המבקרים מוזמנים לבקר בחנות הספרים והמזכרות ביציאה מהמוזיאון לתולדות השואה, ובחנות סטימצקי ליד מרכז המבקרים. בחנויות ניתן לרכוש פרסומים מבית ההוצאה לאור של יד ושם, פרי עטם של מומחים וחוקרים מובילים בתחום השואה, כמו גם ספרי מחקר, יומנים אישיים, ספרי אמנות, ספרות שואה בשפות שונות מהארץ והעולם ועוד.
בחנויות מגוון רחב של פריטי יודאיקה, מתנות ומזכרות מקוריות.