפליא לאחר חזרות מרובות. בבהירות יתרה נאמרו שירי ההלל לכבוד שבת בנעימותיהם המפורסמות. לעולם ילווה אותי הד קולותיהם הדקים ששמעתי בפעם האחרונה בבית הכנסת בוורשה. (יומן ורשה, ע' 48-47)
ב-6 בספטמבר 1942, בעת אחת הסלקציות של הגירוש הגדול מוורשה למחנה ההשמדה טרבלינקה, כתב זילברברג:
הכל התחיל בלילה, בזמן שהיו אומרים סליחות בימים כתקנם. ... אחרי הסלקציה של ספטמבר ציפינו בחרדה לימים הנוראים הבאים עלינו במהרה. ידענו שהגרמנים מזמנים מבצעי השמדה לימי חג ומועד. את הגטו נצטווינו להקים בזמן תפילת יום הכיפורים תש"א [אוקטובר 1940]. צו הגירוש הראשון ניתן בתשעה באב [קיץ 1942].
יום הכיפורים תש"ג [סתיו 1942]:
בערב, לפני כל נדרי, קיבלנו עוד צו. ... לחפש בלילה בכל הדירות ולשלח את הדיירים ש"אינם חוקיים" [ללא אישורי עבודה] לתחנת הרכבת על מנת שיגרשום בבוקר. ... הכריחו [יהודים] לצוד יהודים כמותם לרצח - בעיצומו של יום הכיפורים. ... בחדר אחד מצאנו אדם זקן יושב אל השולחן לאור מנורה קטנה. מחזור היה פתוח לפניו וקול תחינותיו בקוראו בו הרעידו את לב כולנו. ביקשנו ממנו שיסתתר. ...
בבוקר הלכנו לעבודה כרגיל. לאחר שתי שעות בבית החרשת נתאספנו, בלי להידבר, במחסן הראשי. כאילו בחוש נמשכו הכל לאותו מקום. העמדנו שומר לצפות שמא יתקרב איש האס-אס הופמן או איזה גרמני אחר, והתחלנו בתפילה כסדרה. איש צעיר אחד, חייט, היה שליח ציבור. היתה מתיקות בקולו ודמעות עמדו בעיני כולנו. בתוך שתי שעות חזרנו לעבודה. (ע' 54, 59-57)
גם בימי מרד גטו ורשה היו מתפללים ולומדי תורה בין היהודים בגטו. סיפרה ניצולה מגטו ורשה:
ואז פתח ר' השיל [רפפורט] במסה מרתקת שלו על קידוש השם. ... הוא אמר: "אחים, הנה הגיע הזמן. כל מה שהיה עד עכשיו לא חשוב כמו הרגע הזה. דווקא בשעה האחרונה יש להתחזק הרבה, שלא תחלוף חלילה מחשבה פסולה במוחנו כאילו הקב"ה עזב אותנו. חס וחלילה! לא לנו לנהל חשבונותיו של אבינו שבשמים. זה לא עניין שלנו. אמנם רצינו מאד להמשיך ולחיות, בכדי לעבוד הלאה את השם יתברך, אולם רצונו הוא שנלך לקדש את השם, ואנו מקבלים זאת בשמחה ובהתלהבות!" (עמו אנכי בצרה, 104-103)
יד ושם, ארכיון התצלומים, 1663/19
