המכון הבין-לאומי לחקר השואה

בשלהי שנות השלושים של המאה העשרים נמנו בקוטובסק כ-2,700 יהודים – כ-15 אחוזים מאוכלוסייתה. בימי השלטון הסובייטי עסקו רבים מהם במלאכות למיניהן, ואחרים היו לפועלים או לפקידים במוסדות השלטון הסובייטי. בעיירה פעל בית ספר ביידיש.
לאחר תחילת הפלישה הגרמנית לברית-המועצות הצליחו מספר בלתי ידוע מיהודי קוטובסק להימלט או להתפנות מזרחה. קוטובסק נפלה בידי הגרמנים ב-6 באוגוסט 1941. עוד באותו החודש רצחו אנשי איינזצקומנדו D, בסיוע רומנים, כ-100 יהודים. בקוטובסק הוקם גטו. ב-1 בספטמבר 1941 הועברה קוטובסק לשלטון רומניה ונכללה בטרנסניסטריה.
בנובמבר 1941 גורשו יהודי קוטובסק לדובוסרי (Dubossary). בדרך לשם נרצחו 50 יהודים, ועוד 600 נרצחו בדובוסרי.
מספטמבר 1941 שימשה קוטובסק נקודת מעבר למגורשים יהודים מרומניה. יהודים מבסרביה (Bessarabia) ומבוקובינה (Bucovina) שהגיעו לעיר בראשית אוקטובר 1941 ונשארו בה זמן מה שוכנו בבניין בית ספר לשעבר בפאתי העיר, שהפך למעין גטו. התנאים הקשים והצפיפות במקום הביאו להתפרצות מחלות. כעבור זמן מה גורשו היהודים שנשארו בעיר למחנות במחוז גולטה (Golta) ובמחוז בלטה (Balta), ומרביתם נספו שם.
בקיץ 1942 החליטו השלטונות הרומניים להקים בקוטובסק סדנאות ייצור. לשם כך הם ריכזו בגטו כ-100 בעלי מלאכה יהודים מגורשים מבסרביה ומבוקובינה ששהו קודם לכן במקומות אחרים בטרנסניסטריה. בקיץ ובסתיו 1942 הובאו לקוטובסק כ-150 מגורשים נוספים, לעבודה בכריתת עצים ביער הסמוך. הם לא שוכנו בגטו אלא בבית חרב בעיר וסבלו רעב קשה.
הצבא האדום שחרר את קוטובסק ב-31 במרס 1944.