לקראת סוף המלחמה, כאשר הצבא הגרמני נסוג בכל החזיתות, החלה גרמניה הנאצית לפנות את המחנות שהיו קרובים לחזית המזרחית ולהצעיד את האסירים מערבה לכיוון גרמניה. חרף התבוסה הבלתי נמנעת, הנאצים היו נחושים למנוע מהשורדים במחנות להשתחרר על ידי בעלות הברית. בצעדות המוות, האסירים אולצו לצעוד מרחקים עצומים בקור מקפיא, עם כמות מזערית של מזון, מים ומנוחה, אם בכלל. אלו שלא היו מסוגלים להמשיך לצעוד נורו לאורך הדרך. השחרור היה ממש מעבר לאופק אך עבור אותם הקרבנות היה זה תחילתו של שלב נוסף של סבל נוראי. רבים מהם נספו בחודשים ובימים האחרונים של המלחמה.
בסוף ינואר 1945 החל פינויים של קרוב ל-50,000 אסירים ממערכת המחנות של שטוטהוף. כ-5,000 מתוכם הובלו לכיוון החוף הבלטי, שם הוצעדו אל תוך הים ונורו במכונות ירייה. אחרים הוסעו לחלקים המזרחיים של גרמניה, אך הוסבו על עקבותיהם למחנה שטוטהוף בגלל התקרבותם של כוחות סובייטים. באפריל 1945, האסירים הנותרים פונו באניות אל חופי גרמניה. משערים כי למעלה ממחצית האסירים נספו במהלך אותן צעדות המוות.