בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בפקש 730 תושבים יהודים ושיעורם בכלל אוכלוסייתה היה כשישה אחוזים. רבים מהם היו בעלי כרמים ועבדו בייצור יין ובסחר בו. בפקש היו שתי קהילות יהודיות, קהילה אורתודוקסית וקהילה של זרם הסטטוס קוו, והיו בה בית ספר יהודי וחדר. בשנת 1942 גויסו גברים יהודים מהעיר לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה. הם הוצבו בחזית המזרחית באוקראינה, ורבים מהם נספו שם.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. ב-22 במרס 1944 פקד ס"ס-אוברשטורמפירר מוסלכר (Musslacher) על מנהיגי שתי הקהילות בעיר לחתום על מסמך של תשעה סעיפים שהגביל מאוד את חיי היום-יום של יהודי המקום. יתר על כן, הם אולצו להגיש למפקד הצבא הגרמני במקום רשימה מפורטת של כל המשפחות היהודיות בקהילותיהם. מוסלכר אף הורה לגלח את זקנם של היהודים.
על-פי מיפקד שנערך בשבוע השני של אפריל 1944 מנתה הקהילה האורתודוקסית של פקש 573 נפשות, וקהילת הסטטוס קוו – 122 נפשות.
המנגנון המינהלי ההונגרי נותר על כנו גם לאחר הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך הוראות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. ב-22 באפריל 1944 אסרו ז'נדרמים הונגרים 19 תושבים יהודים בפקש שלא עלה בידם להוכיח שהם בעלי אזרחות הונגרית.
ב-1 במאי 1944 הורה סגן הממונה על מחוז טולנה, אדווין סונגוט (Edvin Szongott), להקים גטאות במחוזו. גטו פקש הוקם סמוך לבית הכנסת ולבית הספר היהודי. נוסף על יהודי העיר רוכזו בו גם 125 יהודים מנפת דונפולדוור (Dunafoldvar) וכן כמה יהודים מסקסרד (Szekszard). הגטו כלל 27 בתים ושררה בו צפיפות גדולה. היהודים חויבו לסמן את בתי הגטו במגן דוד צהוב.
הז'נדרמים ההונגרים בחרו 24 נשים יהודיות מהגטו לעבודה חקלאית באוז'קפוסטה (Ozsakpuszta), חווה שהייתה שייכת לכפר הסמוך אוצ'ני (Ocseny). בד בבד היהודים נחקרו בעינויים כדי שיגלו היכן הסתירו את חפצי הערך שלהם.
כל 1,082 תושבי הגטו גורשו לאושוויץ בטרנספורט אחד ב-5 ביוני 1944.
