לאחר מלחמת העולם הראשונה חיו במוגיילניצה כ-2,700 יהודים – כ-60 אחוזים מאוכלוסייתה. רובם התפרנסו ממסחר וממלאכה, ולפחות שני מפעלים היו בבעלות יהודים. בין המלחמות פעלו במוגיילניצה כמעט כל המפלגות ותנועות הנוער הציוניות שהיו פעילות אז בפולין.
הגרמנים כבשו את מוגיילניצה ב-8 בספטמבר 1939. עם הכיבוש החלו מעשי התעללות וגיוס לעבודת כפייה. בראש השנה (אמצע ספטמבר 1939) הוציאו הגרמנים את היהודים, ובהם הרב פנחס אוסלקה (Osalka), מבית המדרש וציוו עליהם לשיר ולרקוד ברחוב. מעשים כאלה חזרו ונשנו כמה שבועות. בסתיו 1939 נשרף בית הכנסת הישן על ספרי התורה שבו, ובית המדרש הפך לאורווה.
באוקטובר 1939 נתמנה יודנרט בראשותו של יוסף פלץ (Palts) והוקם שירות סדר יהודי של חמישה-שישה שוטרים בראשותו של מלך אוסלקה. בסוף 1939 הגיעו למוגיילניצה, שהיו בה באותה העת כ-2,500 יהודים, כ-1,500 פליטים מלודז' ומסביבתה. הוקם מטבח ציבורי להאכיל את הפליטים ואת עניי המקום.
ברובע היהודי הוקם גטו בשניים-שלושה רחובות מסביב לבית הכנסת ובית המדרש. הגטו לא היה מגודר, אך נאסר על היהודים לצאת מגבולותיו. בשל הצפיפות פרצה מגפת טיפוס במקום. הוקם מעין בית חולים, אבל רוב החולים מתו בשל מחסור בתרופות החולים.
בינואר 1941 הוכרז על ריכוז יהודי כל הסביבה בגטו מוגיילניצה. הגרמנים תכננו לגרש את יהודי גטו מוגיילניצה לגטו ורשה ב-27 בפברואר 1941. על-פי אחד המקורות, בשל האיום בגירוש ברחו מאות מתושבי הגטו ל אופוצ'נו (Opoczno), בִּיאַלוֹבְּזֶ'גִי (Bialobrzegi) רדום ושידלובייץ (Szydlowiec). כשבועיים לפני הגירוש המתוכנן ניסה היודנרט לשלח את 4,000 יהודי הגטו לוורשה בצורה מסודרת. ביום הראשון גורשו לגטו ורשה כ-950 בני אדם, והשאר שולחו למחרת. כמה יהודים ניסו להסתתר בכפרי הסביבה, אך נתפסו ונורו במקום. גורל המגורשים היה כגורלם של יהודי גטו ורשה.
