עד מלחמת העולם השנייה חיו בבודפשט כ-200,000 יהודים ובהונגריה כולה – 825,000 יהודים. הונגריה הייתה בעלת ברית של גרמניה הנאצית אך למרות האנטישמיות הרווחת והחקיקה האנטי יהודית, הארץ נשארה בטוחה יחסית עבור יהודים, עד שנכבשה בידי הגרמנים במרץ 1944. אז השתנה המצב באופן דרמטי. למרות שהמלחמה כבר כמעט הסתיימה, הרי שבתוך 56 ימים בין מאי ליולי 1944 שילחו הגרמנים וההונגרים קרוב ל-500,000 יהודים מן הפרובינציות ההונגריות לאושוויץ. וכך עד יולי 1944 נותרה בודפשט הקהילה היהודית היחידה בהונגריה.
ביוני 1944 כינסו הרשויות ההונגריות את יהודי בודפשט ביותר מ 2,000 בתים שהיו פזורים בכל רחבי העיר. כל בית סומן במגן דוד. דיפלומטים מן השגרירויות של שוודיה, שוויצריה, הוותיקן ואחרות, ארגנו תעודות חסות והקימו בתים מוגנים. בכך הצילו מאות-אלפי יהודים.
באוקטובר 1944 תפסה המפלגה הפשיסטית "צלב החץ" את השלטון והשליטה משטר טרור בבודפשט. מאות יהודים נורו. אחרים גויסו לעבודות-כפייה אכזריות. ב-8 בנובמבר ריכזו ההונגרים למעלה מ-70,000 יהודים – גברים, נשים וילדים – במפעל לייצור לבנים "אוליאקי" אשר באובודה. משם הצעידו אותם בצעדת מוות למחנות באוסטריה. אלפים נורו ואלפים נוספים מתו ברעב ובקור. שארית יהודי בודפשט – בעיקר אלה שלא נשאו מסמכי חסות מטעם מדינות נייטרליות – הצטוו על ידי "צלב החץ" להיכנס לגטו הסגור. בין דצמבר 1944 לסוף פברואר 1945, הוציאו אנשי "צלב החץ" 20,000 יהודים מן הגטו, העמידו אותם על גדות הדנובה וירו בהם. את גופותיהם השליכו למי הנהר.
ב-13 בפברואר 1945, כאשר שחרר הצבא האדום את בודפשט, היו בעיר 100,000 ניצולים יהודים.
