(Dutch-Jewish orphanage for boys on the Amstell). לאחר סיום לימודיו התיכוניים הוא ביקש מהנהלת בית היתומים לסייע לו במימוש חלומו ולממן עבורו לימודי רפואה. הנהלת בית היתומים התכנסה לדיון סביב השאלה ולאחר לבטים רבים אישרו את מימון לימודיו בתנאי שיעבוד כחונך בבית היתומים עצמו. ב-20 בספטמבר 1942 עבר סמואל קופס את מבחן טרום ההסמכה שלו כרופא והמשיך להתגורר ולעבוד בבית היתומים. הוא היה לחלק מצוות העובדים ועבודתו הוערכה מאוד.
ב-27 בדצמבר 1942, בפקודת הממונה הגרמני הד"ר לייטרסדורף, הפסיק בית היתומים לפעול כמוסד עצמאי והפך לחלק מקבוצת מוסדות סיוע וסעד שהושמו תחת פיקוח רשויות הכיבוש הגרמניות.
ב-5 במרס 1943 הוקף בית היתומים בשוטרי משטרת אמסטרדם. הילדים החוסים ואנשי הסגל נאספו בגן השעשועים המרכזי של המוסד. לא ניתן היה לברוח מהמקום. השמועה שבית היתומים הוקף ואנשיו עומדים להישלח פשטה בכל אמסטרדם. קרובי משפחה הגיעו במהירות בכדי לראות את ילדיהם בפעם האחרונה ולהיפרד מהם. המשטרה הקיפה את האזור וכאשר בני משפחה ניסו להיכנס למתחם התערבו אנשי יחידת מכבי האש ופיזרו את ההמון באמצעות זרנוקי מים. כוחות הס"ס הודיעו למנהלת המוסד שפקודת השילוח נוגעת רק לבנים החוסים בו. מנהלת המוסד הגב' המבורגר, סגניתה הגב' בינג וסמואל קופס יכלו לעזוב ולהציל את עצמם אך מרצונם החופשי ותוך גילוי מסירות לחניכיהם החליטו השלושה להצטרף ליתומים. הם מצאו את האומץ ואת החוזק הנפשי בכדי לומר לגרמנים כי הם לא מעוניינים בחופש שהוצע להם וכי אינם מתכוונים לעזוב את 100 ילדי המוסד בשעתם הקשה. מהמשולחים באותו יום, הילדים ושלושת חברי הסגל, איש לא שרד.
ב-13 ביולי 1944 נשלח סמואל קופס למחנה המעבר ווסטרבורק ושוכן בצריף מס. 67 במחנה – צריף העונשין.
לאחר פחות מחדשיים, ב-3 בספטמבר 1944, נשלח סמואל קופס מווסטרבורק לאושוויץ כמקרה עונשין - Strafgeval – מונח בו השתמשו כלפי מי שנתפס במסתור או היה פעיל במחתרת.
עם הגיעו למחנה, ב-5 בספטמבר, עבר את הסלקציה, קבל את המספר 9228 B והפך לאסיר במחנה.
הרישום האחרון של קופס במסמכי המחנה הוא מתאריך ה-6 בדצמבר 1944.
יעקב ושרה קופס נרצחו ב-7 בדצמבר 1942 במחנה אושוויץ. ז'וזף נספה ב-28 בפברואר 1943 במחנה זייברסדורף - (Seibersdorf) - מחנה לעבודות כפיה בשלזיה עילית והוא בן 22.
הטרנספורט
ב-3 בספטמבר 1944 יצא ממחנה המעבר וסטרבורק שבהולנד, טרנספורט RSHA ובו 1,019 יהודים, 498 גברים, 442 נשים ו-79 ילדים. הם הגיעו לאושוויץ ב-5 בספטמבר 1944. לאחר הסלקציה, קבלו 258 גברים את המספרים
B 9365 - B9108 ו-212 נשים קבלו את המספרים A 25271 - A 25060 והתקבלו למחנה.
הנותרים, 549 בני אדם נרצחו מיידית בתאי הגז.
בטרנספורט זה הגיעו לאושוויץ, אנה פרנק, מחברת היומן המפורסם, אביה אוטו, אמה אדית ואחותה מרגוט.
אוטו פרנק שקיבל את המספר – 9174 B, שרד ושוחרר מהמחנה ב-27 בינואר 1945. האם, אדית לא זכתה להגיע ליום השחרור ונספתה מתשישות ומחולי בינואר 1945 באושוויץ. אנה ומרגוט הועברו מאושוויץ לברגן-בלזן, שם נספו שתיהן. מרגוט נספתה ראשונה ממחלת הטיפוס ב-31 במרץ ואחריה אנה שהייתה בת 16 במותה.
