לפני פרוץ מלחמת העולם השנייה חיו במשנה דולנה כ-800 יהודים – כמעט שליש תושביה. רובם התפרנסו ממסחר זעיר, מרוכלות בכפרים וממלאכה. בתמיכת הג'וינט הוקמה בעיירה אגודת "ביקור חולים". בעיירה פעלו מפלגות ותנועות נוער ציוניות. עם פרוץ מלחמת העולם השנייה ברחו כמה מיהודי המקום מזרחה.
הגרמנים כבשו את משנה דולנה בתחילת ספטמבר 1939 ובזזו את בתיהם של רבים מהיהודים. נערך מיפקד של היהודים בני 60-12, ונאסר עליהם לעסוק במסחר. היהודים נצטוו לשאת סרט זרוע לבן ועליו מגן דוד. במרס ובאפריל 1940 הגיעו לעיירה פליטים יהודים מלודז'.
ביולי 1941 הוקם גטו במשאנה דולנה. נתמנה יודנרט בראשותו של אריה שמידט והוקם גם שירות סדר יהודי. בגטו הצטופפו 1,000-900 יהודים ובהם יותר מ-200 פליטים. הגישה לשוק וקניית מזון אצל כפריים פולנים נאסרו. היהודים הסתייעו בסניף יס"ס בקרקוב.
בנובמבר 1941 הכריזו השלטונות הגרמניים כי יטילו עונש מוות על מי שיפר את איסור היציאה מהגטו. עם זאת, עקב הרעב הכבד בגטו, חיפשו רבים מהיהודים מזון או מקלט בכפרי הסביבה. מי שנתפסו הוצאו להורג.
ב-1942-1941 עבדו רוב הגברים במחצבות סמוכות. באפריל 1942 רצחו הגרמנים 21 יהודים שהואשמו בחבלה. על-פי מקור אחד התנפלו כמה מהיהודים, ובהם השוחט המקומי, על רוצחיהם. באמצע 1942 נשלחו צעירים וצעירות מהגטו למחנות העבודה בפוסטקוב (Pustkow) ובפלשוב (Plaszow), ועל יהודי המקום הוטל פעמיים תשלום כופר.
ביולי 1942 נערך בהוראת הגרמנים רישום של יהודי משנה דולנה, כביכול לקראת העברתם לוולין (Volhynia). ב-16 באוגוסט 1942 הצטוו יהודי ארבעת הגטאות שבנפת נובי סונץ, שמשנה דולנה הייתה כפופה אליה כעת, להתכונן לעקור ממקומותיהם לנובי סונץ' (Nowy Sącz) בין 18 ל-21 באוגוסט. כדי להרגיע את הרוחות ולהמשיך בהונאה קיבלו יהודי משנה דולנה מזון לשבועיים, שהיה אמור להספיק למסע לוולין, וב-19 באוגוסט הם הצטוו להתייצב במגרש אולשיני. בין 120 ל-130 צעירים הופרדו מהשאר בסלקציה, ורוב תושבי הגטו, יותר מ-900 נפשות, הובלו בקבוצות לבית חרושת לשימורים, ושם נורו ונקברו בידי אנשי גסטפו שבאו מנובי סונץ'.
80 מהצעירים שהושארו בחיים הועברו למחנה עבודה בלימנובה, ומחנה זה חוסל ב-5 בנובמבר 1942 וכל אסיריו נרצחו. היתר עבדו במחצבה ואחר כך הועברו לטרנוב (Tarnow); רק אחדים מהם ניצלו.
