פנינה חפר נולדה בכפר נושפאלאו ברומניה למשפחה ובה 21 ילדים. אביה, הרב אנשיל אשר וייס, היה רב הקהילה, והמשפחה גרה ליד בית הכנסת. משפחת וייס הייתה ציונית, ובניה דיברו עברית. לצד לימוד תורה עודדו ההורים את פנינה ללמוד שפות זרות ולרכוש השכלה כללית.
בשנת 1940 הועבר האזור לשליטת הונגריה. עם כניסת הגרמנים להונגריה במרס 1944 הושתו על היהודים גזֵרות והשפלות. המקומיים שיתפו פעולה עם ההשפלות בפומבי, אך שכן אחד הגניב למשפחה מדי פעם בפעם מצרכים שנאסרו על היהודים.
במאי 1944 כונסו יהודי הכפר, ובני המשפחה הוסעו לגטו סילַג'שוֹמיוֹ. הם רוכזו בשדה פתוח בלא קורת גג, והקימו בו אוהלים מבגדיהם. יהודים הוכו ונכבלו לעצים. זקנים ופאות גולחו בכוח, והגברים אולצו להכין סנדלים מרצועות התפילין.
כעבור שלושה שבועות גורשה המשפחה לאושוויץ. ברכבת אמר האב שאם יופרדו, עליהם להגיע לארץ־ישראל. עם הירידה מהקרון הספיקה פנינה לראות את מבטהּ המיוסר של אמהּ לפני שהופרדה ממנה בסלקציה. רוב בני המשפחה נרצחו בתאי הגזים. פנינה נותרה עם אחותה בלומה.
באושוויץ שהו פנינה ובלומה חמישה חודשים וחצי ועברו סלקציות. הן מכרו את מנות הלחם שלהן תמורת סידור תפילה, החביאו אותו והתפללו עם האסירות האחרות בבלוק.
בסוף 1944 הועברו פנינה ובלומה לברגן־בלזן, ושם העבירו את יום כיפור בצום. הן הועברו לעבודת כפייה בבית חרושת לנשק בזַלצוֵדֶל, וב־14 באפריל 1945 שחררו אותן חיילי צבא ארצות־הברית.
פנינה ובלומה עברו ליוגוסלוויה, ובנובמבר 1946 הפליגו באוניית המעפילים "כנסת ישראל". הבריטים לכדו את האונייה והשליכו למים את סידור התפילה היקר לליבן של הניצולות. תצלום של השתיים בעימות התפרסם בעיתון, וכך מצאו אותן שני אחיהן ששרדו בשואה וכבר עלו ארצה.
פנינה ובלומה גורשו לקפריסין ובספטמבר 1947 הגיעו למחנה עתלית. עם שחרורה עלתה פנינה לירושלים ולמדה בסמינר למורים, בדרך להגשמת חלום ילדותה, להיות מורה בישראל. היא התאחדה עם בלומה ועם ארבעה אחים אחרים ששרדו מכל המשפחה הענפה.
פנינה נישאה ליעקב, ויחד יצאו לשליחות ביטחונית וחינוכית בתוניסיה. כעבור זמן מה לימדו בני הזוג בבית ספר יהודי בארגנטינה, וכשחזרו לארץ ניהלה פנינה את בית הספר הממלכתי־דתי "משואות" בבני ברק.
פנינה היא אשת עדות פעילה, ובכל שנה היא חוגגת את יום שחרורה עם כל המשפחה.
פנינה ויעקב הביאו לעולם שלוש בנות, 16 נכדים ויותר מ־45 נינים. שלוש בנותיהם ממשיכות את המסורת והן מורות בישראל. כל צאצאיה של פנינה מגשימים את חלומה וגרים בארץ.
