קובנה (Kaunas) היתה בירת ליטא לפני מלחמת העולם השנייה (1920-1939). הקהילה היהודית מנתה 35,000-40,000 נפש – כרבע מאוכלוסיית העיר. בעיר היו עשרות מוסדות יהודים, 40 בתי כנסת, ישיבות ומוסדות ללימוד יהדות ובראשם ישיבת סלובודקה (Slobodka) הנודעת, בתי ספר עבריים ויידיים, בית חולים יהודי וארגונים ציוניים.
ביוני 1940 ברית המועצות כבשה את ליטא והקימה משטר קומוניסטי. שנה לאחר מכן גרמניה פלשה לברית המועצות ויומיים לאחר הפלישה, ב-24 ביוני 1941, קובנה נכבשה על ידי כוחות גרמניים. הלאומנים הליטאים קיבלו בברכה את הגרמנים וראו בהם משחררים מעול הכיבוש הסובייטי. מיליציות מקומיות חמושות למחצה היו נגועות באנטישמיות וטענו בין השאר כי היהודים עמדו מאחורי הדיכוי הסובייטי של ארצם. עוד טרם כניסתם של הגרמנים לעיר, החל ההמון המקומי לבצע פוגרום ביהודי העיר.
בראשית יולי החלו הגרמנים בהוצאות להורג שיטתיות של יהודים בידי יחידות האיינזצגרופן (Einsatzgruppen) ויחידות העזר הליטאיות. באוגוסט הוקם גטו בעיר, והרציחות נמשכו במקביל בשבועות שלאחר מכן. ב-29 באוקטובר 1941 נרצחו 9,200 יהודים נוספים. לאחר מכן שרר שקט יחסי בקובנה עד מרץ 1943, שעה ש-1,800 תינוקות, ילדים קטנים וזקנים נחטפו מבתיהם ונרצחו במה שנודע כ"אקציית הילדים".
חלק אחר מאוכלוסיית הגטו נשלח למחנות עבודה באסטוניה. בשלב זה, הלהט של הליטאים לשתף פעולה עם הגרמנים פחת, אך העוינות והשנאה כלפי היהודים נמשכו.
ביולי 1944, עם התקדמות הצבא האדום, חוסל הגטו. היהודים גורשו אל מחנות הריכוז דכאו ושטוטהוף. כ-2,000 יהודים מתו בגטו בניסיון להסתתר ולהימנע מהגירוש. הצבא האדום שחרר את קובנה ב-1 באוגוסט 1944. מקהילה יהודית חיה ותוססת שרדו רק כ-2,000 יהודים.
