עד לתקופת השואה הייתה וילנה מרכז יהודי גדול וחשוב של השכלה ותרבות. בשנת 1939 מנתה הקהילה היהודית 55,000 נפש.
מיד לאחר הכיבוש הגרמני של וילנה, ב-24 ביוני 1941, החלו לרצוח את היהודים ביריות. חדשים מעטים לאחר מכן, בספטמבר 1941, הוקם גטו, אך הרציחות נמשכו. בחודשים הבאים טבחו הגרמנים ועוזריהם הליטאים באלפי יהודים ביער פונאר הסמוך לעיר. עד לסוף אותה שנה נרצחו 35,000 יהודים. 3,500 ברחו.
גטו וילנה חוסל בחודשים אוגוסט-ספטמבר 1943, ו-12,000 הגברים, הנשים והילדים שנותרו בגטו גורשו למחנות באסטוניה.
עם השחרור התברר שרק 2,000-3,000 יהודים מן הקהילה המפוארת שרדו את השואה.