El 5 de julio, el régimen militar alemán ordenó a los judíos de Liepāja coser «estrellas amarillas» en la ropa, les prohibió salir de sus casas durante la mayor parte del día y utilizar el transporte público, y los obligó a entregar una gran cantidad de propiedad. Los dueños de negocios judíos tuvieron que marcar sus tiendas con un letrero que declarara que eran propiedad de judíos. Los judíos también se vieron obligados a entregar sus aparatos de radio, sus máquinas de escribir y sus medios de transporte privados.
Cada día, a miles de hombres judíos, de los 7.100 judíos de la ciudad, se les ordenó reunirse en la plaza, donde fueron maltratados por policías armados. Algunos de los judíos fueron llevados a trabajar para el ejército alemán, limpiando las ruinas tras la batalla y enterrando a las víctimas. A finales de julio, casi 2.000 hombres judíos habían sido detenidos y asesinados. En la masacre participaron voluntarios del Arājs Kommando, una unidad de la policía auxiliar letona establecida en Riga bajo el liderazgo del oficial letón de las SS Viktors Arājs. La mayoría de los asesinatos tuvieron lugar en la costa báltica, incluido el pueblo pesquero de Šķēde, al norte de Liepāja.
Al principio, los judíos de Liepāja no tenían idea de lo que les había sucedido a sus familiares arrestados. Se enteraron de que los desaparecidos habían sido enviados a trabajar fuera de la ciudad. Las mujeres letonas llevaron a las familias notas solicitando dinero, ropa y comida. Unas semanas más tarde, se descubrió que las notas fueron falsificadas: en el momento en que se redactaron, los judíos que supuestamente las habían escrito ya estaban muertos.
En agosto de 1941 hubo una pausa en los asesinatos en masa, aunque continuaron en menor escala. Los judíos trabajadores recibieron permisos laborales, lo que les permitía ser liberados del pase de lista diario y, en ocasiones, los protegía de detenciones y ejecuciones que continuaban produciéndose. Los artesanos y técnicos profesionales que trabajaban para el Ejército, la policía y la marina alemanes recibieron una mejor protección. Las instituciones judías que aún estaban activas en la ciudad eran la residencia de ancianos y el hospital Linat Tzedek, aunque funcionaban con poco equipamiento y sin medios de anestesia.
En septiembre y octubre, las matanzas comenzaron de nuevo y cientos de judíos, principalmente mujeres embarazadas, ancianos y niños, incluidos los residentes de un asilo judío, fueron asesinados. En noviembre, unos 3.900 judíos permanecían en Liepāja, en su mayoría mujeres y niños. El 13 de diciembre, el comandante de las SS y la policía, Fritz Dietrich, hizo pública una orden oficial por la que se ordenaba a los judíos de la ciudad permanecer en sus hogares los días 15 y 16 de diciembre. Al mismo tiempo, la policía de seguridad alemana emitió unos 350 nuevos permisos de trabajo, que fueron distribuidos a los judíos que trabajaban en las comisarías, al personal médico del hospital judío y a los trabajadores artesanales, así como a sus familias. Muchos intentaron incluir a sus contemporáneos y amigos judíos en sus permisos. Otros escondites preparados en sótanos, áticos y con conocidos no judíos. Algunos lograron adquirir certificados de protección de miembros del Ejército alemán.
Del 14 al 17 de diciembre, la policía letona reunió en sus hogares a la mayoría de los judíos de la ciudad, según listas de direcciones preparadas previamente. Los judíos fueron obligados a permanecer en sus patios durante muchas horas continuadas, de cara a la pared, sin comida ni agua. Al final del proceso de selección, a los que tenían documentos de protección se les permitió regresar a sus hogares, mientras que a los demás judíos los llevaron en camiones y quitanieves a Šķēde. Los escuadrones de fusilamiento alemanes y letones les ordenaron que se desnudaran y los fusilaron en grupos en fosas cavados para dicho propósito. La masacre comenzó el 15 de diciembre, mientras los judíos de la ciudad aún estaban siendo reunidos en diferentes grupos, y finalizó el 17 de diciembre.
Después del asesinato de 2.749 judíos, casi 2.000 judíos con permiso de trabajo, sus familias y aquellos que habían logrado escapar de la masacre permanecieron en Liepāja. En la primavera de 1942, otros 100 judíos habían sido asesinados. Un pequeño número logró esconderse. Un grupo de 22 judíos atacó a los guardias letones y escapó. El comandante alemán, el oficial de las SS Wolfgang Kügler, fue sobornado durante un tiempo por los judíos para que pusiera fin a las persecuciones.