من ضمن الاستعدادات التي قام بها الألمان لغزو الاتحاد السوفييتي في ربيع عام 1941 تم وضع المبادئ وتحديد الوسائل التي يستخدمونها لإبادة اليهود بشكل خاص. وذكرت بعض الوثائق الألمانية العائدة لتلك الحقبة مجموعات بعينها مستهدفة للقتل الجماعي، مثل المفوضين الشيوعيين (الكوميسارات) وأبناء طبقة المفكرين والمثقفين السوفييت والذين اعتبرهم النازيون خطرا يتهدد جهودهم المبذولة للسيطرة على المناطق التي كانوا على وشك احتلالها. أما اليهود فكان مجرد كونهم يهودا يعني الخطر، لأنهم في نظر النازيين لم يكونوا مؤسسي البلشفية وحسب، بل كان ينظر إليهم على أنهم أشد أتباعها حماسا. وبعد أن كانت المبادئ العقائدية والسياسية للنازية تطبق على اليهود في المناطق المحتلة من خلال الحرمان من الحقوق والإهانة والتجويع والنهب والعمل القسري، بدأت الآن تجد تعبيرها الأقصى في قتل اليهود لمجرد يهوديتهم دون تفريق ولا تمييز.
وأُوكلت مسؤولية تنفيذ مخطط الإبادة الشاملة لليهود إلى الإس إس والمكتب الرئيسي لأمن الرايخ. وكان من أبرز المشرفين على جهاز القتل الجماعي هاينرخ هملر، رئيس فِرَق الإس.إس.، وراينهارد هايدرخ، رئيس المكتب الرئيسي لأمن الرايخ، خلفه بعد اغتياله على أيدي الأنصار التشيك عام 1942 إرنست كالتنبرونر. واعتبارا من سنة 1939 تولى آدولف آيخمان رئاسة دائرة الشؤون اليهودية في الغستابو وكان من أهم الشخصيات التي لعبت دورا رئيسيا في تنفيذ "الحل النهائي".
وكان هتلر نفسه متورطا بشكل مكثف في سياسة القتل الجماعي المنهجي لليهود. وقد تأكد الدور المركزي الذي لعبه المكتب الرئيسي لأمن الرايخ من خلال رسالة بعث بها هيرمان غورنغ إلى هايدريش والمؤرخة في ال31 من تموز لعام 1941، حيث كتب فيها يقول: "إن الحل النهائي للمشكلة اليهودية يجب تنفيذه ضمن منطقة النفوذ الألمانية في أوروبا."
