בקיץ 1943 הקימו הגרמנים את מחנה העבודה קלוגה בצפון אסטוניה, סמוך לטאלין, בירת אסטוניה. מחנה קלוגה היה אחד ממחנות העבודה הגדולים באסטוניה. באוגוסט ובספטמבר 1943 היו בו 3,000-2,000 אסירים יהודים - גברים ונשים. רובם הובאו מגטו וילנה שחוסל בספטמבר, ומיעוטם הובאו מגטו קובנה וממקומות אחרים. סיפר מרק דבורז'צקי על שילוחו מגטו וילנה לקלוגה:
הועמסנו והובלנו כבהמות בקרונות רכבת חסומים היטב לבל יימלט איש. כ-70 איש נכלאו בכל קרון. דרך חלון זעיר מוקף תיל דוקרני נשמנו מעט אוויר... מדי פעם בפעם טיפסתי על כתפי ז'ואקי והצצתי החוצה. מדי פעם התחלפנו בהצצה. חצינו את וילנה... המסע נמשך כמה ימים. נשתבש לוח הזמן. רק אחרי שלושה או ארבעה ימים הגענו צמאים למים, רעבים ללחם, שבורים ורצוצים לעיירה קלוגה. (קבוצת המאבק השניה: סיפורי לוחמים מגטו וילנה, עורך: צביקה דרור, ע' 108)
מחנה קלוגה, כמו יתר המחנות באסטוניה, הוקם לשם ניצול אוצרות טבע מקומיים וסיוע למאמץ המלחמה הגרמני, וכן לבניית ביצורים נוכח התקדמות הצבא הסובייטי. בקלוגה היו מפעלי מלט ולבנים, וכן מנסרת עצים חלק מהתוצרת נוצל להקמת הביצורים וחלק נשלח לגרמניה. עוד היה בקלוגה בית חרושת בו יוצרו נעלי עץ לאסירי המחנות.
על מחנה קלוגה שמרו אנשי אס-אס גרמנים ואסטונים. מספר אסירים הצליחו לברוח ממחנה קלוגה. אחרים נכשלו והבורחים נתפסו ונרצחו. אסירים הועברו ללא הרף ממחנה למחנה וכך מנעו הגרמנים היווצרות גרעין מגובש של מחתרת והתנגדות מאורגנת עם חיסול מחנה קלוגה.
בקיץ 1944, עם מתקפת הצבא הסובייטי באסטוניה, לא הספיקו הגרמנים הנסוגים להוציא את האסירים היהודיים ממחנות קלוגה ולאגדי. אלפי אסירים פונו מאסטוניה למחנה שטוטהוף דרך הים הבלטי, משם הוצאו בינואר 1945 לצעדת מוות מערבה. ב-18 בספטמבר רצחו הגרמנים כ-500 יהודים בלאגדי ולמחרת רצחו עם משתפי הפעולה האסטוניים כ-2,500 יהודים במחנה קלוגה, רובם מגטו וילנה, ובהם כ-80 שבויי מלחמה סובייטים ואסירים אסטוניים. האסירים הוצאו בקבוצות ליער, אולצו לשכב על שורת בולי עץ ונרצחו בירי בעורף. לאחר שרצחו קבוצת אסירים, הניחו הגרמנים שורת בולי עץ על הנרצחים ועליהם רצחו קבוצה נוספת. הגברים נרצחו, ואחריהם נרצחו הנשים. חלק מהאסירים ניסו להתחבא במחנה, אך רובם נמצאו ונורו.
הרוצחים הציתו את בולי העץ בנסיון לשרוף את הגופות ולהשמיד את העדויות לרצח ההמוני, אך נאלצו לברוח בחיפזון מפני הצבא הסובייטי המתקרב, ולא הספיקו לשרוף את רוב הגופות.
בעת הרציחות התחבאו כ-80 אסירים במחנה, או ברחו ליער סמוך, וכך ניצלו.
ב-25 בספטמבר 1944 שחרר הצבא האדום את מחנה קלוגה. לאחר שלושה ימים הגיעו למחנה עיתונאים צבאיים וצילמו את גוויות הנרצחים שנמצאו כשהן מוכנות לשריפה. בתצלומים נוספים מאתר הרצח נראים עיתונאים וחיילים סובייטיים עומדים סביב ערמת בולי העץ ומתעדים בצילום ובכתב את הקורבנות ואת אשר ראו. לאחר תיעוד אתר הרצח הורידו הסובייטים את הגופות מהערמה וקברו אותן.
ארכיון התצלומים של יד ושם, 4613/641