11 יולי 2004
ב-11 ביולי 2006, ט"ו בתמוז תשס"ו, ביקר ביד ושם ראש ממשלת יפן ג'וניצ'ירו קואיזומי (Junichiro Koizumi).
יו"ר הנהלת יד ושם, אבנר שלו, קיבל את פניו של ראש ממשלת יפן וערך לו סיור מודרך במוזיאון החדש לתולדות השואה. קואיזומי סייר גם בהיכל השמות.
לאחר הסיור במוזיאון נערך טקס אזכרה ממלכתי באוהל יזכור, במהלכו הניח ראש ממשלת יפן זר לזכר קרבנות השואה. כמו כן עצר לחלוק כבוד ליד העץ שניטע לכבודו של חסיד אומות העולם היפני סמפו סוגיהרה. הביקור הסתיים ביד לילד ובחתימה בספר האורחים של יד ושם. קואיזומי אמר:
כראש ממשלה ביקרתי בפולין, ביקרתי במחנות במיידנק, ראיתי דמויות, נעליים והבנתי מדוע מדינת ישראל מחזיקה בעמדה חזקה להמשך קיומה.