בפרוץ מלחמת העולם השנייה חיו בסוחה בסקידזקה כ-330 יהודים שהיו כשישה אחוזים מאוכלוסייתה. רובם התפרנסו ממסחר זעיר ומרוכלות ומעטים מפקידות, ממלאכה ומקיט. כמו כן הם נעזרו בקופת גמ"ח ובתרומות של יוצאי העיירה בארצות-הברית. בבניין שבבעלותה החזיקה הקהילה אכסניה לאורחים וכיתות לימוד לילדים. בעיירה פעלו סניפים של ארגונים ציוניים, אך בעיקר הייתה חזקה השפעתה של אגודת ישראל.
הגרמנים כבשו את סוחה בסקידזקה ב-4 בספטמבר 1939, והעיירה סופחה לרייך השלישי, למחוז שלזיה עילית המזרחית. בשל מקומה על גבול הגנרלגוברנמן הייתה העיירה תחנת מעבר ליהודים שברחו מאזור זה, בעיקר לאוסטריה. בסוף 1939 הוקם בסוחה בסקידזקה יודנרט, וזה היה כפוף ל"צנטרלה", היודנרט המרכזי של האזור, בראשותו של משה מרין. לראש היודנרט בסוחה בסקידזקה מונה בוכנבאום, ואחריו עמד בראשו ארווין קלפּהולץ מראיצ'ה (Rajcza). היודנרט החזיק מאפייה וחנות להספקת מזון ליהודים והעסיק שלושה אנשי שירות סדר יהודי.
רוב הצעירים היהודים, כמאתיים איש, עבדו דרך קבע בעבודת כפייה. קבוצת נוער מראיצ'ה ומז'יווייץ הקימה ב-1940 קומונה בסוחה בסקידזקה. הקומונה פורקה עם הגעתם של משפחות הצעירים לעיירה.
סוחה בסקידזקה נקבעה מקום הריכוז של יהודי נפת ז'יווייץ. ב-1941-1940 גורשו אליה אפוא כל היהודים שנשארו לאחר גירוש יהודי הנפה לגנרלגוברנמן בסתיו 1939. במרס 1941 היו בסוחה בסקידזקה 480 יהודים, וייתכן שלאחר מכן הגיע מספרם לכ-600. ב-1941 החלו הגרמנים לשלוח יהודים למחנות עבודה. תחילה שולחו כ-50 צעירים יהודים למחנה עבודה ליד ברסלאו (Breslau).
70 צעירים יצאו כל יום לעבודה במחנה עבודה בוודוביצה (Wadowice). בחולים טיפל בתחילה ד"ר ראוק בלסקו (Rauk Belsko), ובסוף 1941 הוקמה בעיירה מרפאה; רופא המרפאה, ד"ר קורנהאוזר (Kornhouser), טיפל בחולים בלי לגבות מהם תשלום, ומדי חודש ביקר בכל בתי היהודים כדי לבדוק את מצב התברואה בהם.
אנשי שירות הסדר היהודי של הצנטרלה בסוסנובייץ (Sosnowiec) שילחו במרס 1942 30 צעירים יהודים מהעיירה למחנה המעבר בסוסנובייץ.
בסוף יוני 1942 ביצעו אנשי ס"ס וגסטפו אקציה בסוחה בסקידזקה, ולאחר סלקציה גורשו כ-220 מיהודי המקום לאושוויץ. משה מרין, שהיה נוכח באקציה, הצליח למנוע את גירושם של עוד 50 יהודים לאושוויץ וכן את שילוחם של 50 יהודים נוספים למחנה המעבר בסוסנובייץ.
בעיירה נותרו יהודים שנחשבו כשירים לעבודה, ובתחילת סתיו 1942 הם רוכזו בשטח של מבשלת בירה לשעבר שהפך לגטו. הגטו היה מוקף חומה, מטר וחצי גובהה, והיציאה ממנו הותרה רק לאסירים שיצאו לעבודה בקבוצות, או על-פי רישיון מיוחד. כ-200 מכלואי הגטו הועסקו בוויסות הנהר סקווה (Skawa). בבניין הוקמו מטבח וחדר אוכל, ויושבי הגטו קיימו בו חיי תרבות ושותפות, ערכו קבלות שבת ואף העלו שם הצגה.
ב-8 במאי 1943 כיתרו את הגטו המשטרה הגרמנית המקומית ואנשי גסטפו בראשותו של לינדנר (Lindner) ובסיועם של אנשי שירות הסדר היהודי מסוסנובייץ ועשו בו סלקציה. אמהות עם ילדים, קשישים וחולים – כ-120 בני אדם בסך הכל – גורשו במשאיות לאושוויץ ונרצחו שם. כ-120 יהודים שנחשבו כשירים לעבודה שולחו ברכבת למחנה מעבר בסוסנובייץ, ומשם הועברו למחנות עבודה. בסך הכל נספו בשואה כ-300 מיהודי סוחה בסקידזקה.
