"כל מעשיך משגיח אלהים בשמים"
בולגריה היתה חברה במדינות הציר ובעלת ברית של גרמניה הנאצית. לקראת סוף 1940 נודע במדינה על הכוונה לחוקק חוק בשם "החוק להגנת האומה" שנועד, כביכול, להגביל את זכויות המיעוטים במדינה שנחשדו במעשי חתרנות. למעשה הכוונה האמיתית הייתה גזירות כנגד האוכלוסיה היהודית. בנובמבר אותה שנה נסח "הסינוד הקדוש" (הגוף העליון של הכנסיה הבולגרית המורכב מ-11 הבישופים של בולגריה) שבראשו עמד המטרופוליט סטפן, מכתב לראש ממשלת בולגריה ובו בקשה לערוך תיקונים בנוסח החוק המוצע. בין התיקונים הוצע סעיף נפרד המתייחס ליהודים ובו נאמר: "אין לחוקק חוק נגד היהודים כמיעוט לאומי, אלא יש לנקוט צעדים מוגדרים כנגד הסכנות האמיתיות לחיי הרוח, התרבות, הכלכלה, החברה והפוליטיקה של העם הבולגרי, יהיה מקורן אשר יהיה". גם לאחר שהנוסח המוצע של החוק בכל זאת עבר בפרלמנט הבולגרי וקבל בינואר 1941 את חותמת מלך בולגריה בוריס ה-3, המשיך המטרופוליט סטפן להתבטא כנגד רדיפות היהודים. בנובמבר 1942 דווח שגריר גרמניה בבולגריה- בקרלה, לממונים עליו בגרמניה אודות פעילותו של המטרופוליט סטפן להצרת צעדי השלטון הבולגרי בכל הנוגע למדיניות האנטי-יהודית. בדו"ח אחר שלח בקרלה תורגמה לגרמנית הודעה של המפלגה הפאשיסטית בבולגריה מיולי 1943 הקוראת לחיסולו של סטפן, ההודעה מסתיימת במשפט: "כמה שיותר מהר - יותר טוב!"
בתחילת מרץ 1943 החליטה ממשלת בולגריה לשלוח לגרמניה קבוצה ראשונה בת 800 יהודים מסופיה. כל ההכנות נעשו והקרונות כבר חיכו בתחנת הרכבת בבירה. יו"ר הקהילה היהודית, אלפסי אברהם, הלך למטרופוליט סטפן וביקש את התערבותו. סטפן נסע מיד לארמון המלך וביקש להיפגש עמו. המלך שידע במה מדובר התחמק בטענת מחלה אך סטפן הודיע כי לא יעזוב הארמון עד שייפגש עם המלך. המלך נאלץ לקבל אותו וסטפן ביקש ממנו לדחות את ההחלטה על מסירת היהודים לגרמנים ואיים כי ייתן הוראה לפתוח את כל דלתות הכנסיות והמנזרים ולתת מסתור ליהודים ובכך להפר את הוראות השלטון. המלך נאלץ להבטיח לעשות את הנדרש, ולאחר שגם גורמים נוספים פנו לממשלת בולגריה בדרישה למנוע הגירוש, נדחתה ההחלטה לגרש את 800 היהודים.
באותו החודש, כאשר התחילו לאסוף 1,500 יהודים בעיר פלובדיב שבבולגריה נזעק הבישוף המקומי -מטרופוליט קיריל והצליח למנוע את גירושם. קיריל שלח מברק אישי למלך שבו הוא מתחנן לגלות רחמים כלפי היהודים, הוא פנה לראש המשטרה המקומית ואיים כי מיום זה הוא מפסיק להיות אזרח לויאלי של בולגריה ויפעל רק לפי מצפונו. לפי עדות נוספת הוא אף איים כי ישכב על פסי הרכבת כדי למנוע את הגירוש, משנמסר לו שצעדיו נשאו פרי וצו הגירוש בוטל הוא הזדרז לבית הספר היהודי, שהשלטונות הפכו למקום ריכוז היהודים לפני גירושם, והודיע להם את הבשורה הטובה.
באפריל 1943 כינס המטרופוליט סטפן את "הסינוד הקדוש" לישיבה מיוחדת כדי לדון ברדיפות היהודים במדינה - כשמדובר ביהודים המתנצרים וביהודים האחרים. בתום הישיבה התקבלתה החלטה בפה אחד, ובה נאמר, בין היתר, כי הכנסיה הבולגרית אינה יכולה לקבל את התורה הגזענית. היא אינה יכולה להסכים לשלילת זכות הקיום של גזע אחד היות וזה עומד בניגוד לתורת הדת הנוצרית. עוד נאמר בהחלטה כי הכנסיה אינה יכולה לסרב לעזור לנרדפים מחוסרי יכולת וכי היא נתבקשה הן ע"י יהודים והן ע"י נוצרים בולגרים להגן על היהודים. הכנסיה קראה למתן את החוקים המגבילים החלים על האוכלוסיה היהודית וכן לא למנוע מיהודים מתנצרים את הזכויות המלאות כאזרחים. נוסח ההחלטה נשלח לראש ממשלת בולגריה עם העתק למלך. בעקבות מכתב זה הזמין המלך את מליאת "הסינוד הקדוש" לארמונו. בישיבה זו הוא נסה לשכנעם כי בשל אהבת הכנסיה למולדת עליהם לתמוך במדיניות האנטי יהודית, אך הם המשיכו לדרוש למתן את גזירות החוק נגד היהודים ולהתחשב במיוחד במומרים.
הלחץ הגרמני לגרש את יהודי בולגריה הלך וגבר ואלכסנדר בלב (שעמד בראש הקומסיריון לענייני יהודים והיה מופקד על הטיפול ביהודי בולגריה) הציע תכנית לגירוש היהודים. ובה שתי אפשרויות: מסירה ישירה של יהודי סופיה לידי הגרמנים או הגלייתם לעיירות השדה כשלב ראשון טרם גירושם מהמדינה, המלך בוחר באפשרות השנייה מה שמעקב את מסירת היהודים לגרמנים. כשקבלו תושביה היהודים של סופיה את צווי הגירוש פונים שני הרבנים הראשיים של הקהילה היהודית, דניאל ציון ואשר חננאל למטרופוליט סטפן בתחינה לבטל את רוע הגזירה. סטפן נקט מיד בצעדים אקטיביים והעביר מספר הודעות למלך הכוללות תחינות "לגלות רחמי אב כלפי היהודים" וגם אזהרות בנוסח "אל תרדוף כדי שלא ירדפוך. באותה מידה בה אתה מודד-ימדדוך, דע לך בוריס שעל מעשיך משגיח אלוהים בשמים" משנודע לסטפן כי שני הרבנים ציון וחננאל נעצרו, התערב למען שחרורם. למרות שמחאותיו של סטפן וראשי ציבור אחרים לא הועילו ויהודי סופיה גורשו לערי השדה, לא יצאה לפועל תכניתו של אלכסנדר בלב למסור את כל יהודי המדינה לידי הגרמנים. גירוש יהודי בולגריה נדחה שוב ושוב ולבסוף הפך לבלתי אקטואלי.
מטרופוליט סטפן נפטר בשנה 1957 ומטרופולין קיריל נפטר בשנת 1971.
ב-12 במרץ 2002, נערך ביד ושם טקס הענקת אות חסידי אומות העולם לשני הבישופים שסייעו להצלתה של יהדות בולגריה בתקופת השואה.
